Development of a novel approach for cell surface protein analysis
Hücre yüzeyi proteinlerinin analizi için yeni bir metod geliştirilmesi
- Tez No: 594254
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NURHAN ÖZLÜ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Biyoteknoloji, Biochemistry, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 87
Özet
Plazma membran tüm hücrelerde evrimsel süreçte korunmuş bir hücresel yapıdır. Hücresel madde alış verişi, sinyal iletimi, hücreler arası iletişim, hücre göçü ve hücre bölünmesi gibi birçok hayati metabolik yolakta direk veya dolaylı olarak görev alır. Bu yüzden bu gibi mekanizmaların anlaşılması, bu yolakların kontrollerinin aydınlatılması için plazma membranını oluşturan bileşenlerin görevlerini ve bunların hücrenin iç bölgeleriyle nasıl etkileşimde olduklarını bilmemiz gerekmektedir. Proteomik metotları kullanmak bu gibi soruları cevaplamak için kullanılabilecek tarafsız yollardan biridir. Fakat plazma membran proteinlerinin kendilerine özgü yapıları ve az miktarda bulunmaları normal proteomik metotların plazma membranı üzerinde kullanımını engeller. Bu yüzden daha etkili plazma membran protein analiz yöntemlerine ihtiyaç duymaktayız. Tezimin ilk bölümünde, plazma membranı proteinlerini zenginleştirmek için yeni bir metot geliştirdim. Bu metotta santrifüj ve BioID protein zenginleştirme metotlarını birlikte kullandım. Bunun için bir Biotin ligaz enzimi olan BirA enzimini hücre zarını hedefleyecek ve biotinleyecek şekilde modifiye ettim. Sonrasında peş peşe fiziksel ve affinite temelli protein zenginleştirme metotlarını kullanarak plazma zarı proteinlerinin eldesini hedefledim. Sonrasında proteinleri hücre spektrometrisini kullanarak proteinleri analiz ettim. Tezimin ikinci bölümünde, Chloride Intracelluar Channel (CLIC) protein ailesinin iki üyesi olan CLIC1 ve CLIC4 proteinlerinin karakterizasyonu üzerine çalıştım. Yakın zamanlarda laboratuvarımızdan yayınlanan çalışmada CLIC1 ve CLIC4 proteinlerinin mitoz sırasında hücre zarında zenginleştiğini gösterdik. Literatürde henüz CLIC proteinlerinin hücre döngüsüyle ilgili bir fonksiyonu rapor edilmedi. Bu sebeple, CRISPR-Cas9 metodunu kullanarak CLIC1 ve CLIC4 nakavt memeli hücre hattı ürettik ve bu hücrelerde sitokinez analizi yaptım. CLIC1 ve CLIC4 nakavt hücrelerde sitokinez hatalarının daha fazla olduğunu ve bu sebeple daha yüksek oranda çok çekirdekli hücre oluşturduklarını bulduk.
Özet (Çeviri)
Plasma membrane is an evolutionary conserved cellular compartment for all cells. It directly or indirectly participates in vital pathways in the cell such as nutrition uptake, signal transduction, cell to cell communication, migration, adhesion, and cell division. Therefore, to elucidate molecular mechanisms of the cell or regulation of these pathways, we need to understand how plasma membrane components interact with inner part of the cell and their specific roles in these pathways. One unbiased way to address these questions is to take proteomics approach. Yet, unique structure of the plasma membrane and low abundancy of the cell membrane proteins make it challenging to study plasma membrane proteins with traditional proteomics approach. Therefore, there is a need for more effective approaches for identification of plasma membrane proteins. In the first part of my thesis, I developed a novel approach for plasma membrane protein enrichment. In this method, I used centrifugation and BioID enrichment methods subsequently. To that extent, I modified biotin ligase (BirA) enzyme to target and biotinylate cell membrane proteins. Then, by using subsequent physical and affinity-based enrichment methods, plasma membrane protein levels increased in the sample. Proteins then identified by using mass spectrometry. In the second part of my thesis, I focused on two members of Chloride Intracellular Channel (CLIC) proteins, CLIC1 and CLIC4. In a recent quantitative proteomics study from our laboratory showed that CLIC1 and CLIC4 enriched at the plasma membrane during cell division Currently, CLICs are not associated with any cell cycle dependent function. In the second part of my thesis, I focused on the characterization of the CLIC1 and CLIC4 proteins in cell cycle dependent manner. To that extent, I generated CRISPR-Cas9 mediated knockout cell lines and investigated their effects on cytokinesis fidelity. CLIC1 and CLIC4 knockout cells increased cytokinesis abnormalities indicating their role at the plasma membrane during cell division.
Benzer Tezler
- SA-4-1BBL as a platform to develop adjuvant systems for prophylactic and therapeutic vaccines
Başlık çevirisi yok
GÜNEŞ DİNÇ
- Meme kanseri hücre hatlarında karşılaştırmalı yüzey proteom analizi
Comparative surface proteome analysis in breast cancer cell lines
MEHMET SARIHAN
Doktora
Türkçe
2023
Tıbbi BiyolojiKocaeli ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MURAT KASAP
- Development and structural determination of antiangiogenic recombinant antibody structures for cancer treatment
Kanser tedavisine yönelik antianjiogenik rekombinant antikor yapılarının geliştirilmesi ve yapısal tayini
MELİS DENİZCİ ÖNCÜ
Doktora
İngilizce
2022
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
DR. AYLİN ÖZDEMİR BAHADIR
- PD-L1 proteinine yönelik görüntüleme ajanı geliştirilmesi ve sentezi
Development and synthesis of moleculer imaging agent for protein PD-L1
CEYDA KÖSE
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR ALPTÜRK
DR. ÖZGÜR YILMAZ
- Development of novel superparamagnetic iron oxide based theranostic nanoparticles
Demir oksit bazlı özgün teranostik nanoparçacıkların geliştirilmesi
ÖZLEM ÜNAL
Doktora
İngilizce
2017
KimyaKoç ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HAVVA YAĞCI ACAR