Geri Dön

Çeltik beyaz uç nematodu, Aphelenchoides besseyi Christie, 1942 (Aphelenchida: Aphelenchoididae)'nun real-time PCR ile tanısı ve çeltik tohumlarının bulaşma durumunun nicel analizi

Detection and quantification of rice white tip nematode, Aphelenchoides besseyi Christie, 1942 (Aphelenchida:Aphelenchoididae) from rice

  1. Tez No: 574770
  2. Yazar: ELVAN SERT ÇELİK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ZÜBEYİR DEVRAN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Ziraat, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 75

Özet

Çeltik, dünya nüfusunun %50'den fazlası için özellikle de gelişmekte olan ülkelerin temel besin kaynağıdır. Çeltik beyaz uç nematodu, Aphelenchoides besseyi Christie, 1942 çeltikte ekonomik düzeyde verim kaybına neden olmaktadır. European Plant Protection Organization (EPPO/OEPP)'a göre, A. besseyi 1981 yılından beri karantina listesinde bulunmaktadır. Aphelenchoides besseyi tohum kaynaklı bir nematod olduğu için bulaşık olmayan çeltik alanlarına hızla yayılmaktadır. Bu nedenle A. besseyi'nin hızlı ve doğru tanımlanması nematodun kontrolü ve mücadelesi için gereklidir. Bu çalışmada, A. besseyi'nin small subunit rDNA bölgesi kullanılarak bir TaqMan prob geliştirilmiş ve moleküler tanımlaması yapılmıştır. Geliştirilen TaqMan probu tüm A. besseyi popülasyonlarında amplifikasyon eğrisi ve eşik döngüsü (Ct değeri) değerleri vermiş, diğer Aphelenchoides spp. ve diğer bitki paraziti nematodlarında beklendiği gibi amplifikasyon eğrisi oluşturmamıştır. TaqMan probu ile A. besseyi'nin genomik DNA'sının seri dilüsyonları sonucu 0.0005 pg DNA miktarına ve plazmid DNA'sının ise seri dilusyonları sonucu 9.3X101 gen kopya sayısına kadar belirlenebilmiştir. Aphelenchoides besseyi'nin tüm yaşam dönemleri ve DNA izolasyonu yapılmadan A. besseyi bireyleri TaqMan probu ile tespit edilmiştir. Bulaşık çeltik dokularından A. besseyi, TaqMan probu ile başarılı bir şekilde tespit edilmiştir. Ayrıca real-time PCR yöntemiyle, bulaşık çeltik tohumlarında ve kavuzlarında bulunan A. besseyi sayısının tahmin edilebileceği bir skala geliştirilmiştir. Sonuçlar, real-time PCR ile A. besseyi'nin hızlı ve doğru şekilde tanımlanabileceğini ve nicel analizinin yapılabileceğini göstermiştir. Bulgular tohum sertifikasyonunda, karantina uygulamalarında ve ıslah çalışmalarında kullanılabilecektir.

Özet (Çeviri)

Rice is essential food source for more than %50 of world population, particulary for developing countries. Rice white tip nematode, Aphelenchoides besseyi Christie, 1942 causes economically yield losses in rice. Aphelenchoides besseyi has been on the quarantine list since 1981, according to the European Plant Protection Organization (EPPO/OEPP). Since rice white tip nematode is a seed-borne pathogens, it spreads rapidly by means of infected seeds. Therefore, rapid and accurate identification of A. bessseyi is necessary for effective control of nematode. In this study, a TaqMan probe assay based on small subunit rDNA region of A. besseyi was developed to identify A. besseyi. As a result, all A. besseyi populations showed an amplication curve and Ct values as expected using the TaqMan but the probe did not show any amplication curve from other related Aphelenchoides spp. species and plant-parasitic nematodes. Dilutions series of genomic DNA obtained from one A. besseyi juvenil was detected until 0.0005 pg genomic DNA and low detection limit of plasmid DNA was until 9.3X101 gene copies. All developmental stages of A. besseyi were detected using TaqMan probe. In addition, The TaqMan assay was directly identified alive A. besseyi without DNA isolation and infected rice tissues. We developed a scala for estimate of A. besseyi quality in rice seed and paddy using real-time PCR assay. Results showed rapid and accurate identification and quantification of A. besseyi. Findings can be used for seed certification and quarantine approaches.

Benzer Tezler

  1. Çeltik beyaz uç nematodu Aphelenchoides besseyi Christie, 1942 (Aphelenchida: Aphelenchoididae)'nun Gönen (Balıkesir) ilçesi çeltik ekim alanlarındaki yaygınlığı

    The prediction of rice white tip nematode (Aphelenchoides besseyi) Christie, 1942 (Aphelenchida: Aphelenchoididae) in Gönen (Balıkesi̇r) district rice agriculture

    ÖZKAN AVCUOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    ZiraatÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. UĞUR GÖZEL

  2. Çankırı ve Çorum illeri çeltik (Oryza sativa L.) ekim alanlarındaki bitki paraziti nematod türlerinin taksonomik özellikleri, yoğunlukları ve yaygınlıkları üzerine araştırmalar

    A study of taxonomic characteristics, intensities and prevalence of plant parasitic nematode species in rice plants (Oryza sativa L.) in Çankırı and Çorum districts

    SELDA EKEN KARATAŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    BiyolojiGazi Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. METİN AKTAŞ

  3. Çanakkale ve Balıkesir illeri çeltik ekiliş alanlarında zararlı olan çeltik beyaz uç nematodu (aphelenchoides besseyi christie, 1942)'nun yayılış alanlarının saptanması

    Distribution of white tip nematode (aphelenchoides besseyi christie, 1942) in the rice fields of Balıkesir and Çanakkale provinces

    BİLGE MISIRLIOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    BiyolojiEge Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ESAT PEHLİVAN

  4. Trakya bölgesi çeltik ekim alanlarında Çeltik beyaz uç nmatodu (Aphelenchoides besseyi Christie, Aphelenchida:Aphelenchoididae)'nun yaygınlık durumu ve bazı mücadele yöntemleri üzerine araştırmalar

    Distribution of rice whitetip nematodes (Aphelenchoides besseyi Chtistie, Aphelenchida:Aphelench oididae) in rice growing areas in Thrace Region and research on some control methods

    ADNAN TÜLEK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    ZiraatAnkara Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SULTAN ÇOBNOĞLU

  5. Trakya bölgesi çeltik alanlarında görülen hastalıkların saptanması, etmenlerinin tanılanması ve yaygınlık oranlarının belirlenmesi

    Identification of casual agent of some rice diseasas and determination of rate of infection in the thrace region of Turkey

    İLGÜN PAÇA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2000

    ZiraatTrakya Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET ÇITIR