Antibiyotik direnç genleri ve heterotrofik bakterilerin pcr ile kantitatif olarak belirlenmesi
Quantitative determination of antibiotic resistance genes and heterotrophic bacteria by pcr
- Tez No: 611228
- Danışmanlar: PROF. DR. İHSAN YAŞA
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Halk Sağlığı, Mikrobiyoloji, Çevre Mühendisliği, Public Health, Microbiology, Environmental Engineering
- Anahtar Kelimeler: Antibiyotik direnç genleri, Antibiyotik dirençli bakteriler, Saruhanlı Atıksu Arıtma Tesisi, Antibiotics resistance genes, Antibiotics resistance bacteria, Saruhanlı wastewater treatment plants
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 114
Özet
Antibiyotik dirençli bakteriler (ADB) ve antibiyotik direnç genleri (ADG) dünya çapında gittikçe büyümekte olan önemli bir konudur. Nisan 2018 - Mart 2019 arasında Manisa Saruhanlı Atıksu Arıtma Tesisinden giriş ve çıkış noktalarından su numuneleri alınmıştır. Bu tezde ADB ve ADG belirlemek için kültürel ve molekuler biyolojik yöntemler uygulanmıştır, ayrıca kalıntı analizleri için kromatografi tekniği kullanıldı. Yıl boyunca elde edilen total heterotrofik bakteri sayım sonuçları, giriş sularında minimum 4.26 × 106 kob / mL'den 7.525 × 104 kob / mL'ye, çıkış sularında ise maksimum 9.8 × 102 kob/mL'den minimum 9.4 × 102 kob/mL olarak değiştiğini göstermiştir. Dirençli bakteri hücrelerinin sayısı giriş ve çıkış kısımlarında Eritromisin (Er), Ampisilin (AMP), Gentamisin (Gen), Kanamisin (Kan), Tetrasiklin (TC) ve Clindamisin (Cln) gibi yaygın antibiyotiklere karşı test edilmiş. Giriş örnekleri için yıl boyunca toplam dirençli bakteri sayısı değişmiş olup, İlgili antibiyotiğe karşı oluşturulan direnç tüm aylarda yapılan örneklemelerde tespit edilmiş olup, sulfonamid dirençli bakteriler ile kanamisin ve klindamisine dirençli bakteriler bahar aylarında tespit edilmemiştir. Yedi özgün antibiyotiğin varlığı ve mevsimsel değişimi Atık Su Arıtma Tesisinde yüksek çözünürlüklü sıvı kromatografi spektroskopisi (LC-Q-ToF-MS) kullanılarak araştırılmıştir Antibiyotik rezidülerinin tayin sonuçları tüm ilgilenilen antibiyotiklerin dört mevsim örneklerinde bulunduğunu, sülfonamid ve kanamisin ile tespit edilmediğini göstermiştir. Antibiyotik rezidülerinin değerlendirilmesinde kullanılan LC-Q-ToF-MS ile yine pestisit, herbisit ve veteriner ilaçları analiz edilmiş olup en çok bulunan pestisit ve herbisitlerin DDT, dinoterb ve denatonyum olduğunu. Çalışmamızda 15 farklı metalin (As, Se, Al, Ag, Sb, Ba, Hg, Cd, Pb, Mn, Cu, Zn, Cr, Fe and Ni) katı ve sıvı formları 4 mevsim boyunca incelenmiştir. Tüm metallerin giriş sularında %100 ve çıkış sularında ise yaklaşık olarak %90 oranında (toplam konsantrasyon) bulunduğu tespit edilmiş olup. Atık sudaki antibiyotik kalıntılarının tayini yapıldıktan sonra, konvansiyonel PCR ile antibiyotik direnç genleri tespit edilmiştir. Araştırmalarımız ile beş direnç gen bölgesinin (tetA, ermA, sul 1, ant (2“)-I ve AmpC) incelenmiştir. 4 antibiyotik direnç gen elde edilen örneklerinin hepsinde %100 olarak tespit edilmiş olup, sadece (AmpC) geni tespit edilememiştir. Direnç genlerinin kantitatif belirlenmesi için qPCR yapılmıştır. Bu uygulama için Gentamisin direnç geni (GDG) ant(2”) seçilmiştir. ant (2") kopya sayısı olarak belirtilmiştir. Klasik PCR sonuçlarında görüldüğü gibi GDG bütün mevsimlerde dağılım göstermiştir, sonuçlara göre giriş sularında GDG'de yüksek kopya sayısı bulunmuştur, çıkış sularında ise gen kopya sayısı arıtma işlemden dolayı daha düşük tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Nowadays, antibiotic-resistant bacteria (ARB) and antibiotic resistance genes (ADGs) are a hot topic of concern which growing worldwide and considered new classes of water contaminants. In this project, we used cultural and molecular techniques for assessment of ARB & ADG, as well as chromatographic techniques to do antibiotics & pesticide residues analyses. Sample collected from Saruhanli wastewater treatment plant system (WWTPs) in Manisa city of Aegean region between April 2018 – March 2019 meanly 2 campaigns per month. The obtained results of total heterotrophic bacteria (THB) during the year was showed changing from (4.26 × 106 ) CFU/mL to (7.52 × 104 ) CFU/mL as minimum for influent part and changed from (9.8 × 102) CFU/mL as maximum to( 9.4 × 102 ) CFU/mL as minimum for effluent The number of resistant bacterial cells also calculated in both influent and effluent against six commonly used antibiotics, the applied antibiotic solutions were Erythromycin (Er), Ampicillin (AMP), Gentamycin (Gen), Kanamycin (Kan), Tetracycline (TC) and Clindamycin (Cln) as well as susceptibility test was performed to ensure the resistance to antibiotics by disc diffusion method. The total number of bacteria in influent samples during the year was changed. Most resistance bacteria against interested antibiotics are detected in all months of the sampling. High-Resolution liquid chromatography quadrupole time-of-flight mass spectrometry (LC-Q-ToF-MS) used for qualification investigates the occurrence, amount and seasonal change of seven typical antibiotics resıdues sulfonamide/ Sulfamethoxazole, Ampicillin. Tetracycline, Erythromycin, Clindamycin, Gentamycin and Kanamycin, results showed that all targeted antibiotics founded in four-season except Sulphonamide and kanamycin not detect. LC-Q-ToF-MS also used for Pesticides, Herbicides and Veterinary drugs residue qualification. Results showed that the most pesticides and herbicides founded was DDT, Dinoterb and Denatonium. As well as residues analyses, 15 metal (As, Se, Al, Ag, Sb, Ba, Hg, Cd, Pb, Mn, Cu, Zn, Cr, Fe, and Ni) assessed. All these metals founded 100% in influent and about 90% for affluent parts. Finally, we detected ADGs in the same samples by Convenient PCR. Our investigations succeeded to assay four ADGs: tetA, ermA, sul 1 and ant (2“)-I. The results of qualification detection showed that all of these ADG was founded 100 % in all samples during one year of sampling for both influent and effluent samples of WWTP except (AmpC) gen not detected and only (ermA) gen appeared in 20 % of effluent samples with no appear in effluent samples. For quantification of ADGs, qPCR method applied and Tagman probe used for determination of gene copy number, among qualified ADGs, Gentamicin resistance gene ant (2”) was selected for quantification. The result showed variation in gene copy number and the gene copy number was high in all seasons.
Benzer Tezler
- Kentsel su döngüsünde mikrobiyal kontaminantların sürveyanı: Fırsatçı patojenlerin moleküler karakterizasyonu ve antimikrobiyal direnç profilinin araştırılması
Microbial contaminants surveillence in the urban water cycle: Molecular characterization of oppurtunistic pathogens and antimicrobial resistance profile
BİNNUR KIRATLI
- Stenotrophomonas maltophılıa klinik izolatlarının antibiyotik direnç profillerinin ve direnç genleri sıklığının retrospektif analizi
Retrospective analysis of antibiotic resistance profiles and frequency of resistance genes of clinical Stenotrophomonas maltophilia isolates
NUREFŞAN ERDİREN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
MikrobiyolojiBalıkesir ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUĞBA KULA ATİK
- The isolation of plasmids and investigation of antibiotic resistance genes and toxins in novel Bacillus cereus Sensu lato strains
Yerel Bacillus cereus Sensu lato suşlarında plazmid izolasyonu ve antibiyotik direnç genleri ve toksinlerinin incelenmesi
ABDUL AZIZ KARIM
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiErciyes ÜniversitesiTarım Bilimleri ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
Prof. Dr. SEMİH YILMAZ
- İdrar yolu enfeksiyonlarından izole edilen Enterobacteriaceae'lerde antibiyotik direnç genlerinin moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of antibiotic resistance genes in Enterobacteriaceae isolated from urinary tract infections (UTI)
HUSAM MAHDI SALEH ALSHABBANI
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
MikrobiyolojiKırşehir Ahi Evran ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ELİF SEVİM
- Klinik örneklerden izole edilen acinetobacter baumannii suşlarında antibiyotik direnç durumlarının belirlenmesi ve karbapenemaz direnç genlerinin araştırılması
Determination of antibiotic resistance conditions and investigation of carbapenemaz resistance genes in acinetobacter baumannii strains isolated from clinical samples
OSMAN KARABAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
MikrobiyolojiGaziantep ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. FAHRİYE EKŞİ