BreastIS: A software tool for flexible breast MRI analysis
BreastIS: Meme MRG analiz yazılımı
- Tez No: 561260
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ESİN ÖZTÜRK IŞIK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Mühendislik Bilimleri, Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Bioengineering, Engineering Sciences, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Biyomedikal Mühendislik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Manyetik rezonans görüntüleme (MRG) meme kanserinin teshisi ve takibiyle ilgili oldukça faydalı bilgi saglamaktadır. Günümüzde meme MRGâde genellikle dinamik kontrastlı MRG (DKG), difüzyon agırlıklı MRG (DAG) ve proton MR spektroskopik görüntüleme (1H-MRSG) teknikleri kullanılmaktadır. Bu görüntüleme tekniklerinin analizlerini ayrı ayrı yapabilen farklı yazılımlar bulunmaktadır. Bu çalısmada tüm bu tekniklerin analizini yapabilen esnek ve açık kaynak kodlu BreastIS görüntü analizi yazılımı gelistirilmistir. BreastIS görüntü analizi yazılımı MATLAB kullanılarak programlanmıstır, ve kullanıcı ara yüzü MATLAB GUI ve Java kullanılarak gelistirilmistir. Windows, Linux ve Mac isletim sistemlerini desteklemektedir. Tasarlanan yazılımın analiz ve görüntü isleme algoritmalarını ve klinik veriye uyumlulugunu test etmek için retrospektif analizler yapılmıstır. DKG analizleri için 16 meme kanseri hastaya ait MRG ve DAG analizleri için de 6 meme kanserli hastaya ait MRG BreastIS yazılımı kullanılarak analiz edilmistir. Analizler sonucunda tümörlü ve saglıklı doku arasındaki farklılıkları saptamak için hesaplanan parametrelere Mann-Whitney sıra toplam testi uygulanmıstır. DKG analizleri sonucunda hesaplanan sinyalde ortalama yüzde artıs, erken evrede artıs yüzde artıs gibi parameterler tümörlü ve saglıklı doku için istatistiksel olarak anlamlı farklılıklar göstermistir (P<0.001). DAG analizleri sonucunda hesaplanan ortalama görünen difüzyon katsayısı tümörlü ve saglıklı doku için istatistiksel olarak anlamlı farklılıklar göstermistir (P=0.002).
Özet (Çeviri)
Magnetic resonance imaging of breast provides valuable information about breast tissue composition. A common breast MRI protocol may include dynamic contrast enhanced (DCE) MRI, diffusion weighted MRI (DWI) and proton MR spectroscopic imaging (1H-MRSI). There have been several software tools that can analyze each of these data types separately. In this study, a flexible and open-source postprocessing software called 'BreastIS 'was developed to analyze DCE-MRI, DWI, and 1H-MRSI and store them in a database for further exploration. BreastIS image processing software was implemented using MATLAB and the graphical user interface was developed using MATLAB GUI and Java. The software could be run onWindows, Mac and Linux computers. A retrospective study was conducted to test the suitability of the analysis algorithms of BreastIS tool for the use with clinical dataset. DCE-MRI data of 16 and DWI data of 6 breast cancer subjects were analyzed with BreastIS. For DCE-MRI analysis, the semi-quantitative parameters such as early and maximum percentage enhancement, signal uptake pattern and maximum pixel intensity were calculated for healthy and tumor regions of each subject. For DWI analysis, mean and maximum apparent diffusion coefficient (ADC) values were calculated for tumor and healthy regions of each subject. A Mann-Whitney rank sum test with Bonferroni multiple comparison correction was applied to find statistically significant differences between healthy and tumor regions. Maximum and early percentage enhancements and maximum pixel intensity were higher (P<0.001), and mean ADC values were lower in tumor regions (P=0.002). The DCE-MRI signal uptake pattern displayed wash-out in tumor regions. The sample analysis results indicated the suitability and usability of BreastIS tool for analysis of clinical breast MRI datasets.
Benzer Tezler
- Development of a modular and open-sourcetomographic imaging software : enhancingthe reconstruction module for low-dose CT and dbt
Modüler ve açık kaynak kodlu tomografik görüntülemeyazılımı: düşük doz BT ve SMT taramaları içinrekonstrüksiyon alt modülünün geliştirilmesi
SEMA ALTUN
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İSA YILDIRIM
- Meme merkezinde hasta akış diyagramının oluşturulması ve iyileştirilmesi
Modeling and improvement of patient flow chart in a breast cancer center
DUYGU ARSOY İLİKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Hastanelerİstanbul Teknik Üniversitesiİşletme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. HATİCE AKDAĞ
- Breast cancer detection and treatment using active sensor imaging and microwave hyperthermia
Aktif sensör görüntüleme ve mikrodalga hipertermi kullanarak meme kanseri tespiti ve tedavisi
FAWZIA ABDIEN ALI ABDULLA
Doktora
İngilizce
2025
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiSakarya ÜniversitesiElektrik ve Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AŞKIN DEMİRKOL
- Uzunlamasına çalışmaların analizinde karma etki modelleri
Mixed effects models for analyzing longitudinal studies
BEYZA DOĞANAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
BiyoistatistikAnkara ÜniversitesiBiyoistatistik Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. S. KENAN KÖSE
- Yapay zekâ destekli klinik karar destek sistemlerinin tanı doğruluğuna etkisi
The effect of artificial intelligence-supported clinical decision support systems on diagnostic accuracy
KAMRAN KAMAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
Sağlık Yönetimiİstanbul Okan ÜniversitesiSağlık Yönetimi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MUCİZE SARIHAN