Geri Dön

Identification of the interacting protein partners of the ThPOK transcription factor

Transkripsiyon faktörü ThPOK ile etkileşimi olan proteinlerin belirlenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 309442
  2. Yazar: SERKAN BELKAYA
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. BATU ERMAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2009
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Sabancı Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 116

Özet

T hücreleri kazanılmış bağışıklık sisteminin önemli bir parçasıdır. T lenfositlerin gelişiminde önemli aşamalardan biri T hücrelerinin CD4 veya CD8 tekli pozitif hücreler olarak kökenleşmesidir. Bu kökenleşmenin altında yatan hücresel ve moleküler mekanizmaların belirlenmesi uzun süredir önemli bir araştırma konusu olmuştur.ThPOK (Yardımcı T hücrelerini uyaran POZ/Krüppel-benzeri faktör), homodimerizasyon ve diğer proteinler ile olan etkileşimde rol oynayan BTP/POZ ve Krüppel-benzeri zinc finger bölgelerine sahiptir. Timositlerin gelişimi sırasında ThPOK proteini N-terminal BTB/POZ bölgesi aracılığıyla, MHC-II kısıtlı timositlerin CD4 tekli pozitif hücrelere dönüşmesinde aracı olmaktadır. Bu çalışmada geleneksel ?maya ikili hibrit? sistemini kullanarak, insan timus cDNA kütüphanesini ThPOK proteininin BTB/POZ bölgesine karşı taradık ve bu protein ile etkileşim içindeki proteinleri belirlemeyi amaçladık. DNA sekanslanması ve BLAST analizi sonucunda, etkileşim gösteren proteinleri belirledik. Belirlenen etkileşimleri ikincil ?maya ikili hibrit? taraması aracılığıyla yeniden doğruladık. Belirlenen proteinlerin aktarıldığı memeli hücrelerinde immün çökeltme deneyleri yaparak, varolan etkileşimleri biyolojik olarak ilişkilendirdik. Çalışma sonucunda bu proteinlerden POMP, MEF2B, TCF7, ZNF384, DPP7, HINT2 ve PARP12 olmak uzere yedi tanesinin, ThPOK proteinin BTB/POZ bölgesiyle etkileşime girdiğini gösterdik.

Özet (Çeviri)

T lymphocytes are an essential part of the adaptive immune system. In the course of T lymphocyte development, one crucial step is the decision to commit to one of two lineages: CD4 and CD8 single positive (SP) T cells. The cellular and molecular mechanisms underlying T cell lineage commitment has long been the subject of intense debate.ThPOK, T-helper-inducing POZ/Krüppel like factor, is a zinc finger transcription factor containing both a Krüppel-like zinc finger domain and a BTP/POZ domain, which has been linked to homodimerization and recruitment of other proteins. During the development of thymocytes, the ThPOK protein mediates the differentiation of MHC-II restricted thymocytes into the CD4 SP lineage, using its N-terminal BTB/POZ domain. We screened a human thymic cDNA library against the BTB/POZ domain of the ThPOK protein to identify its interacting protein partners by using a conventional yeast two hybrid system. We identified putative interacting proteins by performing DNA sequencing and bioinformatics analysis on relevant prey protein encoding plasmids. We re-confirmed these interactions in yeast cells by secondary yeast two hybrid screens. We confirmed the biological relevance of the identified interactions by performing co-immunoprecipitation experiments in transfected mammalian tissue culture cells. We demonstrated that seven proteins, named POMP, MEF2B, TCF7, ZNF384, DPP7, HINT2 and PARP12 can interact with the BTB/POZ domain of the ThPOK protein.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    644360

    Dynamic protein interaction network of YPEL2

    YPEL2 proteinin dinamik protein etkileşim ağının tanımlanması ve öndoğrulanması

    GİZEM TURAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    GenetikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MESUT MUYAN

  2. Tez No

    520795

    Protein characterization of human YPEL2 and YPEL homolog yeast MOH1

    İnsan YPEL2 ve YPEL homoloğu maya MOH1 proteinlerinin karakterizasyonu

    ÇAĞLA ECE OLGUN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    GenetikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MESUT MUYAN

  3. Tez No

    530219

    Structural and functional characterization of the CXXC-type zinc finger protein 5 (CXXC5)

    CXXC-tipi çinko parmak 5 proteinin (CXXC5) yapısal ve fonksiyonel karakterizasyonu

    GAMZE AYAZ ŞEN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    BiyokimyaOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MESUT MUYAN

  4. Tez No

    486584

    Identification of the interaction partners of anti-apoptotic BAG-1M isoform in breast cancer and breast epithelial cells

    Anti-apoptotik BAG-1M izoformunun etkileşim partnerlerinin meme kanseri ve meme epitel hücrelerinde tanımlanması

    NİSAN DENİZCE CAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY

  5. Tez No

    318005

    Computational analysis of binding preferences of PICK1 for its PDZ partners

    PICK1 proteininin PDZ partnerlerine bağlanma tercihlerinin hesaplamalı analizi

    BEHİYE TUĞÇE YILDIZOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    Mühendislik BilimleriKoç Üniversitesi

    Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖZLEM KESKİN

Geri Dön