Geri Dön

Investigation of gas-phase fragmentation mechanism of doubly charge a ions by mass spectrometry

Çifte protonlanmış a iyonlarının gaz fazı parçalanma mekanizmalarının kütle spektrometre ile incelenmesi

  1. Tez No: 567859
  2. Yazar: DOĞACAN KIZILKOCA
  3. Danışmanlar: PROF. DR. TALAT YALÇIN, DOÇ. DR. ALPER ARSLANOĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biyoteknoloji, Biochemistry, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 63

Özet

Bu tez, çarpışma ile indüklenmiş ayrışma (CID) altında, bazik amino asit içeren model peptitlerden elde edilen çift-protonlanmış a iyonlarının gaz fazı parçalanma mekanizmalarının araştırılmasını içermektedir. Çalışmada, bazik amino asitlerin konumlarının, peptidin N-ucundan C-ucuna doğru değiştiği üç farklı model alanin peptit dizi kullanılmıştır. Bazik amino asitlerin konumlarının ve peptit dizilimlerinin, çift-protonlanmış a iyonlarının parçalanma reaksiyonları üzerindeki etkişi araştırılmıştır. Çift protonlanmış a iyonlarının çarpışma ile indüklenmiş ayrışma etkisi altında çok aşamalı kütle spektrometrisi (MS4) spektrumlarında macrohalkalaşma tepkimesine kanıt olacak kopmalar gözlenmiştir. Önerilen reaksiyon mekanizmaları gaz fazındaki çifte-protonlanmış a iyonlarının yük-ayrımı reaksiyonu oluşturulması ve ardından peptitden içsel ve içsel olmayan a ve b iyonları oluşturmasına dayanmaktadır. Ayrıca yapılan tüm çalışmalar çifte protonlanmış a iyonlarının gaz fazındaki davranışlarını daha iyi anlama amacını taşımaktadır. Sonuç olarak, bu çalışmalarda gösterilen sonuçlar peptit sekanslarının doğru ve güvenilir bir şekilde açıklamak için kullanılabilinir ve bu durum proteomik çalışmalar için gerekli olan protein tanımlama stratejilerini geliştirebilir.

Özet (Çeviri)

This dissertation presents studies of gas-phase fragmentation mechanism of doubly-charged a7 ions from basic amino acid containing model peptides under low-energy collision-induced dissociation (CID). The study includes three sets of C-terminal amidated model peptides which are alanine series containing basic amino acids (His – Arg – Lys). Position of His, Arg and Lys residue is varied from N-to-C terminal. Both positional effect and peptide sequence effect were examined for the fragmentation reactions of doubly-protonated a7 ions for these heptapeptides. The CID-MS4 mass spectra of doubly-protonated a7 ions have internal amino acid losses which provide an evidence for macrocyclization reaction. The proposed reaction mechanism involves production of doubly-charge a ions and charge-separation reaction of doubly-protonated a ions in the gas-phase which generates a protonated direct and non-direct a ion. All model peptides were also studied to understand behavior of doubly-protonated a ions better. Direct and non-direct sequence fragmentations which are singly or doubly protonated were observed for all studies. The reactions mechanisms were adjusted according to the results. In conclusions, the results presented in this dissertation can be used to elucidate the correct and reliable peptide sequences, and this improve protein identification strategies which is required for high-throughput proteomic studies.

Benzer Tezler

  1. Investigation of gas phase fragmentation reaction mechanisms of doubly-protonated bn (n=7-9) ions by ion trap mass spectrometry

    Çifte-protonlanmış bn (n=7-9) iyonlarının gaz fazı parçalanma reaksiyon mekanizmalarının iyon tuzaklı kütle spektrometresi ile incelenmesi

    ÖZGE GÖRGÜN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    Kimyaİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TALAT YALÇIN

  2. Ötektik altı Al-Si alaşımlarında 5/1 tibör ön alaşımı ile tane inceltme işleminin sertlik ve mikroyapı üzerindeki etkisinin belirlenmesi

    The effects of grain refining conditions using 5/1 tibor alloy upon the microstructure and hardness of hypoevtectic Al-Si alloys

    RASİM ERDOĞAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1993

    Metalurji Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    DOÇ.DR. ERDEM DEMİRKESEN

  3. Kömürün mineral içeriğinin yanma özelliklerine etkisi

    The Effect of mineral matter content of coal on its combustion properties

    HANZADE AÇMA

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    PROF.DR. SADRİYE KÜÇÜKBAYRAK OSKAY

  4. Süpernova ve yıldızsı maddelerin istatistiksel çok katlı parçalanma yöntemi ile incelenmesi

    Investigation of supernova and stellar matter with statistical multifragmantation model

    AYŞEGÜL ERGUN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Fizik ve Fizik MühendisliğiSelçuk Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NİHAL BÜYÜKÇİZMECİ

  5. Uyarılmış 124Sn ve 124La atomik çekirdeklerinin parçalanma ürünlerindeki farklılıkların incelenmesi

    Investigation of the differences in fragmentation products of excited 124Sn and 124La atomic nuclei

    TUĞBA AYBAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Fizik ve Fizik MühendisliğiSelçuk Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. RIZA OĞUL