Geri Dön

Matriks aracılı lazer dezorbsiyon iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi (Maldı-Tof Ms) ile tıbbi önemi olan maya mantarlarının tanımlanması

Identification of yeasts with medical importance by matrix-mediated laser discharge ionization flight time mass spectrometry (Maldı-Tof Ms)

PDF İndir

  1. Tez No: 555481
  2. Yazar: DUDU ÇUHADAR
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. BAHADIR FEYZİOĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Candida spp, MALDI-TOF MS, VITEK-2, Candida spp, MALDI-TOF MS, VITEK-2
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Necmettin Erbakan Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 80

Özet

Mantar etkenleri sindirim, solunum ve ürogenital sistemi başta olmak üzere normal flora üyesi olarak veya bir kolonizasyon unsuru olarak, insan ve hayvanların mukoza ve derisinde yaygın olarak bulunurlar. Öte yandan, direkt patojen olarak veya çevresel ve bireysel koşulların organizmanın aleyhine değiştiği durumlarda fırsatçı patojen olarak, hafif enfeksiyondan sistemik ağır enfeksiyonlara kadar değişebilen durumlara yol açabilirler. Özellikle bağışıklık sistemi baskılanmış hastalarda yüksek morbidite ve mortaliteye yol açtığı için bu mantar enfeksiyonlarına sebep olan türlerinin erken ve güvenilir tanımlanması önemlidir. Böylece, uygun ve zamanında yapılmış antifungal tedavi ile morbidite ve mortalite oranları en aza indirilebilmektedir. Mantar türlerinin tanımlanması için geçmişten günümüze klinik mikoloji laboratuarlarında çeşitli yöntemler kullanılmıştır. Bu klasik yöntemlere ilave olarak son yıllarda kimyasal spektroskopi ve kütle analizi yöntemleri kullanılmaya başlanmıştır. Özellikle, Matrix-assisted laser desorption/ionization- Time of Flight-Mass Spectrophotometry (MALDI-TOF MS) tabanlı sistem, mantar türlerinin rutin tanımlanması için ilginç bir alternatif olmuştur. Aslında çok yeni sayılmayacak bu yöntemin mikroorganizma tanımlanmasında kullanımı yeni bir trend oluşturmuştur. Bakteriyel tanımlamada çok sayıda çalışma ve başarılı sonuçların ardından fungal tanımlama için de benzer yaklaşımlar oluşmaya başlamıştır. Araştırmamızda, klinik mikoloji laboratuarlarının tanı algoritmasında MALDI-TOF MS kullanımının belirlenmesini amaçladık. Rutin tanımlamanın bir parçası olarak, kullanımı standardize edilmiş onaylı ticari bir sistem olan VITEK-2 sistem ile MALDI-TOF MS sistemini eş zamanlı olarak tanımlama performanslarını belirledik. Bu çalışmada, Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Hastanesi Laboratuvarına gönderilen klinik örneklerden elde edilen, 158 Candida spp. izolatı kullanıldı. VITEK-2 ile yapılan tür tanımlamasında izolatların 83 (%52.6)' ü C.albicans, 27 (%17.1)' si C.glabrata, 21 (%13.2)' i C.parapisilosis, 9 (%5.7)' u C.kefyr, 9 (%5.7)' u C.krusei, 7 (%4.4)' si C.tropicalis, 2 (%1.3)' si C.dubliniensis olarak tanımlandı. MALDI-TOF MS ile ise 77 (%48.7)' si C.albicans, 28 (%17.8)' i C.glabrata, 20 (%12.7)' si C.parapisilosis, 11 (%6.9)' i C.kefyr, 11 (%6.9)' i C.krusei, 8 (%5.1)' i C.tropicalis, 2 (%1.3)' si C.dubliniensis, 1 (%0.6)' i C.membranifaciens olarak tanımlandı. Araştırmamızın sonucunda; iki sistem benzer tanımlama performansı sergilemiştir. Candida türlerinin tanımlamasında tatmin edici sonuçlar elde ettiğimiz MALDI-TOF MS sistemi, kısa çalışma süresi ve düşük sarf maliyeti ile önemli avantajlar sunmuştur. Cihaz, program ve bakım/değişim maliyetlerinin makul seviyelere inmesi durumunda, klinik mikoloji laboratuarlarının tanı algoritmasında MALDI-TOF MS kullanımının yaygınlaşacağı kanaatindeyiz.

