Bağırsak metagenomunda bulunan tek nükleotid polimorfizmlerinin metagenom madenciliği kullanılarak karaciğer sirozu hastalığı ile ilişkilendirilmesi
Association of single nucleotide polymorphisms in gut metagenome with liver cirrhosis disease using metagenome mining
- Tez No: 615971
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZKAN UFUK NALBANTOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoistatistik, Biostatistics
- Anahtar Kelimeler: Metagenom, GBİÇ, TNP, Makine Öğrenimi, Metagenome, GWAS, SNP, liver cirrhosis, Machine learning
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 77
Özet
İnsan bağırsak mikrobiyomu, konakçı-kommensal metabolik ve sinyalleşme etkileşimlerinde aktif olarak rol oynayan milyonlarca gen barındıran binlerce mikrobiyal türden oluşan bir ekosistemdir. Son on yılda yapılan çalışmalar, bağırsak mikrobiyomunun belli hastalıkların patogenezine katkı sağlayacak yönde ya da hastalık sonrası/boyunca ortaya çıkan komplikasyonlar olarak farklılaştığını destekler niteliktedir. Söz konusu değişiklikler, taksonomik çeşitlilik boyutunda olabileceği gibi mikrobiyom içerisindeki belli elamanların bağıl bolluklarında artış ya da azalma olarak da kendini göstermektedir. Fakat son zamanlarda ortaya atılan hipotezler, taksonomiye/bağıl bolluğa dayalı farklılıklar dışında gen alelleri seviyesindeki farklılaşmaların da fenotiple ilişkili olabileceği yönündedir. Bu çalışmada, karaciğer sirozu hastaları (n=169) ve sağlıklı kontrollerden (n=145) oluşan bir kohortun metagenom verisi üzerinden tek nükleotid polimorfizmleri (TNP) tespit edilerek Metagenom boyu ilişkilendirme çalışması (MGBİÇ) ile hastalıkla ilişkilendirilebilecek TNP'ler analiz edilmiştir. Sonuç olarak, karaciğer sirozu hastalığının teşhisinde biyobelirteç olarak kullanılabilecek, hastalık mekanizmalarına ışık tutabilecek ve ileri çalışmalara öncülük edebilecek farklı bakteri genomları üzerinde bulunan farklı TNP'ler tespit edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Human intestinal microbiome is an ecosystem of thousands of microbial species with millions of genes actively involved in host-commensal metabolic and signaling interactions. Studies conducted over the last decade support that the microbiome of the intestine differs in ways that contribute to the pathogenesis of certain diseases or as post-disease complications. These changes may be in the dimension of taxonomic diversity or increase or decrease in relative abundance of certain elements within the microbiome. However, the recent hypotheses suggest that, apart from differences based on taxonomy / relative abundance, differences in the level of gene alleles may also be related to the phenotype. In this study, single nucleotide polymorphisms (SNP) were detected from metagenome data of a cohort of liver cirrhosis patients (n = 169) and healthy controls (n = 145) and TNPs that could be associated with the disease were analyzed. As a result, different SNPs on different bacterial genomes which can be used as biomarkers, shed light on disease mechanisms and lead to further studies have been identified in the diagnosis of liver cirrhosis.
Benzer Tezler
- Determination of enterotype specific microbial biomarkers from metagenome data for early diagnosis and screening system in colon cancer
Kolon kanserinde erken tanı ve tarama sistemi için metagenom verilerinden enterotip spesifik mikrobiyal biyobelirteç tayini
ÜNZİLE GÜVEN GÜLHAN
Doktora
İngilizce
2024
BiyoistatistikGebze Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. SALİHA DURMUŞ
- Mikrobiyom kaynaklı antimikrobiyal direnç genlerinin taksonomik orjinlerinin tespiti
The taxonomic origins of antimicrobial resistance genes in hot spot environments
MEHMET HORA
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
MikrobiyolojiErciyes ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYCAN GÜNDOĞDU
- Helicobacter pylori tedavisinin mikrobiyota üzerine etkisi
The effects of Helicobacter pylori treatment on microbiota
SERAP SÜZÜK
Doktora
Türkçe
2015
GastroenterolojiGazi ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE MELTEM ÇIRAK
- Bağırsak kanser taramasından kaçınma ölçeğinin türkçe versiyonunun geçerlilik ve güvenirlilik çalışması
Validity and reliability study of the turkish version of the bowel cancer screening avoidance scale
MUHAMMET SAİT DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
HemşirelikMarmara Üniversitesiİç Hastalıkları Hemşireliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HATİCE KARABUĞA YAKAR
- Bağırsak beyin ilişkisinde vagal nöronların rolü
The role of vagal neurons in the gut-brain connection
GÜLSENA BAYDAŞ
Doktora
Türkçe
2024
Fizyolojiİstanbul Medipol ÜniversitesiTıbbi Fizyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜRKAN ÖZTÜRK