Geri Dön

MEFV gen mutasyonları taşıyan bireylerde yeni nesil dizileme yöntemi ile elde edilmiş yaygın ve yeni varyantların veri tabanlarında analizleri: Retrospektif çalışma

Analysis of wide and variants obtained by new generationlayout method in individuals with mefv gene mutations:Retrospective work

PDF İndir

  1. Tez No: 595903
  2. Yazar: ZEYNEP KURT
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF UZ YILDIRIM, DOÇ. DR. ŞEBNEM ÖZEMRİ SAĞ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Bursa Uludağ Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 89

Özet

MEFV geni 16. Kromozomun kısa kolu üzerinde 115 kb'lık bir bölge üzerindedir. Bu gen yaklaşık 3.7 kb uzunluğunda bir transkript kodlar. Genin ürünü 781 aminoasitlik pirin proteinidir. Pirin sadece olgun granülositlerde ifade olur. Pirinin görevi nötrofil aktivasyonunu azaltıp inflamasyonu baskılamaktır. Pirinin dört domaininden biri olan B30.2'dur. B30.2 bölgesinin ekspresyonu ile kaspaz-1 aktivasyonu olur ve IL-1b üretimini azaltır. Pirin mutasyona uğrayınca sıradan uyarıcılara cevap olarak aşırı derecede IL-1b üretimine neden olur. Çalışmalar atak döneminde İnterlökin IL–2, IL–6, IL–8 veTümör Nekroz Faktör-alfa (TNF-α) düzeylerinin yüksek olduğu saptanmıştır. FMF (familial mediterranean fever) hastalığı MEFV genindeki mutasyonlar sonucu ortaya çıkan otoinflamatuar hastalıkların en sık görülenidir. Hastalık ani başlayan ateş ve seröz zarların inflamasyonu ile karakterizedir. Akdeniz çevresinde yaygın olan hastalık Seferadik Yahudier, Ermeniler, Araplar ve Türkler arasında yaygındır. Bu çalışmanın amacı FMF hastalığına sebep olan MEFV geni varyantlarını tespit etmek, sınıflandırmak ve yeni varyantlar tespit edip varyant sınıflandırmasına kazandırmaktır. Çalışmaya katılan 673 erkek, 841 kadın toplam 1514 hastadan alınan kan örnekleriyle NGS dizilime yardımıyla gen analizi yapılmıştır. Sophia DDM progamıyla analizi sonucun da 75 tanesi ekzonda 29 tanesi intronda olmak üzere 104 varyant tespit edilmiştir. Tespit edilen bu varyantların 7 tanesi ekzonik 6 taneside intronik olmak üzere 13 tanesi novel varyanttır. Sonra elde edilen bu varyantlar çeşitli insilico analizler kullanarak patojenik özellikte olup olmadığına göre çeşitli sınıflandırmalara tabi tutulmuştur. Ayrıca birçok veritabanıyla analiz edilerek posttranslasyonel modifikasyonlarda rolü olup olmadığı anlaşılmaya çalışılmıştır. Elde edilen varyantların allel frekansı üzerine çalışılarak ne kadar sıklıkla görüldüğü hakkında bilgi edinilmeye çalışılmıştır.

Özet (Çeviri)

The MEFV gene is located on the short arm of chromosome 16 spanning a region of 115 kb in human. This gene encodes a transcript of approximately 3.7 kb. The product of this gene encodes 781 amino acid pyrin protein. Pyrin is expressed only in mature granulocytes. The major function of pyrin is to reduce neutrophil activation and suppress inflammation. B30.2, one of the four domains of pyrin; interacts with caspase-1. It reduces activation of caspase-1 and production of IL-1b. Excessive production of IL-1b in response to ordinary stimuli has been recorded on pyrin mutations. Interleukin IL –2, IL-6, IL-8 and Tumor Necrosis Factor-alpha (TNF-α) levels were found to be high during the attack period. FMF (Familial Mediterranean Fever) is one of the most common auto-inflammatory diseases caused by mutations in the MEFV gene. The disease is characterized by sudden onset of fever and inflammation of serous membranes. FMF is widespread in the Mediterranean region and common especially among Sephardic Jews, Armenians, Arabs and Turks. The aim of this study was to identify and classify MEVF gene variants in Turkish FMF patients using in silico tools. Novel variants are also determined and classified in this context. Sequencing of the gene is performed using Next Generation Sequencing. DNA was obtained from peripheral blood samples obtained from 1514 patients (673 males and 841 females). Initial data were analyzed with Sophia DDM program. As a result, 104 variants were detected. 75 of them were located in exons and 29 in introns. Of these variants, 13 were novel (7 exonic and 6 intronic). These variants were then subjected to various classifications according to their pathogenicity using various in silico analyzes. In addition, the amino acid changes have been analyzed using web tools to determine whether these changes have a role in post-translational modifications. Lastly, allele frequencies of the variants were calculated and compared to the previous data in the literature.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    310254

    Adnan Menderes Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesine başvuran ailesel akdeniz ateşi olgularında mefv gen mutasyon sıklığı

    Mefv gene mutation frequency in patients with familial mediterranean fever who applied to Adnan Menderes University Application and Research Hospital

    SALİH COŞKUN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    GenetikAdnan Menderes Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GÖKAY BOZKURT

  2. Tez No

    544261

    Ailevi akdeniz ateşi hastalarının aile bireylerindeki gen mutasyonları ve hastalardaki gen mutasyonları ilişkisinin araştırılması

    Investigation of gene mutations in family members of patient with familial mediterranean fever and genotipe of patients and first degree relative

    EMİR FARUK TEKEOĞLU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıAtatürk Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CELALETTİN KOŞAN

  3. Tez No

    236952

    MEFV geninde allelik ifadenin kantitasyonu

    Quantitation of the allelic expression for MEFV gene

    MELEK EMİNE UÇAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    Tıbbi BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ENGİN YILMAZ

  4. Tez No

    157457

    Ailesel akdeniz ateşi hastalarında ve normal bireylerde Mica geni üçlü tekrar polimorfizmin saptanması ve karşılaştırılması

    Determination and comparison of the triplet repeat polymorphism in the Mica gene in the patients with familial mediteranean fever and normal individuals

    BAŞAK YALÇIN BURHAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    Tıbbi BiyolojiAnkara Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    Y.DOÇ.DR. TİMUR TUNCALI

  5. Tez No

    256328

    Ailevi Akdeniz ateşi hastalığı taşıyan bireylerde MEFV geninde R202Q gen değişiminin taranması

    Screening of MEFV gene mutation R202Q gene in familian Mediterranean fever

    CENNET YILDIZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEJAT AKAR

Geri Dön