Ligand docking to proteins undergoing large conformational changes
Büyük yapısal değişiklikler geçiren proteinlere ligand bağlanma uygulamaları
- Tez No: 603837
- Danışmanlar: PROF. DR. TÜRKAN HALİLOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 119
Özet
Adenilat kinaz enzimine ligand bağlanma ve buna bağlı yapısal değişiklikleri incelemek adına bir doking (bağlanma) programı kullanılmıştır. Daha önceki bir çalışmada ClustENM adlı konformer örnekleme algoritması ile elde edilmiş 92 ara yapının dinamikleri, Autodock programıyla incelenmiştir. Öncelikle ClustENM ile elde edilmiş bu yapıların iç yapı geometrilerini doğrulama amaçlı bir çalışma yapılarak, Molprobity server kullanılmıştır. En düşük enerji ve en düşük RMSD değerlerini verecek uygun bağlanma alanlarını inceleyebilmek için, AP5, ATP, ADP ve AMP olarak dört farklı ligand yapısı seçilmiştir. Tüm ligandlar için en iyi sonuçlar LID tarafında bir kapanmaya yönelen ATP ligandı ile elde edilmiştir. En düşük RMSD değeri yine ATP'nin LID tarafına bağlandığı durum için, 0.63 Å olarak belirlenmiştir. Farklı bir çok konformer için alternatif ligandların LID tarafına bağlandığı seçenekler başarılı sonuçlar verirken, aynı ligandların NMP tarafına bağlanmalarında başarı elde edilememiştir. Özellikle ATP ile yapılan çalışmalar, farklı bir bağlanma programı olan GOLD ile tutarlı sonuçlar vermiştir. Protein-ATP pozlarının dinamiğindeki değişiklikleri analiz etmek adına Dynomics server kullanılmıştır. Ayrıca, Ligplot ile kapalı kristal yapıdaki fosfat gruplarının etkileşimlerini işaret eden, önemli protein-ligand etkileşimlerini incelemek adına bir çalışma yapılmıştır. Yarı kapalı LID yönelimi gösteren ara yapıların başarılı sonuçlar vermesi, kilit-anahtar kuramı ve yapı arama algoritmaları arasında bir kombinasyon örneği gösteren bir bağlanma metodunu işaret etmektedir.
Özet (Çeviri)
Conformational transitions and ligand binding to the enzyme adenylate kinase were investigated by computational docking. Autodock was used to investigate the dynamics of 92 atomistic conformers, which have been previously obtained by a conformational sampling algorithm- ClustENM. First the internal geometry of the atomistic ClustENM conformers were validated by the MolProbity server. Four different ligands,namely AP5, ATP, ADP and AMP, were docked on each conformer to determine the favorable docking poses in terms of low energies and ligand RMSD values. Docking of ATP to the side of the LID domain gave the best results among all ligands, which is accompanied by LID closure to various extents. Minimum RMSD is obtained where ATP ligand docked to LID domain with 0.63 Å. For multiple conformers, successful poses were found for docking of any ligand to the LID side, whereas dockings to the side of the NMP domain did not yield any successful poses for any of the ligands. Results are mostly in compliance with GOLD procedure especially for the ATP case. To analyze the changes in dynamics for the protein-ATP poses, Dynomics web server was used. Moreover, key protein-ligand interactions were determined by Ligplot, which pointed to the interactions around the phosphate groups of the ligand in the closed crystal structure. Intermediate structures with half closed LID were successful for docking of the ligands, indicating a combination of induced fit and conformational search algorithms.
Benzer Tezler
- Türkiye'de yetişen tıbbi bitkilere ait antikoagülan fitokimyasalların faktör xa inhibisyonlarının in siliko araştırılması
In silico investigation of factor xa inhibition of anticoagulant phytochemicals of medicinal plants grown in turkey
IŞIK ÇAKMAK
Doktora
Türkçe
2024
BiyoistatistikKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoistatistik ve Tıp Bilişimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA EMRE ERCİN
- In silico exploration of antidiabetic potential of Punica granatum: A comprehensive analysis of ligand protein interactions
Punica granatum'un antidiyabetik potansiyelinin in siliko keşfi: Ligand protein interaksiyonlarının kapsamlı analizi
CHAYMAE NKITA
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyomühendislikÜsküdar ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SULTAN MEHTAP BÜYÜKER
- Structural dependence of protein binding and vibrational spectra of some odor molecules: Molecular docking and TD-DFT study
Koku moleküllerinin protein etkileşimlerinin ve titreşim spektrumlarının yapıya bağlılığının moleküler kenetlenme ve ZB-YFT ile incelenmesi
AYSUN SIRMA
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
- Yeni bir grup potansiyel anti-alzheimer etkili takrin-donepezil hibritleri üzerinde çalışmalar
Studies on A group of novel tacrine-donepezil hybrids as anti-alzheimer compounds
GÜLŞAH BAYRAKTAR
Doktora
Türkçe
2019
Eczacılık ve FarmakolojiEge ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VİLDAN ALPTÜZÜN
- EASAL: Algorithms and software for analyzing entropy-driven assembly landscapes
Başlık çevirisi yok
AYŞEGÜL ÖZKAN
Doktora
İngilizce
2014
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolUniversity of FloridaBilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. MEERA SITHARAM