Geri Dön

Solunum yolu hastalıklarında rol oynayan seçilmiş protein ve nükleik asitlerin dizi ve yapılarının moleküler modelleme yoluyla incelenmesi

Molecular modeling of sequences and structures of proteins and nucleic acids involved in respiratory diseases

PDF İndir

  1. Tez No: 577392
  2. Yazar: SEDA YÜZEREN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. CENK SELÇUKİ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Sağlık Biyoinformatiği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 110

Özet

Solunum yolu hastalıklarında rol oynayan seçilmiş protein ve nükleik asitlerin dizi ve yapılarının moleküler modelleme yoluyla incelenmesi Bu tezde, solunum hastalıklarında rol oynayan seçilmiş 7 mikroorganizmanın biyofilm oluşumunda önemli bir mekanizma olan Çevreyi Algılama Sistemi (Quorum Sensing) 'de görevli protein ve nükleik asitleri, moleküler modelleme ve dizi karşılaştırma yolu ile incelenmiştir. Proteinlerin amino asit ve nükleik asit dizileri https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ve https://www.uniprot.org/ veri tabanlarından alınmıştır. MEGA 7. 0. 26 programında ortak nükleik ve amino asit dizilerinin bulunması için dizi hizalama (alignment) yapılmıştır. PyCharm Community Edition 2018.3.4 programında oluşturulan algoritma ile bu dizilerin benzerlik yüzdeleri hesaplanmıştır. https://swissmodel.expasy.org/ veri tabanında bu proteinlerin 3 boyutlu yapıları oluşturulmuş ve UCSF Chimera 1. 13. 1 (University of California, 2000) programında bu modeller karşılaştırılmış ve ortak yapılar bulunmuştur. Fiziksel ve kimyasal özelliklerin incelenmesi amacıyla https://web.expasy.org/protparam/ veri tabanı kullanılmıştır. Sonuçta ise ortak diziler ve yapılar elde edilmiştir. Bu sonuçların biyofilm oluşumunu önleyici çözümler üretilmesine önemli katkılar sağlayabileceği düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler; Moleküler modelleme; Quorum Sensing; Solunum yolu hastalıkları; Biyofilm

Özet (Çeviri)

Molecular modeling of sequences and structures of proteins and nucleic acids involved in respiratory diseases In this thesis, protein and nucleic acids in Quorum Sensing which is an important mechanism in biofilm formation of 7 selected microorganisms in respiratory diseases are examined by molecular modeling and sequence comparison. The amino acid and nucleic acid sequences of the proteins were taken from https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ and https://www.uniprot.org/ databases. Alignment was performed to find common nucleic acid and amino acid sequences in MEGA 7. 0. 26 program. With the algorithm created in PyCharm Community Edition 2018.3.4, the similarity percentages of these sequences were calculated. In the https://swissmodel.expasy.org/ database, 3-dimensional structures of these proteins were created and these models were compared and common structures were found in UCSF Chimera 1.13.1 (University of California, 2000) program. The https://web.expasy.org/protparam/database was used to examine the physical and chemical properties. As a result, common sequences and structures were obtained. It is thought that these results can contribute to the production of biofilm formation prevention solutions. Keywords; Molecular modeling; Quorum Sensing; Respiratory diseases; Biofilm.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    911046

    Staphylococcus aureus enterotoksin B süperantijeninin COVİD-19 ilk aşama gelişiminde bağışıklık sistemi dışındaki kritik genler üzerinde etkisi

    Effect of staphylococcus aureus enterotoxin B superantigen on critical genes outside the immune system in COVİD 19 first stage development

    GİZEM KAZAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    MikrobiyolojiLOKMAN HEKİM ÜNİVERSİTESİ

    Hücresel ve Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CAN TÜRK

  2. Tez No

    376872

    Farelerde in vitro embriyo kültürü ve embriyo transferinin fötal trakeya dokusunda bazal hücrelerin sayısı üzerine etkisi

    Effect of in vitro mouse embryo culture and embryo transfer on the number of basal cells in fetal trachea

    GÖKSEL DOĞAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Histoloji ve EmbriyolojiAdnan Menderes Üniversitesi

    Histoloji ve Embriyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. LEVENT KARAGENÇ

  3. Tez No

    38134

    Solunum yolu allerjilerinde aeroallerjenlere karşı duyarlığın araştırılması

    Başlık çevirisi yok

    FÜSUN ERDENEN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1994

    Endokrinoloji ve Metabolizma Hastalıklarıİstanbul Üniversitesi

  4. Tez No

    864715

    Β2-adrenoseptör agonisti formoterol'ün N9 fare mikroglial hücrelerinde NLRP3 inflamazomunun aktivasyonu ve piroptoz üzerine etkisi

    The effect of β2-adrenoceptor agonist formoterol on activation of NLRP3 inflammasome and pyroptosis in N9 mouse microglial cells

    MEHMET ERDEM

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyokimyaKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SÜLEYMAN CANER KARAHAN

  5. Tez No

    860930

    Machine learning methods for detecting genetic and infectious diseases

    Genetik ve enfeksiyon hastalıklarının tespiti için makine öğrenmesi yöntemleri

    YUNUS EMRE IŞIK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolAbdullah Gül Üniversitesi

    Elektrik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ZAFER AYDIN

Geri Dön