Geri Dön

Karasal aktinomisetlerde yeni ilaç adaylarınıın kimyasal ve genomik olarak taranması

Screening of novel drug candidates in terestrial actinomycetes by using chemical and genomic tools

  1. Tez No: 544181
  2. Yazar: EKREM KUM
  3. Danışmanlar: PROF. DR. EBRU İNCE
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Mikrobiyoloji, Biology, Genetics, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Dicle Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 88

Özet

Karasal aktinomisetler yeni biyoaktif bileşiklerin keşfi için önemli kaynaklardan biridir. Bu çalışmada, izolasyonu ve teşhisi daha önce yapılmış olan lokal Strepromyces izolatlarının biyoaktif doğal ürün üretme kapasitelerini bulmak için genomik ve metabolomik yaklaşımlar kullanıldı. 6 Streptomyces izolatı (AA50, AS41, BA2, BS40, CA17 ve CAH29) modifiye edilen üç farklı besiyerinde üretildi ve metabolitler farklı çözücüler kullanılarak ekstrakte edildi. Bu metabolitlerin patojen bakteriler ve C. albicans'a karşı antimikrobiyal aktiviteleri saptandı. Mikrobiyal organik ekstraktların denenen tüm test organizmalarına karşı yüksek oranda antimikrobiyal aktivite gösterdiği tespit edildi. Geniş spektrum ve yüksek zon çapı açısından en iyi aktiviteye GYM besiyerinde üretilen izolatların ekstraktlarında rastlandı. Streptomyces'ların ürettikleri metabolitlerin analizi için sıvı kromatografisi-ikili kütle spektroskopisi (LC-MS/MS) kullanıldı. İzolatların üretmiş oldukları metabolitlerin kimyasal özellikleri ve ilişkili oldukları metabolik yolakların tespit edilmesiyle, bu metabolitlerin dereplikasyonu ve kesin olmayan identifikasyonları değerlendirildi. Dereplikasyon analizleri sonucunda; lyngbyatoxin A, aktinomycin D, enterocin, alteramide B, malyngamide K ve bouillonamide B gibi önemli biyoaktif doğal ürünlerin varlığı ortaya kondu. Genom analizi ile Streptomyces sp. BA2 genomunda; poliketid sentaz (PKS), ribosomal olmayan peptid sentetaz (NRPS), terpen, ektoin, indol, lantibiyotik ve sideroforlar gibi farklı doğal ürünleri sentezleyebilme potansiyeline sahip ve kaydadeğer çeşitlilikte biyosentetik gen kümeleri tespit edildi. Daha da önemlisi, glikogenomik stratejisi kullanılarak, Streptomyces sp. BA2'nin kültür ortamında yeni bir glikolize bileşiğe ve bu bileşiğin sentezinden sorumlu olduğu düşünülen PKS-II bütirilakton gen kümesine ulaşıldı.

Özet (Çeviri)

Terrestrial actinomycetes are an important source to discovery novel bioactive compounds. In this study, the previously isolated and identified rhizosphere Streptomyces strains were screened to explore the bioactive natural product capacity by using genomics and metabolomics approaches. The six Streptomyces strains (AA50, AS41, BA2, BS40, CA17 and CAH29) were cultivated in three modified culture media and metabolites were extracted by using different organic solvents. The antimicrobial activity was determined against to pathogen bacteria and C. albicans. The microbial organic extracts had high antibacterial activities against to all tested microbes. The highest antimicrobial activity in terms of high zone diameter and wide spectrum was obtained from culture extracts of GYM medium for all organisms. Metabolic profiling was performed by a non-targeted LC-MS/MS approach. Dereplication and tentative identification of natural products were evaluated for common chemical properties and their associated pathways. Significant bioactive natural products such as lyngbyatoxin A, actinomycin D, enterocin, alteramide B, malyngamide K and bouillonamide B were determined. The genome of Streptomyces sp. BA2 was prospected in search of biosynthetic gene clusters including polyketide synthase (PKS), nonribosomal peptide synthetase (NPRS), terpene, ectoin, indole, lantibiotics, and siderophores. It has been determined the considerable diversity of natural product biosynthetic gene clusters in its genome. More importantly, according to the glycogenomics study, an unknown glycosylated compound associated with a PKS-II butyrolactone gene cluster was established through chemical and genomic analyses.

Benzer Tezler

  1. Farklı habitatlardan izole edilen aktinomiset genomlarında yeni ilaç adaylarının taranması

    Mining of actinomycete genomes for the discovery of new natural products

    SÜLEYMAN ÖZAKIN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    BiyolojiDicle Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EBRU İNCE

  2. Karasal ortamlardan izole edilen streptomyces türlerinin sekonder metabolit biyosentez genlerinin taranması

    Screening of secondary metabolite biosynthesis genes from terrestrial streptomyces strains

    BÜLENT BALİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    BiyoteknolojiDicle Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EBRU İNCE YILMAZ

  3. Molecular phylogenetic analysis of actinomycetes isolated from sediments of Aegean Sea

    Ege Denizi sedimanlarından izole edilen aktinomisetlerin moleküler filogenetik analizi

    İLKNUR TUNÇER

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    Deniz BilimleriDokuz Eylül Üniversitesi

    Deniz Bilimleri ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NİHAYET BİZSEL

  4. Rizosferik aktinomiset izolatları tarafından üretilen agroaktif ve biyoaktif bileşiklerin taranması ve üretim ortamı optimizasyonu

    Screening of agroactive and bioactive compounds produced by rhizospheric actinomycetes isolates and production medium optimization

    HÜSEYİN EVLAT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    BiyoteknolojiEge Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ALİ KOÇYİĞİT

  5. Karasal iklim şartlarındaki bir binanın enerji analizi ve yeşil bina dönüşüm yöntemlerinin araştırılması

    Investigation of energy analysis of a building and transform methods to green building in continental climate

    ALPER BALO

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    EnerjiGazi Üniversitesi

    Enerji Sistemleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SERHAT KARYEYEN