Mitogenome characterization of Iraqi goat types and implications for its phylogenetic position and genetic diversity
Irak keçi tiplerinin mitogenom karakterizasyonuyla filogenetik durumu ve genetik çeşitliliğinin belirlenmesi
- Tez No: 610956
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ OSMAN İBİŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Capra hircus, Irak keçileri, Mitogenom, Yeni Nesil Sekanslama, Filogeni, Capra hircus, Iraqi goat, Mitogenome, Next Generation Sequencing, Phylogeny
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarım Bilimleri ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 79
Özet
Domestik keçi, Capra hircus, Bovidae ailesinin bir üyesidir ve özellikle birçok Asya ülkesinde ekonomik açıdan önemli bir role sahip, dünyada hayvancılıktaki en önemli türlerden birisidir. Bu çalışmada, 18 Irak domestik keçisinin tüm mitokondriyal genomunu, 255,9X ila 7.813,9X ortalama kapsamayla yeni nesil sekanslama (NGS) platformları ile sekanslayarak elde ettik ve filogenetik ilişkililerini değerlendirdik. Irak domestik keçilerinin mitogenomu 16.639-16.642 bç uzunluğundadır ve tipik olarak otuz yedi gen içermektedir. Bunlar arasında, on üç protein kodlayan gen (PCGs), yirmi iki transfer RNA (tRNA) geni, iki ribozomal RNA (rRNA) geni ve iki kodlama yapmayan bölge (bir hafif zincirin replikasyon orjini varsayılan bölge ve bir kontrol bölgesi) vardır. Mitogenom sekans sonucu, Irak domestik keçilerinden Kıbrıs ırk tipi (örnek no: CaHi14) ve Shami ırk tipi (örnek no: CaHi13) örneklerinin birbiriyle aynı olduğunu ve 17 sekansın ilk defa elde edildiğini gösterdi. Komple mitogenomunun ortalama nükleotit kompozisyonu A: 5.577 (% 33,5), T: 4.543 (% 27,3), C: 4.333 (% 26,0) ve G: 2.186 (% 13,1) içermekte ve A+T'ce zengindir (% 60.8). tRNA-Lizin'nin ikincil yapısı Dihidrouridin (DHU) kolunda loop yapısına sahip değilken, tRNA-Serin yapısında tüm Dihidrouridin kolu kayıptır. Filogenetik analizler komple mitogenom dizilerini içeren veri seti ile Neighbor-Joining (NJ), Maksimum Likelihood (ML) ve Bayesian Inference yöntemleri kullanılarak gerçekleştirildi ve tüm analizler aynı ağaç topolojisini gösterdi. Irak domestik keçileri arasındaki genetik uzaklık değerleri 0,001 (% 0.1) ile 0.003 (% 0.3) arasındadır. Ayrıca, Irak ve mevcut yerli keçi haplotipleri arasındaki genetik uzaklık 0,001 (% 0.1) ile 0,010 (% 1) arasındadır. Bu sonuç, Irak domestik keçilerin haplogrup A'ya ait olduğunu ve nispeten düşük genetik uzaklığa sahip olduklarını gösterdi.
Özet (Çeviri)
Domestic goat, Capra hircus, is a member of the family Bovidae and one of the most important livestock species in the world, which has an important role in the economy, especially in several Asian countries. In this study, we sequenced and obtained the complete mitochondrial genome of 18 Iraqi domestic goats by next-generation sequencing (NGS) platforms with 255,9X to 7.813,9X mean coverage and studied its phylogenetic implications. Mitogenome of Iraqi domestic goats are between 16.639-16.642 bp in length and typically contain thirty-seven genes. Among them, 13 are proteins coding genes (PCGs), 22 transfer RNA (tRNA) genes, two ribosomal RNA (rRNA) genes, and two noncoding regions (a putative origin of light-strand replication and a control region). The result of the mitogenome sequencing indicated that the Iraqi domestic goat was identical with the Cyprus breed type (sample no: CaHi14) and Shami breed type (sample no: CaHi13) and 17 sequences were obtained for the first time. The average nucleotide composition of whole mitogenome was A: 5.577 (33,5%), T: 4.543 (27,3%), C: 4.333 (26,0%), and G: 2.186 (13,1%) with an A+T rich (60,8%). The secondary structure of the tRNA-Lysine has no Dihydrouridine (DHU) arm's loop, while the whole Dihydrouridine arm is absent in the tRNA-Serine structure. Phylogenetic analyses were performed with data set using Neighbor-Joining (NJ), Maximum Likelihood (ML), and Bayesian Inference methods on the sequences of complete mitogenome, all analyses revealed identical tree topology. The value of genetic distance among Iraqi domestic goat was between 0,001 (0.1%) to 0,003 (0.3%). In addition, genetic distance between Iraq and available domestic goat haplotypes were between 0,001 (0.1%) and 0,010 (1%). This result suggested that Iraqi domestic goats belongs to haplogroup A, and they have relatively low genetic distance.
Benzer Tezler
- Moğolistan tilkilerinin (Vulpes, Canıdae, Carnıvora) mitogenom karakterizasyonu ve filogenetik ilişkileri
Mitochondrial genome characterization and phylogenetic relationships of Mongolian foxes (Vulpes, Canidae, Carnivora)
BAT-ONOL BAT-ERDENE
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyoteknolojiErciyes ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OSMAN İBİŞ
- Türkiye'deki sultan ırkı tavuk popülasyonlarının mtDNA dizi analizine dayalı genetik karakterizasyonu
Genetic characterization of sultan breed chicken populations in Turkey based on mtDNA sequence analysis
KEMAL ESKİOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyoteknolojiAkdeniz ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ DEMİR ÖZDEMİR
- Sivas yöresinde yaygınlık gösteren culıcoıdes türlerinin komple mitokondriyal genom bazlı karakterizasyonu ve haemosporidian parazitler yönünden vektörlük potansiyellerinin araştırılması
Complete mitochondrial genome characterization of culicoides species distributed in sivas region and investigation of their vector potential for haemosporidian parasites
CANAN CANER KÜLİĞ
Doktora
Türkçe
2024
Veteriner HekimliğiErciyes ÜniversitesiParazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALPARSLAN YILDIRIM
- Saginae ve Bradyporinae (Orthoptera, Tettigoniidae) mitogenomu: Takım ve familya içinde karşılaştırmalı karakterizasyonu
Saginae and Bradypornae (Orthoptera, Tettigoniidae) mytogeno: Comparative characterization in team and family
MÜŞERREF YASEMİN KARAKAŞ
- Türkiye'deki farklı hipersalin ortamlardaki virüs popülasyonlarının omik teknolojileri ile karakterizasyonu
Characterization of virus populations of different hypersaline environments in Turkey via omic technologies
ECE ŞENEL
Doktora
Türkçe
2022
BiyolojiEskişehir Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET BURÇİN MUTLU