Bakteriyel gastorenterit etkenlerinin tespitinde BD mx enterik bakteriyel panel ile rutin kültür yönteminin karşılaştırılması
Comparison of routine culture methods with bd MAX enteric bacterial panel for the detection of causative agents of bacterial gastroenteritis
- Tez No: 466974
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ELİF AKTAŞ SEPETCİ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
- Enstitü: İstanbul Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 175
Özet
Bakteriyel gastroenterit etkenleri, yüksek morbidite ve mortalite oranları ile seyreden, dünya çapında önemli sağlık sorunlarına neden olmaktadırlar. Bu etkenlerin zamanında tespit edilememesi ampirik antibiyotik tedavilerinde artışa yol açmakta, uygunsuz antibiyotik kullanımıyla dirençli etkenler oluşmakta ve dünya çapında ciddi ekonomik kayıplar ortaya çıkmaktadır. Bu çalışmada amaç; bakteriyel gastroenterit etkenlerinin tespitinde, hızlı tanı amacıyla kullanıma sunulan, moleküler yöntem prensibi ile çalışan BD MAX enterik bakteriyel panel (BD MAX EBP) ile standart yöntem olan kültürün etkinliğini karşılaştırmaktır. Bu amaca yönelik olarak; Ağustos 2016-Şubat 2017 tarihleri arasında T.C. Sağlık Bilimleri Üniversitesi Şişli Hamidiye Etfal Eğitim ve Araştırma Hastanesi Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gastroenterit ön tanısıyla kültür için gönderilen 292 dışkı örneği değerlendirilmiştir. Bu örneklerin 220'si, korumasız dışkı kaplarına konularak, 72'si ise Cary-Blair taşıma besiyerinin ve korumasız dışkı kaplarının her ikisine de konularak laboratuvara ulaştırılmıştır. Örnekler, BD MAX EBP ile üretici talimatları doğrultusunda çalışılmış ve eş zamanlı olarak örneklerin Campylobacter, Salmonella ve Shigella için kültürü yapılmıştır. Bakteri tanımlanmasında; biyokimyasal testler, serotiplendirme, antimikrobiyal duyarlılık testleri ve matriks aracılı lazer dezorbsiyon/iyonizasyon uçuş zamanlı kütle spektrometrisi (MALDI-TOF MS) kullanılmıştır. Ayrıca dışkı havuzlama çalışması yapılmıştır. Bu amaçla enterik patojenler açısından negatif olduğu bilinen dışkı örnekleri kullanılmıştır. Bu dışkı örnekleri ile bilinen Campylobacter, Salmonella ve Shigella suşları karıştırılarak 1x1000000 CFU/mL (koloni oluşturan birim/mililitre)'den 1x10 CFU/mL'ye kadar azalan konsantrasyonlarda bakteri içeren dışkı havuzları oluşturulmuştur. Bu örneklerin her biri hem kültürde hem BD MAX EBP ile çalışılmıştır. Böylece bu yöntemlerin saptayabildiği en düşük bakteri konsantrasyonları tespit edilmiştir. Dışkı havuzlama çalışmasında, Campylobacter için, kültürde 100000 CFU/mL, BD MAX EBP'de ise 1000 CFU/mL konsantrasyona kadar pozitiflik saptanmıştır. Salmonella için, kültür ve BD MAX EBP'nin her ikisinde de 10000 CFU/mL konsantrasyona kadar pozitiflik saptanmıştır. Shigella için ise, kültürde 105 CFU/mL, BD MAX EBP'de ise 1000 CFU/mL konsantrasyona kadar pozitiflik saptanmıştır. Korumasız dışkı kaplarında laboratuvara ulaştırılan örneklerde; Campylobacter için kültür pozitifliği ile BD MAX EBP sonucu arasında anlamlı bir fark olduğu tespit edilmiştir (p0,05). Hem kültür sonucunda hem de BD MAX EBP sonucunda iki (% 2,8) Salmonella tespit edilmiştir. Hem kültür hem de BD MAX EBP sonucunda Shigella pozitifliği görülmemiştir. Örnek gelme şekline göre, taşıma besiyerinde gelen örneklerde kültür sayısı (yedi) ve pozitiflik oranı (% 9,7), korumasız dışkı kabında gelen örneklerin sayısından (iki) ve pozitiflik oranından (% 0,9) anlamlı düzeyde yüksektir (p
Özet (Çeviri)
