Geri Dön

Biological network modelling based on differentially expressed proteins in a bacilysin-deficient strain of Bacillus subtilis

Bacillus subtilis'in basilisin üretemeyen bir suşunda farklı ifade gösteren proteinlere dayalı biyolojik ağ modellemesi

PDF İndir

  1. Tez No: 583454
  2. Yazar: MELTEM KUTNU
  3. Danışmanlar: PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ, DOÇ. DR. NURCAN TUNÇBAĞ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Mikrobiyoloji, Genetics, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 92

Özet

Bacillus subtilis, farmakolojik ve antimikrobiyal aktiviteye sahip çok çeşitli ikincil metabolitler üreten, hastalık yapmayan, Gram-pozitif bir organizmadır. B.subtilis'in belli suşları tarafından üretilen bir dipeptit olan basilisin, L-alanin ve protein kaynaklı olmayan bir amino asit olan L-antikapsinden oluşmaktadır. Grubumuz tarafından yapılan önceki susturma çalışmaları, basilisinin konak hücrede pleiotropik bir molekül olarak davrandığını önermiştir. Dolayısıyla basilisin yokluğu ya da eksikliği konak hücre yanıtını etkileyecektir. Bu çalışmada, grubumuzun basilisin susturulmuş Bacillus subtilis OGU1 suşu üzerine yaptığı çalışmalardan elde edilmiş veriler kullanıldı. Değişen biyolojik süreç ve yolakları belirlemek için Prize-Collecting Steiner Forest (PCSF) algoritması kullanılarak zamana bağlı sekretom ve sitozolik proteom etkileşim ağları oluşturuldu.Ortaya çıkan ağlar üzerinde yapılan işlevsel zenginleştirme analizleri önceki bulgularımızı doğrulamış, ayrıca CcpA, BglH, HxlA and YwmD gibi gizli molekülleri, bununla birlikte amino asit metabolizması, ABC taşıyıcıları, şeker ve folik asit tek karbon metabolizması gibi yolakları açığa çıkarmıştır. Biyolojik ağ modellemesi, belli bir koşul altında Bacillus subtilis gibi organizmalarda bilinmeyen etkileşim partnerlerinin ve protein etkileşimlerinin belirlenmesini kolaylaştırmakta, ileriki deneylere kılavuzluk edebilmektedir.

Özet (Çeviri)

Bacillus subtilis is a non-pathogenic, Gram-positive organism which is known for producing a broad range of secondary metabolites with pharmacological and antimicrobial activities. The dipeptide bacilysin is one of the many antibiotics producing a broad range of secondary metabolites with pharmacological and antimicrobial activities. The dipeptide bacilysin is one of the many antibiotics synthesized by certain strains of B. subtilis, and it is composed of L-alanine and the non-proteinogenic amino acid L-anticapsin. Earlier silencing studies by our group have suggested that bacilysin acts as a pleiotropic molecule on its host. Therefore, the absence or lack of bacilysin would affect the host response. In this study, data from previous proteomic studies by our group on bacilysin-deleted derivative strain Bacillus subtilis OGU1 have been collected. We constructed time-dependent secretome and cytosolic proteome networks by using the Prize-collecting Steiner forest (PCSF) algorithm. Functional enrichment analyses on the resulting networks have confirmed our earlier findings, as well as revealing further hidden molecules including CcpA, BglH, HxlA and YwmD, along with pathways such as amino acid metabolism, ABC transporters, sugar metabolism, and one carbon pool by folate. Biological network modeling can facilitate the identification of unknown protein interactions, as well as interaction partners in organisms such as Bacillus subtilis under a particular condition, in addition to guiding further experiments.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    693776

    Network medicine-based discovery of biomarkers for pancreatic cancer

    Pankreas kanseri için ağ tıbbı tabanlı biyobelirteç keşfi

    ŞAFAK KILIÇ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    BiyoistatistikBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN

  2. Tez No

    392616

    Gözenekli bir kanalda tam gelişmiş zorlamalı taşınımda akışkan ağdalılığının ısı transferi üzerine etkisi

    Effects of viscous dissipation on fully developed forced convection in porous media

    CANSU UĞUR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Enerjiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Enerji Bilim ve Teknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE FİLİZ BAYTAŞ

  3. Tez No

    884922

    Modeling redistribution of regulators after perturbation on large biological networks

    Büyük biyolojik ağlarda perturbasyon sonrasında düzenleyicilerin yeniden dağılımının modellenmesi

    SELCEN ARI YUKA

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyomühendislikYıldız Teknik Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ALPER YILMAZ

  4. Tez No

    363710

    Echo state network ile sistemlerin modellenmesi

    System modeling using echo state network

    SELİN YAMAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kontrol ve Otomasyon Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ENGİN YEŞİL

  5. Tez No

    720438

    Comparison of Entropy and Ensemble-based feature selection through network analysis of Alzheimers disease-associated variants

    Alzheimer ile ilişkili varyantların ağ analizi üzerinden Entropy ve Ensemble bazlı değişken seçiminin karşılaştırılması

    SEVDA RAFATOV

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyoistatistikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Sağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON

Geri Dön