Beyaz şapkalı kültür mantarı (Agaricus bisporus) genomunda ABC proteinlerinden PDR alt ailesinin biyoinformatik analizi ve ifade profili
Bioinformatic and expression analysis of PDR subfamily of ABC proteins in cultivated mushroom (Agaricus bisporus) genome
- Tez No: 560778
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BİRSEN ÇAKIR AYDEMİR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışma ile beyaz şapkalı kültür mantarı (Agaricus bisporus),“Agaricus bisporus genome browser”ve çeşitli biyoinformatik veritabanları kullanılarak ABCG alt protein ailesine ait üyelerin tanımlanması ve sonrasında çeşitli gelişim dönemlerine ait şapka ve saplarda bu belirlenen genlerin Real-time PCR yöntemi kullanarak ifade analizleri amaçlanmıştır. ATP bağlayan kaset taşıyıcıları (ABC) membran proteinleri en büyük ve çeşitlenmiş protein ailelerinden birisidir. ATP Bağlanan Kaset taşıyıcı proteinler (ABC); bitkinin gelişiminde ve patojenlere karşı savunma mekanizmasında rol alan çeşitli özgül maddeleri taşımasında görev alırlar. Pleiotropik ilaç dirençi (PDR) alt protein ailesi, ilaç direnci, sterol alımı, strese cevap, zayıf organik asit ve terponoidlere tolerans, mebran fosfolipidlerinin translokasyonu ve“quorum sensing”de rol oynamaktadır. Bu tez çalışmasında, beyaz şapkalı kültür mantarı (Agaricus bisporus) genomunda, 7 adet PDR alt ailesine ait proteinler biyoinformatik analizler ile tanımlanmıştır. Beyaz şapkalı kültür mantarı (Agaricus Bisporus) genomunun biyoinformatik analizi ile AbPDR proteinlerini kodlayan genler (AbPDRs), belirlenerek filogenetik ağaç oluşturulmuş ve farklı organlarda bu genlerin ifade seviyeleri belirlenmiştir. Elde edilen veriler sonucunda; AbPDR2 ile AbPDR5'in anti-fungal bileşiklere karşı direnç mekanizmasında görev aldığı düşünülmektedir. AbPDR1, AbPDR3, AbPDR4 ile AbPDR7'nin hücre zarının dışarı bakan kısmında veya hücreler arası boşlukta yer aldığı ve birlikte hareket ederek hücreler arası sinyal mekanizmasında ve lipit metabolizmasında görev aldıkları düşünülmektedir. AbPDR6 filogenetik olarak çok farklı dallanma göstermektedir ve her iki organda da yüksek miktarda ifade edilmiştir. Protein yapısını incelediğimizde; hücreler arası bağlantılarda rol alabileceği ve şapkalı mantarlarda sap ve şapka oluşumu için önemli bir role sahip olduğu düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
This study aimed to identify the members of ABCG subfamily of ABC Transporters in edible Mushroom (Agaricus bisporus), by using various bioinformatics databases; and to determine the expression profile of these genes in stalk and cap by Real-time PCR analysis. ATP-binding cassette carriers (ABC) are one of the largest and most diverse protein families within the membrane proteins. ATP Binding Cassette-carrying proteins (ABC) are very important because they carry various specific substances which play critical roles in the development of the plant and defense mechanisms against pathogens. Pleiotropic drug resistance (PDR) plays a role in the subfamily, drug resistance, sterol uptake, stress response, tolerance to weak organic acids and terpenoids, translocation of the membrane phospholipids and quorum sensing. In this study seven proteins of PDR subfamily in Agaricus bisporus genome were identified by bioinformatics analysis. The genes (AbPDRs) encoding for PDR proteins were identified by bioinformatic analysis and a phylogenetic tree was constructed. Besides, for the first time, the expression levels of AbPDRs at different organs were determined. As a result of the data obtained; AbPDR2 and AbPDR5 are thought to be involved in the mechanism of resistance against anti-fungal compounds. AbPDR1, AbPDR3, AbPDR4 and AbPDR7 are thought to be involved in the outflow of the cell membrane or in the intercellular space, acting together and acting in the intercellular signaling mechanism and in lipid metabolism. AbPDR6 shows a very different branching phylogenetically, and has been expressed in high amounts in both organs. When we examine the protein structure it is thought that it may play a role in intercellular connections and has an important role in the formation of stalks and hats in hat mushrooms.
Benzer Tezler
- Farklı derecelerde ısıtılmış süte farklı oranlarda katılan CaCl2'ün sütün pıhtılaşma süresine ve peynir randımanına etkisi üzerine araştırmalar
Başlık çevirisi yok
B.DİLARA ÖZGEN
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Gıda MühendisliğiEge ÜniversitesiSüt Teknolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SIDDIK GÖNÇ
- İzmir pazarlarında satılan taze köy peynirlerinin bazı nitelikleri ve özellikle zehirlenmeye neden olan bakteri içerikleri üzerinde araştırmalar
Başlık çevirisi yok
NURSEL VAPURCU
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Gıda MühendisliğiEge ÜniversitesiSüt Teknolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HASAN YAYGIN
- Bornova ekolojik koşullarında bazı haşhaş çeşitlerinin verim ve kaliteleri üzerinde araştırmalar
The Investigations on the yield and qualities of some popy vasied Bornova ecological conditions
HAMDİ AYGÜN
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
ZiraatEge ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞÜKRÜ HAZIM EMİROĞLU
- Bühler laboratuar değirmeninde uygulanan farklı diagramların un niteliklerine etkisi
Başlık çevirisi yok
ALİREZA ALİLOO
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Gıda MühendisliğiEge ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. S. SEZGİN ÜNAL