An effort to identify novel proteins in alternative polyadenylation
Alternatif poliadenilasyonda rol oynayan yeni proteinlerin keşfedilmesi üzerine bir çalışma
- Tez No: 610775
- Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN, DOÇ. DR. NURCAN TUNÇBAĞ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 99
Özet
Poliadenilasyon, yeni sentezlenmekte olan bir mesajcı RNA (mRNA) molekülüne poli (A) kuyruğunun eklenmesi olarak tanımlanan, oldukça sıkı bir biçimde kontrol edilen ve transkripsiyon ile eş zamanlı gerçekleşen bir süreçtir. Öncül mRNA'ların 3'-Uç bölgelerinin işlenmesini kapsayan bu süreç çok sayıda proteinin katılımıyla oluşan büyük bir protein kompleksi tarafından koordine edilmektedir. Alternatif poliadenilasyon (APA) ise bir mRNA molekülü üzerinde yer alan alternatif poli (A) sinyallerinden birinin seçilmesi olarak tanımlanmaktadır. İnsan genomunda yer alan genlerin büyük çoğunluğunun birden fazla poli (A) sinyali taşıdığı gerçeği alternatif poliadenilasyonun (APA) fonksiyonel önemini vurgulamaktadır. APA, farklı cis-regülatör bölgelere sahip 3' UTR izoformları oluşturarak mRNA'ların stabilitesini, lokalizasyonunu ve transkripsiyonel aktivitesini etkilemekte ve sonuç olarak söz konusu mRNA moleküllerinin posttranskripsiyonel kaderini değiştirmektedir. Proliferatif sinyallerin normal hücrelerde ve kanser hücrelerinde poli (A) sinyal seçilimini etkilediği ve genel olarak transkriptlerin 3'UTR uzunluklarında kısalmaya neden olduğu bilinmektedir. Daha kısa 3'UTR bölgesine sahip olan bu transkriptler, mikroRNA'lar gibi negatif-düzenleyici etkiye sahip trans-faktörlerden kaçabilmekte ve bu durum kodlanan protein miktarının artmasına neden olabilmektedir. Gerçekleşen bu olaylar, kanser hücrelerinde, aktivasyon mutasyonlarından bağımsız bir şekilde anlatımı artan kimi proteinler için bir açıklama oluşturabilmektedir. Öte yandan, proksimal poli (A) sinyal seçiliminin ardında yatan mekanizma henüz tam anlamı ile izah edilememiştir. Poliadenilasyon sürecinde rol oynadığı bilinen temel proteinlerin yanı sıra poli (A) sinyal seçiliminde rol oynayan, henüz tanımlanamamış yeni proteinlerin de mevcut olabileceği düşünülmektedir. Bu tezin amacı alternatif poliadenilasyonda rol oynaması muhtemel, yeni aday proteinlerin tespit edilmesidir. Bu hedefle, yakınlıktemelli biyotin tanımlamasını mümkün kılan yöntemlerin kütle spektormetresi ile birleştirilmesinden faydalanılarak CSTF2 proteini ile etkileşim halinde olan yeni proteinlerin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Elde edilecek sonuçların specifik poli (A) sinyallerinin seçilmesinin arkasında yatan mekanizmayı aydınlatacağı düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Polyadenylation, the addition of a poly (A) tail to a nascent messenger RNA (mRNA), is a tightly regulated process occurring co-transcriptionally. Human premRNA 3' processing complex is a multi-protein machinery: Core complexes of this machinery can be listed as; i) Cleavage and Polyadenylation Specificity Factor (CPSF), ii) Cleavage Stimulatory Factor (CSTF), and iii) Cleavage Factors Im and IIm (CFIm and CFIIm). Majority of the human genes have multiple poly(A) signals which emphasizes the significance of alternative polyadenylation (APA), which is the regulated selection of alternate polyadenylation signals on mRNAs. APA may change the posttranscriptional fate of a eukaryotic mRNA by affecting its stability, localization and translational activity through altering availability of cis-regulatory elements on mRNA molecule. It is known that proliferative factors alter poly(A) signal selection in normal and cancer cells with a tendency towards increased 3' UTR shortening. Avoiding negative regulatory trans-factors such as microRNAs, these shortened 3'UTRs have been linked to increased protein levels. These events may explain how certain proteins are upregulated in cancer cells despite the lack of activating mutations. However, it is not yet fully understood how proximal signals are selected in proliferative cells. At this point we hypothesize that, along with core subunits of polyadenylation machinery there may be other proteins which may play a role in selection of poly (A) signals. Aim of this thesis was to identify new proteins that may play a role in APA. For this purpose, we chose proximity-dependent biotin identification coupled with mass spectrometry analysis to identify interacting partners of CSTF2 to better understand how specific poly (A) sites are selected.
Benzer Tezler
- Mı̇de kanserlı̇ hastalarda HSP90 proteı̇nı̇ ekspresyonunun klı̇nı̇kopatolojı̇k krı̇terlerle ve genel sağ kalımla ı̇lı̇şkı̇sı̇nı̇n araştırılması
Relationship of HSP90 protein expression in gastric cancer patients wi̇th overall survival and clinicopathological features
CEMİL YÜKSEL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
Genel CerrahiSağlık BakanlığıGenel Cerrahi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BARIŞ DOĞU YILDIZ
- Application of computer-based methods to guide the development of novel sirtuin inhibitors
Başlık çevirisi yok
BERİN KARAMAN
Doktora
İngilizce
2015
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolMartin Luther University of Halle-WittenbergPROF. DR. WOLFGANG SIPPL
- Characterization of a candidate effector of wheat yellow rust targeting chloroplast with a novel transit peptide
Kloroplasta yeni bir transit peptit ile lokalize olan buğday sarı pas patojeninin karakterize edilmesi
AYŞE ANDAÇ
Doktora
İngilizce
2019
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA
DOÇ. DR. BALA GÜR DEDEOĞLU
- SARS-CoV-2 proteaza ve H-ACE2'ye karşı yeni aday moleküllerin kenetlenme çalışmaları yoluyla belirlenmesi
Determination of new candidate molecules against SARS-CoV-2 proteaza and H-ACE2 through connection studies
PUNAR ALİYEVA
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyolojiÜsküdar ÜniversitesiMoleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. VİLDAN ENİSOĞLU ATALAY