Mitokondriyal kalıtım olduğu düşünülen, tanı konulamamış ve nadir gözlenen nöroloji, psikiyatri, metabolizma hastalarında mitokondriyal DNA (mtDNA) genlerinin taranması
Screening of mitochondrial DNA (mtDNA) genes in rare neurological, psychiatric, metabolic disorder patient with no diagnosis and mitochondrial inheritance
- Tez No: 545372
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MUSTAFA TÜRKER DUMAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Endokrinoloji ve Metabolizma Hastalıkları, Genetik, Endocrinology and Metabolic Diseases, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Biyoteknoloji Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Temel Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 248
Özet
Mitokondriyal hastalıklar (MH)'ler, klinik bulguları çok farklılık gösterdiği için hastalara tanı koymak oldukça zordur. Çalışmada, Nöroloji, Psikiyatri ve Metabolizma hastalıkları kliniklerinde MH olduğu düşünülen fakat spesifik bir teşhis koyulamayan hastalarda, Yeni Nesil Dizileme (YND) tekniği ile mitokondri genomu taranarak, MH düşünülen vakalardaki mtDNA etkisinin gerçek oranının belirlenmesi, MH'ye özgü Türkiye'de sık görülen mutasyonların ve mtDNA genlerinin spesifik bir hastalıkla ilişkili olup olmadığının gösterilmesi amaçlanmıştır. MH olduğu düşünülen yirmibeş olgu ve aile bireylerden alınan kan örnekleriyle izole edilen DNA'lar YND (Illumina Miseq) yöntemiyle taranarak, saptanan değişiklikler için olgu ve aile bireylerinde Sanger Dizileme ile doğrulama yapılarak, biyoinformatik veri tabanlarında patojenitesi, fenotip/genotip ilişkisi belirlenmiştir. Mitokondriyal genomu taranan 25 hastada toplam 15 farklı varyant saptanmıştır. Hastalardan 14'ü mtDNA değişiklikleri açısından normal bulunmuş, CentoGene veritabanına göre, saptanan varyantlardan ikisi Class 1, dördü Class 2 ve dokuz varyant ise Class 3 olarak değerlendirilmiştir. Çalışma sonucunda MH ile ilgili olduğu düşünülen 4'ü ilk kez, 2'si daha önce başka hastalıklarla bildirilmiş ve bu çalışmada ilk kez Leigh ile raporlanan toplam 6 varyant tanımlanmıştır. Sonuçlar, Leigh şüphesiyle çalışmaya alınan 7 hastanın 5'inde (yaklaşık %70) hastalığın mtDNA mutasyonlarından kaynaklı olabileceğini göstermektedir. Özellikle Leigh ön tanılı hastalarda mtDNA-Kompleks I, III ve V genlerinin taranmasının öncelikli klinik testler arasında olması gerektiği düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Mitochondrial diseases (MD) are very difficult to diagnose because their clinical findings vary widely. In this study, we screened mtDNA genes using Next-Generation-Sequencing (NGS) in the patients who are considered to have mitochondrial disease but remain undiagnosed from Neurology, Psychiatry and Metabolism clinics. The aim of the study was to determine the mtDNA effect in these patients and to investigate common mtDNA mutations or genes in Turkey. DNA samples were isolated from MD suspected twenty-five cases and their family members. mtDNA was screened by NGS (Illumina-Miseq) method and determined variants were validated both in patients and family members by Sanger Sequencing. The variants were evaluated in biyoinformatic databases and determinated pathogenesis and phenotype/genotype correlation. Fifteen different variants in 11 patients were identified in 25 patients examined. Fourteen of the patients were found to be normal in terms of mtDNA changes. According to the CentoGene database, two of the identified variants were Class 1, four were Class 2 and nine were Class 3. As a result of the study, total 6 variants have been described in relation to MD. Four of these variants have been described for the first time in the literature. Other two, previously reported with other diseases, were associated with Leigh in our study for the first time. Results showed that, 5 out of 7 (about 70%) patients with Leigh suspicion were detected as mtDNA causative. It is thought that especially in patients with Leigh pre-diagnosis, mtDNA screening should be among the primary clinical tests and especially Complex I, IV and V genes should be taken into consideration in terms of MD.
Benzer Tezler
- Ailesel epilepsi ve/veya mental motor retardasyonlu çocuklarda klinik, laboratuvar ve pedigri incelemeleri
Examinations of clinical, laboratory and pedigrees in children with familial epilepsy and/or mental motor retardation
FESİH AKTAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıYüzüncü Yıl ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN ÇAKSEN
- Ailesel epilepsi, motor ve/veya zihinsel yetersizlikli çocuklarda klinik, laboratuvar ve pedigri incelemeleri
Clinical and laboratory findings and pedigree analysis in children with familial epilepsy, motor retardation and/or intellectual disability
GÖKÇEN ÜNAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıNecmettin Erbakan ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN ÇAKSEN
- Mitokondriyal hastalık öntanılı hastalarda tüm ekzom dizi analizi ile moleküler genetik tanının araştırılması ve sorumlu yeni genlerin keşfi
Whole exome sequencing in patients with suspicion of mitochondrial disease and discovery of new genes
MELİS KÖSE
Doktora
Türkçe
2023
GenetikEge ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERİŞTAH FERDA ÖZKINAY
DOÇ. DR. TAHİR ATİK
DOÇ. DR. SAMİM ÖZEN
- Mitokondriyal genomun ileri değişken HVRI ve HVRII bölgelerinde görülen varyasyonların Türkiye toplumunda analizleri
Analysis of the variations in the advanced variable HVRI and HVRII regions of the mitochondrial genome in Turkish population
DİLAN BAŞTUĞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Adli TıpAnkara ÜniversitesiDisiplinlerarası Adli Bilimler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NACİYE LALE TUFAN
- Development of a Drosophila CMT4A model using IMAGO approach
İAGSY yaklaşımını kullanarak bir CMT4A Drosophila modelinin geliştirilmesi
KEREM YILDIRIM
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESRA BATTALOĞLU
DOÇ. DR. ARZU ÇELİK FUSS