Genome- and tissue-wide analysis of alternative polyadenylation events using clustering and feature learning methods
Alternatif poliadenilasyon olaylarının kümeleme ve öznitelik öğrenme yöntemleri ile genom ve doku çaplı analizi
- Tez No: 573416
- Danışmanlar: PROF. DR. TOLGA CAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 91
Özet
Alternatif poliadenilasyon (APA), gen transkripsiyonu sırasında gerçekleşen biyolojik bir süreçtir ve son çalışmalar APA olaylarını gen ekspresyonu regülasyonu ve kanser gibi hastalıklar ile ilişkilendirmektedir. Çeşitli durumlar için dokular arasında gen ekspresyonunun incelenmesi, bilim insanlarının, transkriptomik çeşitlilikle ilgili hastalıkların biyobelirteç keşifleri ve tedavi seçenekleri üzerinde çalışmak için çok önemli bir rehberdir. Bu tezde, hastalıklı bir durumda bir APA olayı olan 3'UTR kısalmasına daha yatkın olan bazı yeni genler ve dokular, insan dokularında önemli proksimal APA olayları analiz edilerek sunulmuştur. Tanımlanan genlerin çoğu, mevcut çalışmalarla da doğrulanmaktadır. Ayrıca, hiyerarşik olarak daha yakın dokuların APA olaylarına göre benzer gen setini veya etkileşimleri paylaştığını ve doku hiyerarşisinin sadece en iyi etkilenen genler göz önüne alınarak oluşturulabileceğini göstermekteyiz. Genel olarak, bu çalışma biyolojik doku hiyerarşisinin oluşturulmasını, normal / hastalıklı durumlarda doku ağlarının karşılaştırılmasını ve APA olaylarını kullanarak protein-protein ağlarının öğrenme analizini içerir. Bildiğimiz kadarıyla, APA olaylarına dayanan böyle bir insan genomu ve doku çapında analiz yapılmamıştır. Bu nedenle, bu tezdeki disiplinerarası çalışmamız, araştırmacıları hastalıklar konusundaki genomik araştırmaların bir sonraki adımına yönlendirebilir.
Özet (Çeviri)
Alternative polyadenylation (APA) is a biological process that takes places during gene transcription and recent studies relate APA events with gene expression regulation and with diseases such as cancer. Studying gene expression across tissues for various conditions is crucial guiding scientists to work on biomarker discoveries and treatment options of the transcriptomic diversity related diseases. In this thesis, several novel genes and tissues that are more prone to 3UTR shortening, which is an APA event, in diseased state are presented by analyzing significant proximal APA events across human tissues. Most of the identified genes are also validated by existing studies. Furthermore, we demonstrate that hierarchically closer tissues share similar gene set or interactions according to APA events, and tissue hierarchy can be built by just considering top affected genes. Overall, this work covers creation of biological tissue hierarchy, comparison of tissue networks in normal/diseased states and feature learning analysis of protein-protein networks using APA events. To the best of our knowledge, no such human genome- and tissue-wide analysis, based on APA events, has been conducted before. Therefore, our multidisciplinary work may guide researchers to the next step of genomics studies on diseases.
Benzer Tezler
- Sayısal haritalama teknikleri kullanılarak DNA dizilimleri üzerinden lösemi hastalığının temel türlerinin yapay zeka tabanlı algoritmalar ile sınıflandırılması
Classification of main types of leukemia disease with artificial intelligence-based algorithms on the DNA sequences using digital mapping techniques
FATMA AKALIN
Doktora
Türkçe
2023
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSakarya ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEJAT YUMUŞAK
- Verification of putative novel wnt/beta-catenin pathway targets using alternative effectors
Wnt/beta-katenin yolağının mefruz yeni hedef genlerinin alternatif efektürler kullanarak teyidi
TOLGA ASLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET KOMAN
YRD. DOÇ. DR. NECLA BİRGÜL İYİSON
- Yabani zeytin (Olea europaea L. var. oleaster) bitkisi genomunda MADS-box transkripsiyon faktörü ailesi tanımlanması ve qRT- PZR ile ifade analizi
Identification and expression analysis of MADS-box transcription factor family genes in wild olive (Olea europaea L. var. oleaster) genome
GÜNSELİ BABAOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TURGAY ÜNVER
- Fasulye'de DGK (Diacylglycerol kinaz) genlerinin genom düzeyinde tanımlanması ve gen ifade düzeylerinin abiyotik stres faktörleri ile ilişkisi
Genome-wide identification of DGK (Diacylglycerol kinase) genes in common bean and association of gene expression levels with abiotic stress factors
MEHMET ZAHİT YEKEN
Doktora
Türkçe
2021
ZiraatBolu Abant İzzet Baysal ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VAHDETTİN ÇİFTÇİ
DOÇ. DR. GÖKSEL ÖZER
- Insan pankreas kanserinin biyoinformatik araçlar ile genom boyu ifade analizi
Genome wide expression analysis of human pancreatic cancer with bioinformatics tools
LÜTFİYE KADIOĞLU DALKILIÇ