CRISPR/CAS9 teknolojisi kullanılarak A549, NCI-H1155 akciğer kanser hücre hatlarında P53 geni ve K562 kronik myeloid lösemili hücre hattında BCR/ABL1 ve SK1 genlerinde düzenleme yapılması
Editing of BCR/ABL1 and SK1 genes in K562 chronic myeloidleukemia cell line and in the P53 gene in A549, NCI-H1155 lungcancer cell lines using CRISPR/CAS9 technology
- Tez No: 607266
- Danışmanlar: PROF. DR. MİKAİL AKBULUT, PROF. DR. YUSUF BARAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: CRISPR/Cas9, p53, SK1, BCR-ABL1, CRISPR/Cas9, p53, SK1, BCR-ABL1
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 146
Özet
Bu tez kapsamında, Akciğer kanserinin A549 ve NCI-H1155 hücre hatlarında p53 geni, Kronik Myeloid Löseminin K562 hücre hatlarında ise BCR-ABL1 ve Sifingozin Kinaz-1 (SK1) genlerinin ifadelerinin azaltılması amacıyla CRISPR/Cas9 teknolojisinin kullanılması araştırılmıştır. Bu çalışma kapsamında p53 geninin 4.ekzonunu hedef alan 2 adet gRNA dizayn edilmiştir. Dizayn edilen oligonükleotitler gRNA oluşturmak üzere vektöre klonlanmış ve ilgili hücre hattına transfekte edilmiştir. p53'de %58,2 ile bir koloni, p53-gRNA-3 ifade eden koloniler arasında en fazla down regülasyon gösteren hücre hattı olmuş ve bu hücre grubunda hedeflenen bölgede 7 bp delesyon tespit edilmiştir. Bu tezin ikinci bölümünde, K562 hücre hattında BCR-ABL1 ve SK1 genlerini down regüle etmek için CRISPR/Cas9 teknolojisinin kullanımı araştırılmıştır. Bu amaçla, BCR-ABL1 geninin ABL1 bölgesinde ekzon 4 için 3 gRNA tasarlanmış ve konstitütif LentiCRISPR v2 plazmidine klonlanmıştır. ABL1-gRNA-3'ün %45,6 down regülasyonla, BCR-ABL1'i hedef alan üç gRNA arasında en etkili olduğu bulunmuştur. Ayrıca SK1, kanser hücrelerinde apoptozu uyaran terapötik hedef olabileceği düşüncesiyle çalışılmıştır. Ekzon 6 için 2 ve ekzon 8 için 1 olmak üzere üç gRNA, SK1 için tasarlanmış ve konstitütif LentiCRISPR v2 plazmidine klonlanmıştır. 3 gRNA'nın tamamında, SK1 geninde benzer mutasyonlar ve ifade değişiklikleri elde edilmiştir. Fakat, ifade oranında %83,5 ile en yüksek düşüş, SK1-gRNA-1 ifade eden stabil hücrelerde gözlenmiştir. Sonuç olarak, CRISPR/Cas9 gen düzenleme teknolojisi K562 hücrelerinde BCR-ABL1 ve SK1 genlerinde, A549 ve NCI-H1155 hücrelerinde ise p53 geninde düzenleme yapmak ve ifadelerini azaltmak amacıyla başarılı bir şekilde kullanılmıştır.
Özet (Çeviri)
In this study, the use of CRISPR/Cas9 technology to edit p53 gene in A549 and NCI-H1155 cell lines of Lung cancer, BCR-ABL1 and Sphingosine kinase-1 (SK1) gene in Chronic Myeloid Leukemia in K562 cell line was investigated. Within the scope of this study, 2 gRNAs were designed to target the 4th exon of the p53 gene. The designed gRNAs were cloned to vector and transfected to relevant cell lines. In p53, one colony with 58.2% was the most down regulating cell line among the p53-gRNA-3 expressing colonies and 7 bp deletion was detected at the target site. In the second part of this thesis, the use of CRISPR/Cas9 technology to downregulate BCR-ABL1 and SK1 genes in K562 cell line was investigated. For that purpose, 3 gRNAs for exon-4 in ABL1 region of BCR-ABL1 gene were designed and cloned into constitutive LentiCRISPR v2 plasmid. With 45.6% down regulation, ABL1-gRNA-3 was found to be the most efficient among the three gRNAs targeting the BCR-ABL1. SK1 was also studied considering it may be therapeutic target to induce apoptosis in cancer cells. Three gRNAs, 2 for exon 6 and 1 for exon 8, have been designed for SK1 and cloned into constitutive LentiCRISPR v2 plasmid. All 3 gRNAs caused similar mutations and expression alterations in SK1 gene. However, the highest decrease with 83.5% in expression rate was observed in stabil cells which was expressing the SK1-gRNA-1. As a result, CRISPR/Cas9 gene-editing technology has been used successfully to edit and downregulate the expression of SK1 and BCR-ABL1 genes in K562 cells and p53 gene in A549 and NCI-H1155 cell lines.
Benzer Tezler
- Genome editing of ornamental plants using CRISPR/Cas9 technology
Süs bitkilerinde CRISPR/Cas9 teknolojisi kullanılarak genom düzenlemesi
MOHAMED FARAH ABDULLA
Doktora
İngilizce
2024
BiyoteknolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSA KAVAS
- Klk gene editing using crispr technology in prostate cancer cell lines for cancer therapy
Kanser terapisi için KLK gen düzenlenmesini crispr teknolojisi kullanılarak prostat kanseri hücre hatlarinda yapılması
NASIM KHERAD
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Moleküler TıpBiruni ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MERYEM ALAGÖZ
- Apis mellifera anatoliaca bal arısında CRISPR-Cas9 kullanılarak jüvenil hormon asit o-metiltransferaz (JHAMT) nakavt mutantların üretilmesi ve varroa destructor üzerine etkisinin araştırılması
Production of juvenile hormone acid o-methyltransferase (JHAMT) knockout mutants using CRISPR-Cas9 in apis mellifera anatoliaca honey bee and investigation of its effect on varroa destructor
BERKANT İSMAİL YILDIZ
Doktora
Türkçe
2023
BiyoteknolojiAkdeniz ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL KARABAĞ
- Modification of catalytic subunit of dna polymerase gamma by CRISPR/CAS9 genome editing technology
Dna polimeraz gama katalitik alt ünitesi gen bölgesinin CRISPR/CAS9 genom düzenleme teknolojisi ile modifikasyonu
AYŞEGÜL EKMEKÇİOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyoteknolojiAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiPROF. DR. MELTEM MÜFTÜOĞLU
DR. ÖĞR. ÜYESİ EMRE DENİZ
- Gen amplifikasyonu içeren tümör hücrelerinde CRISPR-Cas ile amplikon hedeflenmesi
Amplicon targeting with CRISPR-Cas in tumor cells with gene amplification
SEDA NUR HOMURLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OĞUZ ALTUNGÖZ