Comparison between multiplex PCR of the regions of difference (RD) and spoligotyping for identification of Mycobacterium bovis and Mycobacterium bovis BCG strains
Mycobacterium bovis'in ve Mycobacterium bovis BCG suşlarının tanımlanması için RD bölgelerinin multiplex PCR'ı ve spoligotyping karşılaştırması
- Tez No: 606752
- Danışmanlar: PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Mikrobiyoloji, Bioengineering, Biotechnology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 134
Özet
Mycobacterium izolatlarının tanımlanması, tüberkülozun uygun tedavisi için önemlidir. M. bovis BCG'nin, M. bovis'in diğer suşlarından ve M. tuberculosis Kompleksinin diğer üyelerinden geleneksel yöntemlerle ayırt edilmesi zordur. Evrim sürecinde de önemli rol oynayan RD bölgelerinin varlığını gösteren moleküler yöntemler hızlı tanıda çok önemlidir. Mycobacterium tuberculosis kompleksinin evrim ağacını dikkate alarak 7 RD bölgesinin multipleks PCR'ı ile M. bovis ve M. bovis BCG ayrımını amaçladık. Çalışmamızdaki kullanılan M. tuberculosis, M. bovis ve M. bovis BCG ve diğer suşları içeren Mycobacterium tuberculosis suşları 2007-2017 yılları arasında Çukurova Üniversitesi, Adana Bölge Tüberküloz Laboratuvarı'nda izole edilen suşların arasında rastgele seçilmiştir. Genomik DNA, Mickle cihazı kullanılarak ekstrakte edildi ve bütün suşlar, yedi RD bölgesinin varlığını veya yokluğunu anlamak amacı ile multiplex PCR yönetmi ile amplifiye edildi. Doğrulama testi için spoligotipleme yapıldı. RDs tabanlı Multiplex PCR ile moleküler tanımlama, MTBC alt tipleri arasındaki farklılaşmada yüksek duyarlılığa ve özgüllüğe sahiptir. Bu moleküler yöntemin, M. bovis ve BCG suşları dahil olmak üzere MTBC elemanlarının düşük maliyetle doğru ve hızlı tanımlanmasına olanak sağladığı sonucuna vardık.
Özet (Çeviri)
Identification of Mycobacterium isolates is important for appropriate treatment of tuberculosis. BCG is difficult to distinguish from other strains of M. bovis and other members of the M. tuberculosis complex by conventional methods. The molecular methods that demonstrate the presence of RD regions, which also play a significant role in the evolutionary process, are very important in rapid diagnosis. We aimed to make this distinction by performing multiplex PCR with 7 RD regions taking into account the evolutionary tree of the Mycobacterium tuberculosis complex. The strains used for this study were randomly selected among the Mycobacterium tuberculosis complex, which includes M. tuberculosis, M. bovis and M. bovis BCG and other strains; isolated during 2007-2017 in the Regional Tuberculosis Laboratory, Çukurova University. These strains were already identified using the biochemical and growth tests. Genomic DNA was obtained by the Mickle apparatus and all strains tested by RDs-based Multiplex PCR based on the presence or absence of the seven RD regions. Spoligotyping was performed to confirm sublineages. The molecular identification by RDs-based Multiplex PCR has high sensitivity and specificity in differentiation between the MTBC subspecies. We conclude that this molecular method allows accurate and rapid identification of the MTBC members including M. bovis and BCG strains at low cost.
Benzer Tezler
- X kromozomu ındel lokuslarının Türkiye'deki gen sıklığı
Gene frequency of X chromosome indel loci in Turkey
SELEN ÖZYER
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Adli Tıpİstanbul ÜniversitesiFen Bilimleri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÖNÜL FİLOĞLU TÜFEK
- Zavot sığır ırkının mikrosatellitler ile genetik karakterizasyonu
Genetic characterization of zavot cattle breed with microsatellites
BUKET BOĞA KURU
Doktora
Türkçe
2018
Veteriner HekimliğiKafkas ÜniversitesiZootekni Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TURGUT KIRMIZIBAYRAK
DR. ÖĞR. ÜYESİ YUSUF ÖZŞENSOY
- HPV pozitif bireylerde miR-519d, HPV16-miR-H1 ve DVL-1 ifadelerinin RT-PCR ile araştırılması
Investigation of miR-519d, HPV16-miR-H1 and DVL-1 expressions in HPV positive individuals by RT-PCR
ASLIHAN ESRA BİLDİRİCİ
Doktora
Türkçe
2021
Tıbbi BiyolojiSivas Cumhuriyet ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NİLGÜN ÇEKİN
- Saccharomyces cerevisiae DNA barkodunun belirlenmesi ve veri tabanının oluşturulması
Determination of the Saccharomyces cerevisiae DNA barcode and creating a data base
MİTHAT KURBAN
Doktora
Türkçe
2019
Gıda MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. REMZİYE YILMAZ
- Kandidalarda SAP (1-10) genlerinin ve biyofilm oluşumunun saptanması: Sağlık bakımı ile ilişkili enfeksiyonlarda kandan ve diğer örneklerden izole edilenlerin karşılaştırılması
Expression of SAP genes (1-10) and biofilm formation in candida spp: Comparison of health care associated infection isolates from bloodstream with isolates from other sources
AHMED MOUSTAPHA NSANGOU
Doktora
Türkçe
2021
MikrobiyolojiSelçuk ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DUYGU FINDIK