Reconstruction and validation of genome-scale metabolicmodel for Gluconacetobacter diazotrophicus; a plant growthpromoting bacterium
Bitki büyümesini teşvik eden bakteri (PGPB) olanGluconacetobacter diazotrophicus´un genom-ölçeklimetabolik modelini oluşturma ve doğrulama
- Tez No: 613266
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ İLKEM EMRAH NİKEREL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yeditepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 96
Özet
Gluconacetobacter diazotrophicus; gram negatif, aside toleranslı, zorunlu aerob ve tüm genomu dizilenmiş bir bakteridir. Azot fiksleme, bitki büyümesine yardımcı etkenler üretme, çinko ve fosfor çözünürlüğünü sağlama ve bitkilerin patojenlere karşı dirençlerini arttırma gibi önemli zirai özellikleri vardır. Ayrıca inşaat ve ilaç endüstrisinde antiseptik ve şelat oluşturucu olarak da kullanılan bir karboksil asit olan glukonik asit üretmektedir. G. diazotrophicus endofit bir bakteridir; yani konak bitkisinin içinde, ona zarar vermeden yaşamaktadır. Yüksek şeker içeren ve monokot bir bitki olan şeker kamışı, bu bakterinin doğal konağıdır. Azot bağlayıcı ve bitkilerin büyümesine yardımcı karakterlerini inceleyen birçok çalışma olmasına rağmen, bunlardan sorumlu metabolik yolaklar hakkında bilgi oldukça yetersiz veya başlangıç aşamasındadır. Sistem biyolojisi yaklaşımını kullanarak G. diazotrophicus bakterisinin genom ölçekli metabolik modelinin oluşturulması, modele akı denge analizinin uygulanması, hem bakteri metabolizmasındaki karbon akısının incelenmesine hem de bu metabolizmanın genel çalışma prensiplerinin ve çevresel faktörlerden nasıl etkilendiğinin anlaşılmasına yardım edecektir. Ayrıca böyle bir metabolik model, metabolizma mühendisliği için organizmanın endüstriyel açıdan faydalı olmasını sağlayacak hedef yolakların bulunması için de yararlı olacaktır. Bu bilgiler ışığında bu çalışmada, genom dizisinden yola çıkarak 1754 reaksiyon, 1629 metabolit ve 848 genden oluşan bir metabolik model oluşturulmuştur.
Özet (Çeviri)
Gluconacetobacter diazotrophicus is an acid tolerant, gram negative and obligate aerobe bacterium whose genome is fully sequenced. It has important agricultural value such as nitrogen fixation, producing plant promoting enhancers, increasing solubility of zinc and phosphorus and increasing plant's resistance against certain bacteria or fungi. It also produces industrially and pharmaceutically valuable carboxyl acid gluconic acid which is used as antiseptic and chelating agents. Unlike other diazotrophs, G. diazotrophicus is an endophyte bacterium living within the plant without causing any harm. Its natural host is sugarcane: a monocot plant with high sugar content. There are studies about plant growth promoting and nitrogen fixation characteristics but the underlying metabolic pathways are not fully understood. Adopting a system biology approach; reconstructing the genome-scale metabolic model (GSMM) for the Gluconacetobacter diazotrophicus and applying Flux Balance Analysis (FBA), can not only help us to find the carbon flux of its metabolism but also to elucidate how it works and responds to the environmental factors. Consequently, the analysis of the GSMM can be also used for determining the target pathways for metabolic engineering considering utilitarian exploitation of the organism. In the light of the above, a genome-scale metabolic model for G. diazotrophicus consisting of 1754 reactions, 1629 metabolites and 848 genes was constructed.
Benzer Tezler
- Reconstruction and transcriptome based analysis of rat brain-specific genome-scale metabolic network model for parkinson's disease
Parkinson hastalığı için sıçan beynine özgü genom ölçekli metabolik modelin oluşturulması ve transkriptoma dayalı analizi
ORHAN BELLUR
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyoistatistikGebze Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUNAHAN ÇAKIR
- Genome-scale metabolic network reconstruction and constraint-based analysis of selected disease-associated bacteria: Klebsiella pneumoniae HS11286 and Prevotella copri DSM 18205
Hastalıklarla ilişkili bakteriler için genom-ölçekli metabolik ağ modellerinin inşaası ve kısıt-tabanlı analizi: Klebsiella pneumonıae HS11286 ve Prevotella copri DSM 18205
BETÜL BAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
BiyomühendislikGebze Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUNAHAN ÇAKIR
- Phylogeography of the Savi's pipistrelle (Vespertilionidae, chiroptera) complex based on whole mitochondrial genome analysis
Savi'nin cüce yarasası kompleksinin (Vespetilionidae, chiroptera) filocoğrafyasının tüm mitokondriyal genom ile analizi
YELİZ ERGÖL
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİklim ve Deniz Bilimleri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EMRAH ÇORAMAN
- Mikrodalga temelli klinik öncesi deneysel ortopedik görüntüleme sisteminin geliştirilmesi
Development of a microwave-based pre-clinical experimental orthopedical imaging system
ERCAN MENGÜÇ
Doktora
Türkçe
2023
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiAkdeniz ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELÇUK HELHEL
- Farklı yükleme koşullarında geleneksel ve geliştirilmiş modüler kolon-kiriş birleşimlerinin sonlu elemanlar yöntemiyle incelenmesi
Finite element analysis of traditional and advanced modular beam-to-column connections under various loading conditions
SİBEL HAZİNEDAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
İnşaat MühendisliğiSakarya Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ELİF AĞCAKOCA
DR. MOHAMMAD MANZOOR NASERY