Geri Dön

Elektroforez görüntü işleme arayüzü ve yazılımı geliştirme

Electrophoresis image processing interface and software development

  1. Tez No: 561834
  2. Yazar: KERİM ÖZKARA
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ AHMET REŞİT KAVSAOĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Mühendislik Bilimleri, Bioengineering, Engineering Sciences
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Karabük Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 94

Özet

Elektroforez işlemi sonucu elde edilen agaroz jel görüntülerinin analizini el ile yapmak zahmetli ve hata eğilimi yüksek olan işlemlerdir. Bu çalışmada, elektroforez sistemini yürüten gömülü sistem için bir yazılım ve arayüz tasarlanarak bu görüntülerinin analizinin otomatik olarak yapılması gerçekleştirilmiştir. Bu tasarım sayesinde uzun süren ölçümler ve hesaplamalar sonucu yapılan analizler gömülü sistem ile saniyeler içerisinde yapılabilmektedir. Böylelikle yürütme işlemi biter bitmez agaroz jel görüntüsünün incelenmesine imkân tanınmakta ve sonuçlara daha hızlı ulaşılması sağlanmaktadır. Bu sistem ile UV altında görülen jel görüntülerinin analizi, tasarlanan arayüz yazılımı ile gerçekleştirilmiştir. Görüntüler kamera aracılığı ile tasarlanan arayüz yazılımına aktarılıp OpenCV kütüphanesiyle görüntü işleme teknikleri Raspberry pi 3 B+ kullanan mini jel elektroforez sisteminin içine entegre edilmiştir.v Elektroforez görüntü işleme arayüzü ve yazılımının gömülü sistem ile kullanılmasıyla sistem, standart elektroforez görüntüleme sistemleri ve analiz için kullanılan bilgisayarlara göre daha kompakt bir yapıya dönüşmüştür. Yapılan karşılaştırmalar neticesinde bantların bulunma başarısı morfolojik geri çatma ve K-means yöntemleri kullanılarak artırılmıştır. Kullanıcılara kolaylık sağlaması açısından bu parametreleri bir arayüz sayesinde görüntüye göre ayarlamak mümkün kılınmıştır. Tasarlanan sistem klasik sistemlere göre daha hızlı, daha verimli ve daha doğru sonuçlar almaktadır. Sistem emsallerinden daha düşük maliyete sahiptir.

Özet (Çeviri)

The analysis of agarose gel images obtained by electrophoresis process is laborious and has high error tendency. In this study by designing a software and interface for the embedded system that runs the electrophoresis system, it is performed to analyze these images automatically. Via this design, the analyzes made as a result of long lasting measurements and calculations can be performed in seconds with the embedded system. Thus, as soon as the execution is completed, the agarose gel image can be examined and results are obtained more quickly. With this system, the analysis of gel images under UV was performed with the designed interface software. The images are transferred to the interface software via the camera and the image processing techniques are integrated into the mini gel electrophoresis system using Raspberry pi 3 B + with OpenCV library.vii By using the electrophoresis image processing interface and software with the embedded system, the system has become more compact compared to standard electrophoresis imaging systems and computers used for analysis. As a result of the comparisons, the presence of the bands was increased by morphological reconstruction and K-means methods. For the convenience of users, it is possible to adjust these parameters according to the image by means of an interface. The designed system is faster, more efficient and more accurate than conventional systems. The system has lower cost than its peers

Benzer Tezler

  1. Conceived crude exosomes from EVs of JAWS II cells and their nanoscale motion's analysis using advanced imaging techniques

    JAWS II hücrelerinden köken almış hücre dışı veziküller vegelişmiş görüntüleme tekniği kullanılarak nanometreölçeğinde hareketlerinin karakterizasyonu

    MUSTAFA KAYA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Bilim ve TeknolojiGebze Teknik Üniversitesi

    Nanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ OSMAN EKSİK

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ESRA MUTLU

  2. Radiküler kist ve granülomların dijital histogram analizi ile ayırdedilmesi

    Differention of radicular cyst and granulomas with digital histogram analysis

    ÜLKEM AYDIN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    Diş HekimliğiGazi Üniversitesi

    Diş Hastalıkları ve Tedavisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TAYFUN ALAÇAM

  3. A hybrid fuzzy logic and convolution neural network (FIS-CNN) for automatic detection and classification of objects in comet assay images

    Comet test görüntülerinde nesnelerin otomatik algılanması ve sınıflandırılması için hibrit bulanık mantık ve dönüşümlü sinir ağı(FIS-CNN)

    SHAYMAA ABDULHAFEDH SHAKİR AL-QAYSI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAnkara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FATİH NAR

  4. Önemli zeytin (Olea europaea L.) çeşitlerinin izoenzim polimorfizmleri ve genetik özellikleri

    Isoenzyme polymorphisms and genetic characteristics of important olive (Olea europaea L.) cultivars and types

    SEVDA DÜLGER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    ZiraatÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. MURAT ŞEKER

  5. Analysis and characterization of the Pichia pastoris secretome for pharmaceutical protein production

    Pichia pastoris sekretomunun farmasötik protein üretimi için analizi ve karakterizasyonu

    HATİCE PINAR KIRLI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ HARUN KOKU

    PROF. DR. PINAR ÇALIK