Reconstruction of tissue-specific protein-protein interaction sub-networks to improve prediction accuracy of bioinformatics tools
Biyoinformatik araçların tahmin doğruluğunu geliştirmek için dokuya özgü protein-protein etkileşim ağlarının oluşturulması
- Tez No: 562941
- Danışmanlar: DOÇ. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 106
Özet
Bu çalışmada dokuya özgü protein-protein etkileşim ağlarının oluşturulması ve system biyotıp uyguşlamalarında performansının gösterilmesi amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda, 60 farklı dokuda protein ekspresyon verileri genel insan protein-protein etkileşim ağı ile bütünleştirilerek, her bir dokuya özgü protein-protein etkileşim alt-ağı oluşturulmuştur. Oluşturulan ağlar Cytoscape yazılı ve ilintili alt-programlar ile görselleştirilmiş ve topolojik olarak incelenmiştir. Oluşturulan alt-ağların topolojik analizlerinde derece, aradalık ve yakınlık gibi ağ ölçütleri hesaplanmıştır. Dokuya özgü ağların performanslarının değerlendirilmesinde MATLAB altında çalışan diferansiyel interaktom algoritması kullanılmış ve üç farklı vaka çalışması ele alınmıştır: Meme kanseri, prostat kanseri ve karaciğer kanseri. Hipotezin doğrulanması için, analizler genel protein-protein etkileşim ağı kullanılarak da tekrarlanmış ve sonuçlar karşılaştırmalı olarak incelenmiştir. Prognoz log-rank p-değeri, hazard oranı ve konkordans endeks parametreleri SurvExpress aracı vasıtasıyla hesaplanmış ve performans ölçütleri olarak kullanılmıştır. Performans ölçütlerindeki farklılık ve benzerlikler istatistiksel yaklaşımlar ile gösterilmiştir. Bu çalışmada, dokuya özgü ağların genel protein-protein etkileşim ağına oranla biyoinformatik araçların performansını duruma dayalı olarak iyileştirebileceği gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
The presented study was aimed to reconstruct tissue specific protein-protein interaction networks and to demonstrate their performance in systems biomedicine applications. For this purpose, protein expression data for 60 different tissues were integrated with the generic human protein-protein interaction network, and reconstruction of tissue specific protein-protein interaction networks for each tissue was performed. The reconstructed networks were visualized and topologically analyzed using Cytoscape and its plugins. Reconstructed sub-networks were subjected to topological analyses to determine network metrics such as degree, betweenness and closeness metrics. Performance of the tissue specific networks was evaluated using differential interactome algorithm in MATLAB considering three case studies: Breast Carcinoma, Prostate Adenocarcinoma and Liver Cancer. To verify the hypothesis, the analyses were also performed using generic human protein-protein interaction network and the results were comparatively analysed. The prognostic log-rank values, hazard ratio and concordance index parameters were obtained through SurvExpress and employed as the performance metrics. Statistical approaches were used to demonstrate the differences and similarities of the performance metrics. We showed that the use of tissue-specific networks instead of a generic protein-protein interaction network may improve the prediction accuracy of bioinformatics tools in a case-dependent manner.
Benzer Tezler
- Network medicine-based discovery of biomarkers for pancreatic cancer
Pankreas kanseri için ağ tıbbı tabanlı biyobelirteç keşfi
ŞAFAK KILIÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyoistatistikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN
- Doku genişletici kullanılmış hastalarda IgE ve eozinofil katyonik protein ile subklinik silikon alerjisi tayini
Başlık çevirisi yok
NEZİH ALAYBEYOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2004
Plastik ve Rekonstrüktif Cerrahiİnönü ÜniversitesiPlastik Rekonstrüktif ve Estetik Cerrahi Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ALİ GÜREK
- SERPINB1 ve SERPINB2 proteaz inhibitörlerinin bronş epitel hücrelerindeki inflamatuvar cevaptaki rolü
The role of SERPINB1 and SERPINB2 protease inhibitors on the inflammatory response in bronchial epithelial cells
ÖVGÜ ARAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyomühendislikHacettepe ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İBRAHİM ÇAĞATAY KARAASLAN
- Çeşitli miRNA belirteçlerinin semen özgünlüğünün araştırılması
Investigation of the semen-specificity of various miRNA markers
MUSTAFA ÜRÜN AY
- Çip üzerinde karaciğer kanseri platformunda ilaca bağlı karaciğer endotel hasarının incelenmesi
Investigation of drug-induced liver endothelial damage by using a liver cancer-on-chip platform
NIGAR GASIMZADE
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyolojiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiKök Hücre Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HÜSEYİN AVCI