Geri Dön

Solunum yolu hastalıklarında rol oynayan seçilmiş protein ve nükleik asitlerin dizi ve yapılarının moleküler modelleme yoluyla incelenmesi

Molecular modeling of sequences and structures of proteins and nucleic acids involved in respiratory diseases

PDF İndir

  1. Tez No: 577392
  2. Yazar: SEDA YÜZEREN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. CENK SELÇUKİ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Biyofilmler, Dizi analizi, Nükleik asit, Proteinler, Quorum sensing, Solunum yolları hastalıkları, Biofilms, Sequence analysis, Nucleic acids, Proteins, Quorum sensing, Respiratory tract diseases
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Sağlık Biyoinformatiği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Solunum yolu hastalıklarında rol oynayan seçilmiş protein ve nükleik asitlerin dizi ve yapılarının moleküler modelleme yoluyla incelenmesi Bu tezde, solunum hastalıklarında rol oynayan seçilmiş 7 mikroorganizmanın biyofilm oluşumunda önemli bir mekanizma olan Çevreyi Algılama Sistemi (Quorum Sensing) 'de görevli protein ve nükleik asitleri, moleküler modelleme ve dizi karşılaştırma yolu ile incelenmiştir. Proteinlerin amino asit ve nükleik asit dizileri https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ve https://www.uniprot.org/ veri tabanlarından alınmıştır. MEGA 7. 0. 26 programında ortak nükleik ve amino asit dizilerinin bulunması için dizi hizalama (alignment) yapılmıştır. PyCharm Community Edition 2018.3.4 programında oluşturulan algoritma ile bu dizilerin benzerlik yüzdeleri hesaplanmıştır. https://swissmodel.expasy.org/ veri tabanında bu proteinlerin 3 boyutlu yapıları oluşturulmuş ve UCSF Chimera 1. 13. 1 (University of California, 2000) programında bu modeller karşılaştırılmış ve ortak yapılar bulunmuştur. Fiziksel ve kimyasal özelliklerin incelenmesi amacıyla https://web.expasy.org/protparam/ veri tabanı kullanılmıştır. Sonuçta ise ortak diziler ve yapılar elde edilmiştir. Bu sonuçların biyofilm oluşumunu önleyici çözümler üretilmesine önemli katkılar sağlayabileceği düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler; Moleküler modelleme; Quorum Sensing; Solunum yolu hastalıkları; Biyofilm

Özet (Çeviri)

Molecular modeling of sequences and structures of proteins and nucleic acids involved in respiratory diseases In this thesis, protein and nucleic acids in Quorum Sensing which is an important mechanism in biofilm formation of 7 selected microorganisms in respiratory diseases are examined by molecular modeling and sequence comparison. The amino acid and nucleic acid sequences of the proteins were taken from https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ and https://www.uniprot.org/ databases. Alignment was performed to find common nucleic acid and amino acid sequences in MEGA 7. 0. 26 program. With the algorithm created in PyCharm Community Edition 2018.3.4, the similarity percentages of these sequences were calculated. In the https://swissmodel.expasy.org/ database, 3-dimensional structures of these proteins were created and these models were compared and common structures were found in UCSF Chimera 1.13.1 (University of California, 2000) program. The https://web.expasy.org/protparam/database was used to examine the physical and chemical properties. As a result, common sequences and structures were obtained. It is thought that these results can contribute to the production of biofilm formation prevention solutions. Keywords; Molecular modeling; Quorum Sensing; Respiratory diseases; Biofilm.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    989964

    Investigating allosteric modulators for pathogenic enzymes using molecular docking and molecular dynamics simulations

    Patojenik enzimler ıçin allosterik modülatörlerin moleküler yerleştirme ve moleküler dinamik simülasyonları kullanılarak araştırılması

    MERVE YÜCE

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2025

    Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYŞE ÖZGE KÜRKÇÜOĞLU LEVİTAS

  2. Tez No

    655320

    Alerjik rinitli çocuklarda kanda ve burun sıvısında IL-35 seviyelerinnin incelenmesi

    Study of IL-35 levels in blood and nasal fluid in children with allergic rhinitis

    ŞİRİN SÖNMEZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıBezm-İ Alem Vakıf Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MUSTAFA ATİLLA NURSOY

  3. Tez No

    911046

    Staphylococcus aureus enterotoksin B süperantijeninin COVİD-19 ilk aşama gelişiminde bağışıklık sistemi dışındaki kritik genler üzerinde etkisi

    Effect of staphylococcus aureus enterotoxin B superantigen on critical genes outside the immune system in COVİD 19 first stage development

    GİZEM KAZAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    MikrobiyolojiLokman Hekim Üniversitesi

    Hücresel ve Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CAN TÜRK

  4. Tez No

    649475

    Akut bronşiyolit vakalarında serum eser element (Çinko, Demir, Bakır) düzeyleri

    Serum trace element (zinc, iron, copper) levels in acute bronchiolitis cases

    ÖZNUR GÖKÇE TAYLAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıBezm-İ Alem Vakıf Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. UFUK ERENBERK

  5. Tez No

    376872

    Farelerde in vitro embriyo kültürü ve embriyo transferinin fötal trakeya dokusunda bazal hücrelerin sayısı üzerine etkisi

    Effect of in vitro mouse embryo culture and embryo transfer on the number of basal cells in fetal trachea

    GÖKSEL DOĞAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Histoloji ve EmbriyolojiAdnan Menderes Üniversitesi

    Veterinerlik Histoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. LEVENT KARAGENÇ

Geri Dön