Molecular mechanisms underlying mammalian cytokinesis and cellular differentiation
Memeli sitokinezi ve hücresel farklılaşmanın altında yatan moleküler mekanizmalar
- Tez No: 566830
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NURHAN ÖZLÜ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Biyoloji, Genetics, Biology
- Anahtar Kelimeler: Hücre bölünmesi, Hücre farklılaşması, Memeliler, Sitokinler, Cell division, Cell differentiation, Mammals, Cytokines
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Sitokinez, aktin hücre iskeletinin, plazma zarının ve hücre bölünmesi mekanizmasının yeni oluşan kardeş hücreleri fiziksel olarak ayırmak için etkileşimde bulunduğu, ökaryotik hücre bölünmesinin son evresidir. Bu süreç boyunca meydana gelecek herhangi bir hata normal hücreleri kanser hücrelerine dönüştürebilir. Fakat oldukça karmaşık bir mekanizma olan memeli sitokinezi hala cevaplanmaya ihtiyaç duyulan belli başlı sorular içermektedir. Daha önce gerçekleştirdiğimiz proteomik analizimiz, chloride intracellular channel (CLIC) proteinlerinin sitokinez sırasında bir rolü olabileceğini öne sürmüştür. Bu çalışmanın birinci kısmında, yakınlık bağımlı protein etkileşim ağının kütle spektrometresi temelli sistematik bir analizi, CLIC4'ün etkileşim gösterdiği sitokinez ile ilgili yeni proteinleri açığa çıkarmıştır. Bu etkileşimlerin sitokinezin doğru bir şekilde gerçekleşmesini desteklediğini bulduk. İkinci kısımda, insan meme epiteli hücrelerinin mezenkimal hücrelere dönüşümünü sağlayan biyokimyasal değişikliklerin sistematik şekilde analizi için nicel proteomik bir yaklaşım kullanıldı. Normalde epitel-mezenkimal dönüşüm (EMT) embriyonik gelişimde temel bir rol oynamaktadır, fakat hücreler metastazın ve karsinogenezin başlamasını ve ilerlemesini hızlandırmak için EMT'yi hücresel farklılaşmanın bir yolu olarak kullanabilirler. Şimdiye kadar yapılan birçok çalışma EMT'nin transkripsiyonel düzenlemesi üzerinde sınırlandırılmıştır. Fakat, transkriptom analizi transkripsiyon sonrası değişikliklerden dolayı protein seviyesindeki düzenlemeyi tam olarak yansıtamayabilir. Bizim proteomik analizimizin sonucu olarak EMT'nin birçok yeni mRNA ve/veya protein seviyesindeki modülatörleri tespit edilmiş ve in vitro ve in vivo deneyler ile doğrulanmıştır. Bunların arasından DNAJB4'ü ve CD81'i meme kanserinde yeni metastaz indükleyicileri olarak açığa çıkardık. Bu çalışma aynı zamanda metastaza ve karsinogeneze odaklanacak çalışmalar için eşsiz bir platform ve kaynak sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
Cytokinesis is the last step of eukaryotic cell division, where actin cytoskeleton, plasma membrane and cell division machinery interact to physically separate newly forming daughter cells. Any mistake during this process may transform normal cells into cancer cells. However, as a highly complex mechanism, mammalian cytokinesis has still many fundamental questions that need to be answered. Our previous proteomic analysis suggested a role of chloride intracellular channel (CLIC) proteins during cytokinesis. In the first part of this study, a mass spectrometry based systematic analysis of proximity interactome revealed novel cytokinesis related interaction partners of CLIC4. We found that these interactions enhance the fidelity of cytokinesis. In the second part, a quantitative proteomic approach was used to systematically analyze the biochemical changes that drive differentiation of human mammary epithelial cells into mesenchymal cells. Normally, the epithelial-mesenchymal transition (EMT) plays a central role in embryonic development; however, cells may use EMT as a way of cellular differentiation to facilitate the initiation and progression of metastasis and carcinogenesis. So far, several studies have been confined to the transcriptional regulation of EMT. However, transcriptome analysis may not thoroughly predict the regulation at the protein level due to post-transcriptional modifications. As a result of our proteomic analysis, several novel mRNA and/or protein level modulators of EMT were identified and validated by in vitro and in vivo experiments. Among these, we revealed DNAJB4 and CD81 as novel metastasis inducers in breast cancer. This work also provides a unique platform and resource for future studies focusing on metastasis and carcinogenesis.
Benzer Tezler
- Polo-like Kinase 2 mediated regulation of the cell-and centrosome cycle in mammalian cells
Polo-benzeri Kinaz 2'nin memeli hücrelerinde hücre ve sentrozom döngüsünün düzenlenmesindeki görevi
ONUR ÇİZMECİOĞLU
Doktora
İngilizce
2009
BiyolojiRuprecht-Karls-Unıversıtat-HeıdelbergBiyolojik Bilimler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. INGRİD HOFFMANN
- Investigation of the effect of v-set transmembrane domains containing-5 (VSTM5) protein on the growth rate of consensus molecular subtype -1 (CMS1) group colon adenocarcinoma cell line cells
V-set transmembran domain içeren-5 (VSTM5) proteininin konsensüs moleküler alt tıp-1 (CMS1) grubu kolon adenokarsinoma hücre hattı hücrelerinin büyüme hızına etkisinin incelenmesi
ADİLE BUSE ANDAÇ AKTAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Genetikİzmir Ekonomi ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BARIŞ EMRE DAYANÇ
DOÇ. DR. OSMAN DOLUCA
- Molecular mechanism of cardiac regeneration
Kalp rejenerasyonun moleküler mekanizmaları
GALİP SERVET ASLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Moleküler TıpYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. FATİH KOCABAŞ
- Investigation of the effect of V-set transmembrane domains containing-5 (VSTM5) protein on the growth rate of consensus molecular subtype -1 (CMS1) group colon adenocarcinoma cell line cells
V-set transmembran domain içren-5 (VSTM5) proteininin konsensüs moleküler alt tip-1 (CMS1) grubu kolon adenokarsinoma hücre hattı hücrelerinin büyüme hızına etkisinin incelenmesi
ADİLE BUSE ANDAÇ AKTAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Biyolojiİzmir Ekonomi ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BARIŞ EMRE DAYANÇ
DOÇ. DR. OSMAN DOLUCA
- Elucidating immunomodulatory effects of telomeric repeat mimicking synthetic A151 oligodeoxynucleotide on immune cell transcriptome
Telomerik dna benzeri sentetik A151 oligodeoksinükleotid'lerin bağışıklık hücre transkriptomu üzerine bağışıklık düzenleyici etkilerinin aydınlatılması
VOLKAN YAZAR
Doktora
İngilizce
2019
Biyoistatistikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İHSAN GÜRSEL
YRD. DOÇ. DR. CAN ALKAN