Conceived crude exosomes from EVs of JAWS II cells and their nanoscale motion's analysis using advanced imaging techniques
JAWS II hücrelerinden köken almış hücre dışı veziküller vegelişmiş görüntüleme tekniği kullanılarak nanometreölçeğinde hareketlerinin karakterizasyonu
- Tez No: 815650
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ OSMAN EKSİK, DR. ÖĞR. ÜYESİ ESRA MUTLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilim ve Teknoloji, Biyoloji, Science and Technology, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Gebze Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Nanoteknoloji Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Nanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 67
Özet
Olgunlaşmamış dendritik hücrelerden hücre dışı vezikülleri (EV'ler) elde etmeyi ve incelemeyi amaçladık. EV'ler, hücreler arası iletişim ve hastalık patogenezinde çok önemli bir rol oynar. Amacımız, klinik ve teşhis uygulamalarında etkinliklerini artırmak ve hareketlerine ilişkin yeni içgörüler elde etmekti. EV'leri JAWS II'den ayırmak için santrifüjleme kullandık. EV'leri dendritik hücrelerden Nanopartikül İzleme Analizi (NTA) ile analiz ettik. Ayrıca SDS-PAGE Jel Elektroforezi ile protein içeriğini ve FT-IR analizi ile kimyasal bileşimi inceledik. Son olarak, EV morfolojisini Cryo-TEM ile görselleştirdik. IDC'den türetilen eksozomun hareketini ve morfolojik özelliklerini incelemek için makine öğrenimi ve PCA kullanarak eksozom verilerini analiz ettik. Farklı Gaussians, Hessian, Hue ve Her Sınıf için çeşitli membran projeksiyonları gibi yazılım parametreleri ayarlandı. İzole edilen IDC türevli ekzozom yapılarının 3D yönelimini, boyutunu, şeklini ve parlaklığını değerlendirir. PCA analizi, stokastik bir yaklaşım olarak Brownian Motion prensip nanopartikül takip analizi (NTA) sonuçları ile Cryo-TEM görüntülerini karşılaştırdı. SDS-PAGE, IDC türevli ekzozomların ham teknikleri sırasında önemli bir protein kontaminasyonu göstermedi. Bu, bu ekzozomların daha fazla arıtılmasının gereksiz olduğunu gösterir ve PCA analizini değerli ve yenilikçi kılar. Bu çalışma, makine öğrenimi sağladı ve görüntü işleme, EV özelliklerini tıbbi amaçlar için tanımlayabilir. EV eksozomlarının ham izolasyonu, erken hastalık teşhisi ve takibi için değerli veriler sağlar. Çalışma, EV'lerin eksozomlarının ham izolasyonunun morfoloji, hareket ve etkileşim analizi dahil olmak üzere önemli verileri temsil ettiğini ve potansiyel hastalıkları teşhis etmek ve izlemek için daha umut verici bir strateji olarak mühendislik tekniklerine göre analiz edilebileceğini kanıtladı.
Özet (Çeviri)
We aimed to extract and study extracellular vesicles (EVs) from immature dendritic cells. EVs play a crucial role in intercellular communication and disease pathogenesis. Our objective was to enhance their efficacy in clinical and diagnostic applications and gain fresh insights into their motion. We used centrifugation to separate EVs from JAWS II. We analyzed EVs from dendritic cells via Nanoparticle Tracking Analysis (NTA). We also examined protein content with SDS-PAGE Gel Electrophoresis and chemical composition with FT-IR analysis. Finally, we visualized EV morphology with Cryo-TEM. We analyzed exosome data using machine learning and PCA to examine the motion and morphological traits of the IDC-derived exosome. Software parameters were set, such as variations in Gaussians, Hessian, Hue, and for each Class, as well as various membrane projections. It evaluates the isolated IDC-derived exosome structures' 3D orientation, size, shape, and brightness. The PCA analysis compared the results of Brownian Motion principal nanoparticle tracking analysis (NTA), representing a stochastic approach, as a chaotic evaluation PCA using Cryo-TEM images. SDS-PAGE showed no significant protein contamination during the crude technique of IDC-derived exosomes. This is an important discovery as it indicates that further purification of these exosomes is unnecessary, which makes the PCA analysis valuable and innovative. This study provided machine learning, and image processing can identify EV traits for medical purposes. Crude isolation of EV exosomes yields valuable data for early disease diagnosis and tracking. The study proved that crude isolation of EVs' exosomes represents considerable data, including morphology, motion, and interaction analysis, and can be analyzed according to engineering techniques as a more promising strategy to diagnose and monitor potential diseases.
Benzer Tezler
- Zemin-boru etkileşimi ve gömülü rijit borular üzerindeki toprak yükleri ile ilgili karşılaştırmalı bir inceleme
A comparative study on soil-pipe interaction and loads on rigid underground conduits
ERCÜMENT ECE
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGeoteknik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUĞRUL ÖZKAN
- Dünya ham petrol fiyat değişimlerinin makroekonomik etkileri: Türkiye örneği
The macroeconomic effects of world crude oil price changes on Turkey
BARIŞ KABLAMACI
- Kinematic and dynamic analysis of a curved link robot
Eğri uzuvlara sahip robot kolunun kinematik ve dinamik analizi
ONUR CEM NAMLI
Yüksek Lisans
İngilizce
2005
Makine MühendisliğiMarmara ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. MEHMET ARİF ADLI
- Farklı yöntemlerle konserve edilen körpe mısır hasılının koyunlarda ruminal fermantasyon ve besin maddelerinin sindirilme derecesi üzerine etkisi
The Effect of whole crop corn conserved with different methods on ruminal fermantation and digestibility of nutrients in sheep
FUAT GÜRDOĞAN
Doktora
Türkçe
1999
Veteriner HekimliğiFırat ÜniversitesiHayvan Besleme ve Beslenme Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA SARI
PROF. DR. İ. HALİL ÇERÇİ
- Amerika Birleşik Devletlerinin Barack Obama ve Bush Dönemi Hazar Denizi Bölgesinde Enerji Diplomasisi 2.Safha
US Energy Diplomasi İn Caspian Sea Region Second Phase: under The Bush and Barack Obama Administrations
OMİD SHOKRI KALEHSAR
Doktora
Türkçe
2019
Uluslararası İlişkilerYalova ÜniversitesiUluslararası İlişkiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MURAT ALAKEL