Geri Dön

Karasal ortamlardan izole edilen streptomyces türlerinin sekonder metabolit biyosentez genlerinin taranması

Screening of secondary metabolite biosynthesis genes from terrestrial streptomyces strains

PDF İndir

  1. Tez No: 300006
  2. Yazar: BÜLENT BALİ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. EBRU İNCE YILMAZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2011
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Dicle Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 93

Özet

Mikrobiyal sekonder bileşikler, potansiyel olarak sahip oldukları özel yapıları ve biyolojik aktiviteleri ile doğal bileşiklerin zengin kaynaklarından birini teşkil ederler. Actinomycetales takımına dahil olan Streptomyces türleri, çoğu biyolojik olarak aktif olan sekonder metabolitleri üretme yeteneğine sahip olan organizma grubudurlar. Bu sekonder metabolitlerden başlıcaları; antibakteriyel, antifungal ve antitümör ajanlardır. Yeni biyoaktif metabolitlerin keşfi için temel strateji Streptomyces gibi iyi bilinen ve yetenekli organizmalarda yeni bileşiklerin taranmasıdır. Yeni antimikrobiyal ajanların bulunması için bunların sentezinde görevli olan biyosentetik genlerin, üretici bakterilerin genomlarında taranması yaklaşımı, farklı taksonomik gruplarda ve aktinomisetlerde uygulanmıştır. Bu yaklaşım, yüksek metabolik potansiyele sahip yabanıl tip izolatların metabolik potansiyellerinin ortaya çıkarılmasında önemli bir strateji olarak görünmektedir. Ribozomal Olmayan Peptid Sentetazlar (NRPS) ve Poliketid Sentazlar (PKS), mikroorganizmalar tarafından üretilen önemli biyoaktif bileşiklerin büyük bir kısmının sentezinde gerekli biyosentetik sistemlerdir.Bu çalışmada; endemik bitki rizosferlerinden izolasyonları ve moleküler teşhisleri yapılmış 15 farklı Streptomyces izolatının, PCR ile NRPS ve PKS-I genlerinin taranması amaçlanmıştır. Yapılan PCR taraması sonucunda izolatların tümünde NRPS ve PKS-I genleri tespit edilmiştir. Streptomyces sp. BSH50 izolatına ait NRPS genlerinin adenilasyon domainleri ve Streptomyces sp. AS29 izolatına ait PKS-I genlerinin ketosentaz domainleri klonlanarak mini gen kütüphaneleri kurulmuştur. Streptomyces sp. BSH50 ve Streptomyces sp. AS29 izolatlarının mini gen kütüphanelerinden seçilen klonların DNA dizi analizi yapılmıştır. Elde edilen sekanslar NCBI (Amerikan Ulusal Biyoteknoloji Enformasyon Merkezi) web sitesindeki BLAST programı kullanılarak analiz edilmiştir. Streptomyces sp. BSH50 izolatının, NRPS genlerine ait 11 farklı A domaini içerdiği ve bu domainlerin şimdiye kadar rapor edilmiş olanlar ile % 45 - 94 oranında değişen homolojilere sahip olduğu görülmüştür. Streptomyces sp. AS29 izolatının, PKS-I mini gen kütüphanesinin analizlerine göre ise, bu izolatın PKS-I genlerine ait 3 farklı KS domainine sahip olduğu tespit edilmiştir. Bu domainlerin Genbankasında şimdiye kadar bulunan PKS-I genleri ile % 61 - 72 oranında homolojisi tespit edilmiştir. Bundan sonraki çalışmalarda; şimdiye kadar rapor edilmiş biyosentez genleri ile düşük seviyede akrabalığı olan domainler, homolog prob olarak kullanılarak yapılacak hibridizasyon deneylerinde, ilgili izolatın genomunda, domainlerin ait olduğu gen kümelerine ulaşılmaya çalışılacaktır.

Özet (Çeviri)

Microbial secondary metabolites represent a large source of compounds endowed with ingenious structures and potent biological activites. Streptomyces strains which are belonging to the order Actinomycetales are superior to other actinomycete strains in their abilitiy to produce large numbers and varietes of bioactive metabolites. The main compounds of these secondary metabolites are antibacterial, antifungal and antitumour agents. To explore new bioactive secondary metabolites, the main strategy is to search for new compounds from well known and talented microorganisms such as Streptomyces. The dedection of gene sequences involved in the synthesis of secondary metabolites to evaluate the biosynthetic potential has already been described in different taxonomic groups and actinomycetes. This approach may represent an alternative way to focus the screening on wild-type isolates with the highest metabolic potential. Nonribosomal peptide sythetases (NRPS) and poliketide synthases (PKS) are biosynthetic systems involved in the synthesis of large number of important biologically active compounds produced by actinomycetes .In our study, it was used that 15 Streptomyces strain which were previously isolated rhizospheric soils of some Turkish endemic plants and characterized by molecular methods. Our aim was to screen the NRPS and PKS-I genes in the genom of these local strains by PCR approach. It was determined that all 15 strain have NRPS and PKS-I genes. PCR amplicons of NRPS genes from Streptomyces sp BSH50 and PKS-I genes from Streptomyces sp AS29 were cloned to constitute mini libraries. Sequence analysis of selected clones from the libraries were compared to the published sequences by using BLAST software in the NCBI (National Center for Biotechnology Information) GenBank. According to our results, Streptomyces sp BSH50 has 11 different A domains those are belong to NRPS genes. These domains have homology between 45 - 95 % with the other genes published in GenBank. It was found that Streptomyces sp AS29 has 3 different KS domains for PKS-I genes. The PKS-I genes of this isolate have homology between 61 - 72 % when compared to other published PKS-I genes. In future work, pütative new domains will be used as homolog probes in hybridization experiments to reach new biosynthetic gene clusters in the genome of isolates.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    304888

    Denizel funguslardan biyoaktif metabolit üretimi

    Bioactive metabolite production from marine fungi

    ŞABAN ORÇUN KALKAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    BiyolojiEge Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ATAÇ UZEL

  2. Tez No

    910417

    Biyosürfaktan üreten bakterilerin denizel çevrelerden izolasyonu ve moleküler karakterizasyonu

    Isolation and molecular characterization of biosurfactant producing bacteria from marine environments

    SEDA GÜLLÜ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    MikrobiyolojiEge Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HÜSNİYE TANSEL YALÇIN

  3. Tez No

    807159

    Evaluating & comparing microplastic uptake by different groups of freshwater invertebrates

    Farklı tatlı su omurgasız gruplarının mikroplastik alımının değerlendirilmesi ve karşılaştırılması

    GÜLŞEN NİLAY TUNCER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MELİKE GÜREL

  4. Tez No

    713474

    Kirli topraklardan izole edilen bazı bakteri türlerinin etkileriyle ham petrolün biyodegradasyonu

    Biodegradation of crude oil by the action of some bacterial species isolated from polluted soils

    KHALAF MOHAMMED KHALAF KHALAF

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MELDA DÖLARSLAN

    PROF. DR. YASSİN HUSSEİN OWAİD AL-JUBOURI

  5. Tez No

    895786

    Türkiye'de yayılış gösteren epifitik briyofitlerin substrat tercihlerinin PAST programı ile analizi

    Analysis of substrate preferences of epiphytic bryophytes distributed in Turkey with PAST program

    BERNA DÖNER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyolojiNevşehir Hacı Bektaş Veli Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. RECEP KARA

Geri Dön