Bacteriel gastroenteritis causes important global health problems with high morbidity and mortality rates. Delays in identification of these infectious agents causes inappropiate empiric antibiotic use which leads to increase in antibiotic rezistance and serious global economic costs. In this study we aimed to compare the efficiency of standard culture method with BD MAX enteric bacterial panel (BD MAX EBP) that uses molecular testing method for the rapid identification. A total of 292 stool samples which were obtained from T.C. Sağlık Bilimleri University Sisli Hamidiye Etfal Training and Research Hospital Clinical Microbiology Laboratory with a diagnosis of gastroenteritis between August 2016 and February 2017 were examined in this study. 220 of these 292 samples were taken in unpreserved stool sample container and the remain 72 samples were taken both in Cary-Blair transport medium and unpreserved stool sample container. Samples were tested with the BD Max EBP assay as directed in the manifacturer's instructions and simultaneously cultures from the samples for Campylobacter, Salmonella ve Shigella were also performed. Biochemical tests, serotyping, antimicrobial susceptibility testing, matrix assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) were used for bacterial identification. Also pooling the stool samples was performed. For this aim the stool samples which were negative for enteric pathogen bacteria, were used. Stool sample pooling was performed by mixing these negative stool samples with Campylobacter, Salmonella and Shigella strains. These pools contains bacteria concentration between 1x1000000 CFU/mL(colony forming unit/mililiter) and 1x10 CFU/mL. Both bacterial culture and BD MAX enteric bacterial panel results from each of these samples were obtained. Thereby the lowest concentrations of bacteria in samples which can be detected by these two methods, were determinated. By stool sample pooling for Campylobacter in culture, a concentration of 100000 CFU/mL or more and in BD MAX EBP a concentration of 1000 CFU/mL or more provided positive results. For Salmonella in both culture and BD MAX EBP a concentration of 10000 CFU/mL or more provided positive results. For Shigella in culture a concentration of 100000 CFU/mL or more and in BD MAX EBP a concentration of 1000 CFU/mL or more provided positive results. There was a statistically significant difference for Campylobacter between positive culture results and BD MAX EBP positive results from samples in unpreserved stool sample container (p0.05). Two (2.8 %) Salmonella positive results were detected on both culture results and BD MAX EBP tests. No any Shigella positive results were detected on both culture results and BD MAX EBP tests. Regarding transport materiel of samples, culture positive samples rate (9.7 %) (n:7) of samples which were transported in transport media was significantly higher than culture positive samples rate (0.9 %) (n:2) of samples which were transported in unpreserved stool sample container (p
Benzer Tezler
- İshali olan immünsupresif hastalarda fırsatçı ve fırsatçı olmayan protozoonların sıklığının konvansiyonel yöntemler ve multipleks PZR ile araştırılması
Investigation of the frequency of opportunistic and NON-opportunistic protozoa in immunosuppressive patients with diarrhea by conventional methods and multiplex PCR
FATMA ESENKAYA TAŞBENT
Doktora
Türkçe
2022
ParazitolojiSelçuk ÜniversitesiPeriodontoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZLEM DERİNBAY EKİCİ
- Bakteriyel gastroenterit etkenlerinin araştırılması
Investigation of the agents of bacterial gastroenteritis
HATİCE İŞİM
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
MikrobiyolojiGaziantep ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YASEMİN ZER
- Çocukluk yaş grubunda akut bakteriyel gastroenterit etkenlerinin dağılımı
Distribution of agents of acute bacterial gastroenteritis in childhood age group
ORHAN BAYLAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1996
MikrobiyolojiGATAMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. ALİ ALBAY
- Dışkı örneklerinde gastroenterit etkenlerinin araştırılması
Dişki örneklerinde gastroenterit etkenlerinin araştirilmasi
VESİLE YAZICI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2008
MikrobiyolojiAdnan Menderes ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BERNA GÜLTEKİN
- 0-17 yaş grubunda gastroenterit etkenlerinin multiplex PCR yöntemiyle değerlendirilmesi
Evaluation of gastroenteritis causes in the 0-17 age group by multiplex PCR method
MERVE KAYABAŞ ACUN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
MikrobiyolojiGaziantep ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TEKİN KARSLIGİL