Türkiye yerli koyun ırklarında mitokondriyal DNA çeşitliliği
Mitochondrial DNA diversity in turkish native sheep breeds
- Tez No: 601068
- Danışmanlar: PROF. DR. İBRAHİM CEMAL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Aydın Adnan Menderes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Zootekni Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 108
Özet
Çalışmanın amacı, Türkiye'de yetiştiriciliği yapılan koyun ırklarında mitokondriyal DNA çeşitliliğinin mtDNA kontrol bölgesi 531 bç'lik kısmının DNA dizi analizine dayalı olarak ortaya konulmasıdır. Çalışmanın hayvan materyalini Kangal Akkaraman (n=18), Çine Çaparı (n=20), Dağlıç (n=18), Eşme koyunu (n=20), Gökçeada (n=18), Güney Karaman (n=21), İvesi (n=20), Karacabey Merinosu (n=18), Karakaş (n=14), Karya (n=25), Kıvırcık (n=22), Morkaraman (n=19), Norduz (n=18), Ramlıç (n=25), Sakız (n=20) ırklarından toplam 296 baş koyun oluşturmuştur. Toplam 531bç'lik dizilimde, 78 haplotip, 33'ü parsimonik bilgi verici 53 polimorfik bölge ortaya çıkmıştır. Elde edilen sekans verilerinden, nükleotid çeşitliliği ve haplotip çeşitliliği, nötralite testleri, uyumsuzluk dağılımları analizleri yapılmıştır. Belirlenen en yüksek ve en düşük haplotip çeşitliliği Morkaraman (0.967±0.03) ve Sakız (0.542±0.105) ırklarında bulunmuştur. Filogenetik ağacın doğru topolojisine substitisyon modeli ile karar verilmiş sonrasında Haplogruplar belirlenmiştir. Bu çalışmada daha önce gözlemlenen tüm haplogruplar ortaya çıkmıştır. Altı koyun Haplogrup D'de (HPGD) 10 koyun Haplogrup E' de (HPGE) tespit edilirken 165 koyun Haplogrup B' de (HPGB) belirlenmiş, 69 ve 46 hayvan sırasıyla Haplogrup A (HPGA) ve Haplogrup C'de (HPGC) gözlenmiştir. Uyumsuzluk dağılım analizinden alınan sonuçlara göre ırklarda ve haplogruplarda populasyon genişlemesi gözlenmemiştir. Çalışmada kullanılan örnekler mutasyon birikimlerini iyi gösteren, eski ırklardan oluşmaktadır. Çalışmada incelenen mtDNA bölgesi ve kullanılan yöntemlerin ele alınan ırklarda genetik çeşitliliğin ortaya konulmasında yeterli olabileceği söylenebilir.
Özet (Çeviri)
The aim of the present study is to demonstrate the mitochondrial DNA diversity in Turkish native sheep breeds using 531 bp DNA sequence of mtDNA control region. Animal material of the study consisted of 296 individual sampled from 15 sheep breeds raised in Türkey including Kangal Akkaraman (n=18), Çine Çaparı (n=20), Dağlıç (n=18), Eşme koyunu (n=20), Gökçeada (n=18), Güney Karaman (n=21), İvesi (n=20), Karacabey Merinosu (n=18), Karakaş (n=14), Karya (n=25), Kıvırcık (n=22), Morkaraman (n=19), Norduz (n=18), Ramlıç (n=25), Sakız (n=20) breeds. A total of 531 bp sequence was revealed a total of 78 haplotypes, 53 polymorphic sites, 33 of which are parsimony informative. Nucleotide diversity and haplotype diversity, neutrality tests, mismatch distribution analyzes were conducted to obtained sequences data. The highest and lowest haplotype diversity was determined in Morkaraman (0.967±0.03) and Chios (0.542±0.105) breeds. The highest and lowest nuclotide diversity was determined in Karya (0.01523±0.00153) and Chios (0.00329±0.00072) breeds. Correct topology of the neighbour joining phylogenetic tree was decided with substitution model and then haplogroups were identified. The present study showed all previously observed haplogroups. While six sheep from rare Haplogroup D (HPGD) and 10 sheep from rare Haplogroup E (HPGE) were detected, a total of 165 animal were detected in Haplogroup B (HPGB), 69 and 46 animals were observed in Haplogroup A (HPGA) and Haplogroup C (HPGC), respectively. According to the results of the mismatch distribution analysis, no population expansion was observed in both of breeds and haplogroups. The samples used in this study consist of old breeds that show good mutation accumulation. As a result, it can be said that the mtDNA region and methods used throughout this study is sufficient to reveal genetic diversity in the studied populations.
Benzer Tezler
- Türkiye ve Pakistan Koyun Irkları arasındaki mtDNA D-loop ilişkisinin araştırılması
Investigation of relationship between mtDNA D-loop among Turkish and Pakistani Sheep Breeds
MUHAMMAD SHAHZAD HUSSAIN
Doktora
Türkçe
2022
GenetikAfyon Kocatepe ÜniversitesiMedikal Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. METİN ERDOĞAN
- MtDNA based genetic diversity of native sheep breeds and Anatolian mouflon (Ovis gmelinii Anatolica) in Turkey
Türkiye?deki yerli koyun ırklarının ve anadolu mouflonun (Ovis gmelinii Anatolica) mtDNA?ya dayalı genetik çeşitliliği
SEVGİN DEMİRCİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoenformatik Bölümü
PROF. DR. İNCİ TOGAN
- Türkiye yerli koyun ırklarında ovar-DRB1 ekzon 2'deki moleküler polimorfizm
Molecular polymorphism in exon 2 of ovar-DRB1 gene in native Turkish sheep breeds
MEHMET YAŞAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Veteriner HekimliğiAfyon Kocatepe ÜniversitesiMedikal Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. METİN ERDOĞAN
- Surveillance of prion protein (PrP) gene polymorphisms in Turkish native sheep breeds
Türkiye yerli koyun ırklarında prion protein (PrP) geni polimorfizmlerinin taranması
BEGÜM UZUN
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İNCİ TOGAN
- Bazı yerli koyun ırklarında INHBB geni ekzon-2 bölgesinin ve FSHB geni ekzon-3 bölgesinin yavru verimine etkisi
The effects of exon-2 region of INHBB gene and exon-3 region of FSHB gene on litter size in some local sheep breeds
İLKE ÜNLÜSOY