Beyaz şapkalı kültür mantarı (Agaricus bisporus) genomunda ABC proteinlerinden PDR alt ailesinin biyoinformatik analizi ve ifade profili
Bioinformatic and expression analysis of PDR subfamily of ABC proteins in cultivated mushroom (Agaricus bisporus) genome
- Tez No: 560778
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BİRSEN ÇAKIR AYDEMİR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 77
Özet
Bu çalışma ile beyaz şapkalı kültür mantarı (Agaricus bisporus),“Agaricus bisporus genome browser”ve çeşitli biyoinformatik veritabanları kullanılarak ABCG alt protein ailesine ait üyelerin tanımlanması ve sonrasında çeşitli gelişim dönemlerine ait şapka ve saplarda bu belirlenen genlerin Real-time PCR yöntemi kullanarak ifade analizleri amaçlanmıştır. ATP bağlayan kaset taşıyıcıları (ABC) membran proteinleri en büyük ve çeşitlenmiş protein ailelerinden birisidir. ATP Bağlanan Kaset taşıyıcı proteinler (ABC); bitkinin gelişiminde ve patojenlere karşı savunma mekanizmasında rol alan çeşitli özgül maddeleri taşımasında görev alırlar. Pleiotropik ilaç dirençi (PDR) alt protein ailesi, ilaç direnci, sterol alımı, strese cevap, zayıf organik asit ve terponoidlere tolerans, mebran fosfolipidlerinin translokasyonu ve“quorum sensing”de rol oynamaktadır. Bu tez çalışmasında, beyaz şapkalı kültür mantarı (Agaricus bisporus) genomunda, 7 adet PDR alt ailesine ait proteinler biyoinformatik analizler ile tanımlanmıştır. Beyaz şapkalı kültür mantarı (Agaricus Bisporus) genomunun biyoinformatik analizi ile AbPDR proteinlerini kodlayan genler (AbPDRs), belirlenerek filogenetik ağaç oluşturulmuş ve farklı organlarda bu genlerin ifade seviyeleri belirlenmiştir. Elde edilen veriler sonucunda; AbPDR2 ile AbPDR5'in anti-fungal bileşiklere karşı direnç mekanizmasında görev aldığı düşünülmektedir. AbPDR1, AbPDR3, AbPDR4 ile AbPDR7'nin hücre zarının dışarı bakan kısmında veya hücreler arası boşlukta yer aldığı ve birlikte hareket ederek hücreler arası sinyal mekanizmasında ve lipit metabolizmasında görev aldıkları düşünülmektedir. AbPDR6 filogenetik olarak çok farklı dallanma göstermektedir ve her iki organda da yüksek miktarda ifade edilmiştir. Protein yapısını incelediğimizde; hücreler arası bağlantılarda rol alabileceği ve şapkalı mantarlarda sap ve şapka oluşumu için önemli bir role sahip olduğu düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
This study aimed to identify the members of ABCG subfamily of ABC Transporters in edible Mushroom (Agaricus bisporus), by using various bioinformatics databases; and to determine the expression profile of these genes in stalk and cap by Real-time PCR analysis. ATP-binding cassette carriers (ABC) are one of the largest and most diverse protein families within the membrane proteins. ATP Binding Cassette-carrying proteins (ABC) are very important because they carry various specific substances which play critical roles in the development of the plant and defense mechanisms against pathogens. Pleiotropic drug resistance (PDR) plays a role in the subfamily, drug resistance, sterol uptake, stress response, tolerance to weak organic acids and terpenoids, translocation of the membrane phospholipids and quorum sensing. In this study seven proteins of PDR subfamily in Agaricus bisporus genome were identified by bioinformatics analysis. The genes (AbPDRs) encoding for PDR proteins were identified by bioinformatic analysis and a phylogenetic tree was constructed. Besides, for the first time, the expression levels of AbPDRs at different organs were determined. As a result of the data obtained; AbPDR2 and AbPDR5 are thought to be involved in the mechanism of resistance against anti-fungal compounds. AbPDR1, AbPDR3, AbPDR4 and AbPDR7 are thought to be involved in the outflow of the cell membrane or in the intercellular space, acting together and acting in the intercellular signaling mechanism and in lipid metabolism. AbPDR6 shows a very different branching phylogenetically, and has been expressed in high amounts in both organs. When we examine the protein structure it is thought that it may play a role in intercellular connections and has an important role in the formation of stalks and hats in hat mushrooms.
Benzer Tezler
- Beyaz şapkalı kültür mantarı (Agaricus bisporus) üretiminin eko-verimliliğinin belirlenmesi
Determination of eco-efficiency of button mushroom (Agaricus bisporus) production
HANDAN KAYAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
EnerjiHatay Mustafa Kemal ÜniversitesiBiyosistem Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖMER EREN
- Atımlı UV ışık ve gümüş nanopartiküllerinin beyaz şapkalı kültür mantarı (Agaricus bısporus) yüzeyinde listeria monocytogenes'in inaktivasyonu üzerine etkileri
Inactivation of listeria monocytogenes on the surface of cultivated mushroom (Agaricus bisporus) by pulsed uv light and silver nanoparticles
GAMZE KOÇER
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Gıda MühendisliğiCumhuriyet ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NENE MELTEM KEKLİK
- Konveksiyonel ve mikrodalga metotlar ile kurutulan mantarın (Agaricus bisporus) optimizasyon koşullarının belirlenmesi
Determination of optimization conditions for mushroom (Agaricus bisporus) dried by convectional and microwave methods
DERYA ATALAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Gıda MühendisliğiAbant İzzet Baysal ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HANDE SELEN ERGE
- Türkiye'de Agaricus bisporus, Pleurotus ostreatus mantarları üretimi yapan işletmelerin karşılaştığı sorunlar ve çözüm önerileri
Problems and solution proposals of companies produced Agaricus bisporus, Pleurotus ostreatus cultivated mushrooms in Turkey
SELİM GÜVEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Ormancılık ve Orman MühendisliğiDüzce ÜniversitesiOrman Endüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MESUT YALÇIN
- Antalya ili Korkuteli ilçesi mantar üretim alanlarında yaygın görülen bazı fungal hastalık etmenlerinin moleküler karakterizasyonu
Moleculer characterization of some common fungal pathogens causing diseases in mushroom production areas of Korkuteli district of Antalya province
DUYGU ATEŞ