MtDNA based genetic diversity of native sheep breeds and Anatolian mouflon (Ovis gmelinii Anatolica) in Turkey
Türkiye?deki yerli koyun ırklarının ve anadolu mouflonun (Ovis gmelinii Anatolica) mtDNA?ya dayalı genetik çeşitliliği
- Tez No: 313599
- Danışmanlar: PROF. DR. İNCİ TOGAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Enformatik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Bölümü
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 151
Özet
Bu çalışmada, evcil koyunların tarihi ilk evcilleştirmenin merkezinde yer alan 13 Türk koyun ırklarından 628 bireyin mitokondriyal DNA (mtDNA)'ya dayalı haplogrupları (HPG), ve bu bireylerin arasından seçilmiş 240 bireyin mtDNA kontrol bölgesi (CR) sekansları kullanılarak araştırılmıştır. Ayrıca, koyunun ilk evcilleştirme safhaları senaryosuna katkıda bulunmak için 30 Anadolu yaban koyunu (Ovis gmelinii anatolica) mtDNA CR sekansları elde edilmiştir. Irkların haplogrup kompozisyonları mtDNA ND2 bölgesi kullanılarak yapılan SSCP metoduyla tanımlanmıştır. Genetik çeşitlilik ve haplogruplar arasındaki ilişki hesaplanmıştır. Medyan birleştirme ağı ve Komşu birleştirme ağacı gibi haplogrupların filogenetik analizleri, mtDNA CR, sitokrom B (cytB) ve birleştirilmiş CR-cytB bölgelerine ait bu çalışmanın sekansları ve NCBI'dan (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) alınan sekanlar ile yapılmıştır.Bu çalışmada sunulan sonuçlar, Türk koyun ırklarının şimdiye kadar bulunan bütün haplogrupları (HPG A-E) içerdiğini göstermiştir. Az olan HPG D'de 2 birey, az olan HPG E'de on bir birey gözlenmiş ve sekanslanmıştır. Artan örnek sayısı ile HPG E'nin, uyumsuzluk dağılımı ve nötralite testleriyle diğer yaygın haplogrouplar (HPG A, B ve C) gibi geçmişte büyüme gösterdiği gözlenmiştir. Göçer Türklerin Anadoluya yaklaşık 1000 yıl önce gelişi ile ilişkilendirilebilecek üçüncü koyun göçü sonucunda oluşabilecek Türkiyenin iki bölgeye bölünmesi, uzamsal otokorelasyon analizleri ve sentetik haritada gözlenen mtDNA'ya ilişkin (annesel) desen sayesinde ortaya çıkmıştır. Son olarak, Ovis gmelinii anatolica örnekleri iki haplotip olarak gözlenmiş, bunlardan bir tanesi HPG A içerinde gözlenmiş (muhtemelen yabana kaçan evcil), bir diğeri ise daha önce hiç gözlenmemiş ayrı bir haplotip (HPG E ve C'ye yakın) olarak görülmüştür. Gözlenen bu sınırlı çeşitlilik, izolasyon, parçalanma, parçaların yok olması ve darboğazın sonucu olabilir. Ovis gmelinii anatolica, evcil koyunu meydana getiren yaban koyunlarının evrilmiş soylarının bir parçası olabilir.
Özet (Çeviri)
In the present study, history of domestic sheep were investigated by mitochondrial DNA (mtDNA) based haplogroups (HPG) of 628 samples and mtDNA control region (CR) sequences of 240 samples from 13 Turkish sheep breeds which were located in the hearth of the first domestication center. Also, 30 Anatolian wild sheep (Ovis gmelinii anatolica) mtDNA CR sequences were obtained to contribute to the scenarios on initial domestication stages of sheep. Haplogroup compositions of breeds were identified with SSCP method by using mtDNA ND2 region. The genetic diversity and relationship between haplogroups were calculated. Phylogenetic analyses of haplogroups such as median joining networks and neighbor joining trees were constructed for mtDNA CR, cytochrome B (cytB) and combined CR-cytB sequences with sequences from the present study together with sequences retrieved from NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/).Results of the present study showed that all previously observed haplogroups (HPG A-E) were present in Turkish sheep breeds. Two individuals from rare HPG D and eleven individuals from rare HPG E were detected and sequenced. With increased sample size, for HPG E, past population expansion was observed as was the case of HPG A, B and C with mismatch distributions and neutrality tests. Spatial autocorrelation analyses and synthetic map with respect to mtDNA (maternal) pattern revealed that Turkey was separated into two regions which may be attributed to the imprints of third migration of sheep associated with the arrivals of nomadic Turks to Anatolia nearly 1000 years before present. Finally, Ovis gmelinii anatolica samples exhibited two haplotypes; one of them belongs to HPG A (possibly feral domesticate), and the other one shows a distinct haplotype (close to HPG E and C) that was not observed before. Observed, low mtDNA diversity might be the result of isolation, fragmentation, extinction of fragments and bottlenecks. Ovis gmelinii anatolica can be part of the evolved descendants of the wild sheep which gave birth to the domestic sheep.
Benzer Tezler
- The conservation of genetic diversity in turkish native horse breeds
Türk atlarının genetik çeşitliliğinin korunması
ÖZGÜR ASLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiÇevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEZEN ARAT
YRD. DOÇ. DR. RAŞİT BİLGİN
- Reassessment of genetic diversity in native turkish sheep breeds with large numbers of microsatellite markers and mitochondrial DNA (MTDNA)
Yerli türk koyun ırklarının genetik çeşitliliklerinin yüksek sayıda mikrosatelit belirteçleri ve mitokondriyal DNA (MTDNA) ile yeniden araştırılması
ŞÜKRÜ ANIL DOĞAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İNCİ TOGAN
- Türkiye koyun ırklarındaki genetik çeşitliliğin mtdna ve y kromozomal belirteçleri kullanılarak belirlenmesi
Detection of genetic diversity on Turkish sheep breed by using mtdna and y chromosomal markers
YASEMİN ÖNER
- Genetic diversity of honey bee populations in Turkey based on microsatellite markers: A comparison between migratory versus stationary apiaries and isolated regions versus regions open to migratory beekeeping
Mikrosatelit işaretleyiciler temelinde Türkiye bal arısı toplumlarının genetik çeşitliliği: Göçer ve sabit arılıklar ile yalıtılmış bölgeler ve göçer arıcılığa açık bölgeler arasında bir karşılaştırma
MERT KÜKRER
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYKUT KENCE
- Türkiye'deki sultan ırkı tavuk popülasyonlarının mtDNA dizi analizine dayalı genetik karakterizasyonu
Genetic characterization of sultan breed chicken populations in Turkey based on mtDNA sequence analysis
KEMAL ESKİOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyoteknolojiAkdeniz ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ DEMİR ÖZDEMİR