Mikrosefalik Primordial Dwarfism'in etiyolojisinde rol alan CCDC84'ün mRNA kırpılmasında görevli PRPF3 ile etkileşiminin araştırılması
Investigation of the interaction of Microcephalic Primordial Dwarfismassociated protein CCDC84 with mRNA splicing protein PRPF3
- Tez No: 577252
- Danışmanlar: PROF. DR. ERSAN KALAY
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: CCDC84, Mikrosefali, Protein-protein etkileşimi, PRPF3, RNA kırpılması, CCDC84, Microcephaly, Protein-protein interaction, PRPF3, RNA splicing
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 109
Özet
Mikrosefalik Primordial Dwarfism (MPD); kısa boy, merkezi sinir sistemi anomalileri, mikrosefali gibi klinik bulgularla karakterize, genellikle otozomal resesif kalıtılan doğum öncesi ve doğum sonrası büyüme geriliğinin görüldüğü bir hastalık grubudur. Anabilim dalımızda yürütülen genetik haritalama çalışmaları sonucunda MPD ile ilişkilendirilen bireyin bulunduğu bir ailede CCDC84 geni üzerinde mutasyon tanımlandı. CCDC84'ün fonksiyonunun araştırılmasına yönelik yürütülen çalışmalar kapsamında ise afinite pürifikasyon-kütle spektrometresi yaklaşımıyla CCDC84'ün mRNA kırpılmasında kritik rolü olan ve U4/U6 di-snRNP yapısında kor protein olarak yer alan Pre-mRNA Processing Factor 3 (PRPF3) ile etkileştiği ön verisine ulaşıldı. Bu tez çalışması kapsamında CCDC84 ile PRPF3 arasındaki etkileşimin daha ileri düzeyde araştırılması ve CCDC84 üzerinde tanımlanan mutasyonun etkileşim üzerine etkisi belirlenerek CCDC84'ün rolünün aydınlatılmasına yönelik verilere ulaşılması amaçlanmıştır. Bu kapsamda yürütülen immünopresipitasyon-immünoblot, immünofloresan ve in-vitro pull down yaklaşımları ile CCDC84 ile PRPF3'ün doğrudan etkileştiği ve çekirdekte birlikte yerleşim gösterdiği, CCDC84 üzerinde tanımlanan mutasyonun PRPF3 ile etkileşimi belirgin düzeyde bozduğu gösterildi. Ayrıca, CCDC84 ile PRPF3 arasındaki etkileşimin PRPF3'ün PRP3 domaini üzerinden olduğu gösterildi. Sonuç olarak bu tez çalışması ile MPD ile tarafımızdan ilişkilendirilmiş olan CCDC84'ün, pre-mRNA'nın yapısından intronların çıkartılmasında rol alan ve U4/U6 di-snRNP'nin kor proteini olan PRPF3 ile doğrudan etkileştiği gösterilerek CCDC84'ün RNA kırpılmasında kritik öneme sahip bir protein olduğu gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
Microcephalic Primordial Dwarfism (MPD) is a group of diseases characterized by clinical findings such as short stature, central nervous system anomalies, microcephaly and prenatal and postpartum growth retardation, which is usually inherited autosomal recessively. A mutation was identified on the CCDC84 gene in an individual of MPD-related family by genetic mapping studies conducted in our department. Within the scope of the studies carried out to investigate the function of CCDC84, preliminary data was obtained by using affinity purification-mass spectrometry approach that CCDC84 interacts with Pre-mRNA Processing Factor 3 (PRPF3), which is a core protein of U4/U6 di-snRNP and plays a critical role in mRNA splicing. In this thesis study, it was aimed to further investigate the interaction between CCDC84 and PRPF3 and to reach the data by determining the effect of mutation identified on CCDC84 in order to elucidate the role of CCDC84. In this context, immunoprecipitation-immunoblot, immunofluorescence and in-vitro pull down approaches showed that CCDC84 and PRPF3 interact directly and they are co-localized in the nucleus. It was also shown that the mutation identified on CCDC84 disrupts the interaction with PRPF3 significantly. Furthermore, the direct interaction between CCDC84 and PRPF3 was shown to be via PRP3 domain of PRPF3. As a result; it was shown with this thesis study that CCDC84, which was associated with MPD by our group, interacts directly with PRPF3, the core protein of U4/U6 di-snRNP involved in pre-mRNA splicing. In conclusion, CCDC84 has been shown to be a critically important protein in RNA splicing.
Benzer Tezler
- Ccdc84'ün nükleer lokalizasyon sinyal dizisinin karakterizasyonu ve histon proteinleri H2A1A ve H2A1H ile etkileşimlerinin araştırılması
Characterization of nuclear localization signal sequence of CCDC84 and investigation of its interactions with histone proteins h2a1a and H2A1H
İHSAN NALKIRAN
Doktora
Türkçe
2020
Tıbbi BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERSAN KALAY
- Korpus kallozum anormalliği saptanan olgularda kranial manyetik rezonans bulguları ile klinik özelliklerin karşılaştırılması
Comparison of cranial magnetic resonance findings and clinical features in patients with corpus callosum abnormalities
ERHAN BAYRAM
Tıpta Yan Dal Uzmanlık
Türkçe
2012
NörolojiDokuz Eylül ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMRA HIZ
- Mikrosefaliye etiyolojik yaklaşım ve mikrosefalisi saptanan hastaların serum magnezyum düzeyi tayini ölçümü
Etiological approach to mi̇crocephaly and serum magnesi̇um level determinati̇on of pati̇ents wi̇th mi̇crocephaly
MERVE ÇAKMAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HASAN ÖNAL
- Mikrosefali etiyolojisi: 5 yıllık deneyim
Etiology of microcephaly: 5 years experience
ŞULE SELİN SOYDAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıHacettepe ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLEN EDA ÜTİNE
- 2011-2014 yılları arasında çocuk nöroloji servisine yatan epilepsi hastalarının özellikleri
2011-2014 yılları arasında çocuk nöroloji servisine yatan epilepsi hastalarının özellikleri
FATİH HAŞLAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
Nörolojiİstanbul ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NUR AYDINLI