Özet (Çeviri)

Fungal agents are commonly found in digestive, respiratory and urogenital systems, as members of normal flora or as an element of colonization, in the mucosa and skin of humans and animals. On the other hand, as a direct pathogen or as an opportunistic pathogen when environmental and individual conditions change against the organism, they can lead to conditions ranging from mild infection to systemic severe infections. Early and reliable identification of the species that cause these fungal infections is important, especially since it leads to high morbidity and mortality in immunocompromised patients. Thus, morbidity and mortality rates can be minimized by appropriate and timely antifungal therapy. Various methods have been used in clinical mycology laboratories from past to present for identification of fungal species. In addition to these classical methods, chemical spectroscopy and mass analysis methods have been used in recent years. In particular, the Matrix-assisted laser desorption / Ionization-Time of Flight-Mass Spectrophotometry (MALDI-TOF MS) based system has been an interesting alternative to the routine identification of fungal species. In fact, this method is not considered very new in the definition of microorganisms but it has created a new trend. After several studies and successful results in bacterial identification, similar approaches have begun for fungal identification. In our study, we aimed to determine the use of MALDI-TOF MS in the diagnostic algorithm of clinical mycology laboratories. We have simultaneously identified the performance of the VITEK-2 system, which is a standardized commercialized system for use as part of the routine identification, and the MALDI-TOF MS system. In this study, 158 Candida spp. obtained from clinical samples sent to Necmettin Erbakan University Meram Medical Faculty Hospital Laboratory isolate was used. In VITEK-2 identification, 83 (52.6%) of the isolates were C.albicans, 27 (17.1%) were C.glabrata, 21 (13.2%) were C.parapisilosis, 9 (5.7%) were C.kefyr, 9 (5.7%) were C.crusei, 7 (4.4%) C.tropicalis, 2 (1.3%) were defined as C.dubliniensis. In MALDI-TOF MS, 77 (48.7%) were C.albicans, 28 (17.8%) were C.glabrata, 20 (12.7%) were C.parapisilosis, 11 (6.9%) were C.kefyr, 11 (6.9%) were C. krusei, 8 (5.1%) were C.tropicalis, 2 (1.3%) were C.dubliniensis and 1 (0.6%) was defined as C.membranifaciens. As a result of our research; the two systems exhibited similar identification performance. The MALDI-TOF MS system, where we obtained satisfactory results in the identification of the Candida species, provided significant advantages with short operating time and low consumption cost. We believe that the use of MALDI-TOF MS in the diagnostic algorithm of clinical mycology laboratories will become more widespread if device, program and maintenance / exchange costs decrease to reasonable levels.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    877640

    Köprüçay, Manavgat Çayı ve geçiş sularından temin edilen plastiferlerde bulunan bakterilerin teşhisi

    Diagnosis of bacteria in plastisphere obtained from Köprüçay, Manavgat Stream and estuaries

    KEREM GÖKDAĞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Deniz BilimleriAkdeniz Üniversitesi

    Temel Bilimler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İFAKAT TÜLAY ÇAĞATAY

  2. Tez No

    859208

    Batı akdeniz bölgesindeki gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss Walbaum 1792) çiftliklerinden izole edilen bakteriyel hastalık etkenlerinin, antibiyotik direnç genlerinin ve bazı endemik mercan köşk (Origanum spp.) yağlarının etkenlere karşı antimikrobiyal etkilerinin belirlenmesi

    Determination of isolated bacterial disease causes,antibiotic resistance genes and the antimicrobial effects of some endemic marjoram (Origanum spp.) species oils against agents in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss Walbaum 1792) farm operating from the west mediterranean region

    YUSUF AKTOP

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Su ÜrünleriAkdeniz Üniversitesi

    Su Ürünleri Temel Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İFAKAT TÜLAY ÇAĞATAY

  3. Tez No

    753318

    Dermatofitlerin konvansiyonel ve maldı-tof yöntemi ile tanımlanmaları ve sıvı mikrodilusyon yöntemiyle antifungal duyarlılık profilleri

    Identification of dermatophytes by conventional and maldi-tof methods and antifungal susceptibility profiles by liquid microdilution method

    NİHAL ALEM TEKİNASLAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    MikrobiyolojiAnkara Üniversitesi

    Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BARIŞ SAREYYÜPOĞLU

  4. Tez No

    805316

    Doğrudan pozitif kan kültür şişelerinden matriks aracılı lazer dezorpsiyon iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) ile hızlı mikrobiyal tanımlamada farklı yöntemlerin araştırılması

    Investigation of different methods in rapid microbial identification from directly positive blood culture bottles by matrix assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS)

    DİLAN KARADAĞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    MikrobiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MAHMUT CEM ERGON

  5. Tez No

    657521

    Kolistin dirençli karbapenemaz üreten klebsiella pneumonıae'da antibiyotiklerin sinerjistik aktivitelerinin MALDI-TOF MS ile belirlenmesi

    Determination of synergistic activities of antibiotics in klebsiella pneumoniae producing colistin-resistant carbapenemase with MALDI-TOF MS

    ÇAĞLAR YUSUF YÜCEDAĞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    MikrobiyolojiSakarya Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA ALTINDİŞ

Geri Dön