Moleküler modelleme yöntemleri ile ıntegrin inhibitörlerinin tasarlanması
Design of integrin inhibitors by using molecular modelling methods
- Tez No: 600259
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ İSMAİL HAKKI AKGÜN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 113
Özet
Bu çalışmada hücrelerin yüzeye tutunmasından ve sinyal iletiminden sorumlu protein grubu olan integrinlerin kanser gelişimindeki etkisini inhibe etmek amacıyla, yılan zehrinden elde edilen disintegrinlerden yola çıkılarak moleküler modelleme yöntemleri ile yeni integrin inhibitörlerinin tasarlanması amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda, RGD motifi içeren disintegrin moleküllerinin aminoasit dizileri UniProt veritabanından alınmış ve RGD motifinin sağında ve solunda bulunan aminoasitlerin bulunma oranları hesaplanmıştır. Hesaplanan bu oranlara göre RGD motifi, oluşturulacak siklik peptid sekansının başında, ortasında ve sonunda konumlandırılarak aminoasit kombinasyonları oluşturulmuştur. Doğal aminoasitlerin yanında, RGD motifinde R ve D aminoasitlerinin modifiye edilmesiyle oluşturulan 4 adet doğal olmayan aminoasit Rosetta veritabanına eklenmiş ve RGD içermeyen aminoasit kombinasyonları oluşturulmuştur. Yapılan kombinasyonlar için siklik peptidler, Rosetta 3.9 modelleme yazılımı kullanılarak oluşturulmuştur. Oluşturulan siklik peptidler, reseptör yapı olarak seçilen ve hazırlanan αvβ3 integrinin bağlanma bölgesinde hizalanmış ve Rosetta 3.9 yazılımında docking simülasyonları yapılmıştır. Docking simülasyonları sonucu en iyi bağlanma skoru veren 7 molekülün Gromacs 2018.3 yazılımında moleküler dinamik simülasyonları yapılmıştır.
Özet (Çeviri)
In this study, we aimed to design novel integrin inhibitors by using molecular modelling methods based on disintegrins obtained from snake venom in order to inhibit effects of integrins, which protein group is responsible for cell adhesion and signal transduction on cancer development. For this purpose, the aminoacid sequences of the disintegrin molecules which are containing RGD motif were taken from UniProt database. The ratios of aminoacids that take place in the right and left side of the RGD motif were calculated. According to these calculated ratios, aminoacid combinations were formed by positioning the RGD motif at the beginning, middle and end of the cyclic peptide sequences. In addition to natural aminoacids, 4 non-canonical aminoacids that were formed by modifying R and D aminoacids in RGD motif were added to Rosetta database and non-RGD combinations of aminoacids were formed. Cyclic peptides were generated by using Rosetta 3.9 modelling software. The generated cyclic peptides were aligned at the binding site of αvβ3 integrin, which was selected and prepared as receptor structure, and docking simulations were performed in Rosetta 3.9 software. Molecular dynamics simulations of 7 molecules which gave the best binding score after docking simulations were performed on Gromacs 2018.3 software.
Benzer Tezler
- Dokuya özgü laminin – 5 (α3β3γ2) ve integrin α3β1'in etkileşimlerinin moleküler modelleme yöntemleri ile incelenmesi
Investigation of tissue-specific laminin - 5 (α3β3γ2) and integrin α3β1 interactions with molecular modeling methods
KARDELEN KALMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyomühendislikEge ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ İSMAİL HAKKI AKGÜN
- Moleküler modelleme yöntemleri ile bazı fitokimyasalların opioid reseptörüyle bağlanma aktivitelerinin araştırılması
Investigation of opioid receptor binding activities of some phytochemicals using molecular modeling methods
HAZAL GÜRŞÜN
- Moleküler modelleme yöntemleri ile organik yarı iletkenlerin bant aralıklarının incelenmesi ve bilgisayar destekli ilaç tasarımı
Investigation of band gap of organic semiconductors by molecular modeling methods and computer aided drug design
PINAR SEYİTDANLIOĞLU
Doktora
Türkçe
2023
KimyaHacettepe ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CANAN ÜNALEROĞLU
PROF. DR. PERVİN ÜNAL CİVCİR
- Moleküler modelleme yöntemleri kullanılarak bazı enzim ve proteinlerin alosterik etki ile inhibisyon ve aktivasyonlarının araştırılması
Investigation of inhibition and activation of some enzymes and proteins by allosteric effect using molecular modeling methods
MEHMET MURAT YAŞAR
Doktora
Türkçe
2022
Fizik ve Fizik MühendisliğiAkdeniz ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL HAKKI SARPÜN
PROF. DR. EROL EROĞLU
- Rıboswıtch-metal iyonu etkileşimlerinin moleküler modelleme yöntemleri ile incelenmesi
Investigation of the interactons between riboswitch and metal ions by molecular modelling
ERSİN GÜNDEĞER