Geri Dön

İmmün yetmezlikli hastalardan elde edilen sitomegalovirüs (cmv) suşlarının genotiplerinin belirlenmesi ve gansiklovir direncinin araştırılması

Determination of genotypes and investigation of ganciclovir resistance in cytomegalovi̇rüs (cmv) strains isolated in i̇mmünocompromised patients.

PDF İndir

  1. Tez No: 616061
  2. Yazar: AYŞENUR COŞKUN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SELMA GÖKAHMETOĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Cytomegalovirüs, genotipleme, gansiklovir, antiviral direnç, dizi analizi, Cytomegalovirüs, genotyping, gansiclovir, antiviral resistance, sequence analysis
  7. Yıl: 2018
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Erciyes Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 76

Özet

Amaç: Sitomegalovirüs (CMV) sağlıklı immün sistemi normal kişilerde genellikle asemptomatik hastalık oluştururken, immün yetmezliği olanlarda ve fetusta çok ciddi komplikasyonlara neden olmaktadır. CMV'de gB; genotipleme açısından en çok üstünde çalışılan proteindir. Doğada bulunmakta olan CMV suşlarında bugüne kadar dört farklı gB genotipi (gBl-4) tarif edilmiştir. CMV enfeksiyonların tedavisinde viral DNA polimeraz inhibitörü olan gansiklovir (GCV) foskarnet ve sidofovir kullanılmaktadır. Bu çalışmada immün yetmezlikli hastalardan elde edilen CMV suşlarının genotiplerinin belirlenmesi ve CMV suşlarında antiviral direncin belirlenmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Erciyes Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi Erişkin Hematoloji ve Pediatrik Hematoloji bölümlerinde takip edilen 49 hastaya ait kan örnekleri çalışmaya dahil edildi. Hastaların CMV DNA viral yükü 1000 kopya/ml ve üzerinde idi. CMV pozitif örneklerinden DNA izolasyonu otomatik izolasyon cihazında kit prospektüsüne uygun olarak yapıldı. CMV gB gen bölgesinde 474 bp'lik bölge; CMV suşlarında gansiklovir direncinin belirlenmesi için, UL97 gen bölgesinde 732 bp'lik bölge çoğaltıldı. CMV genotiplerinin ve CMV direncinin belirlenmesi için çoğaltılan bölgelerde Abi Prism 3500 cihazında Sanger yöntemi ile dizi analizi yapıldı. CMV genotiplendirme ve antiviral direnç analizinde sanger metoduyla sonuç alınamayan 2 örneğe yeni nesil dizileme yöntemi uygulandı. Bulgular: Hastaların 35 (% 71,4)'üne allojenik kemik iliği transplantasyonu (AKİT); 6 (%12,3)'sine otolog kemik iliği transplantasyonu (OKİT);8 (%16,3)'i transplantasyon yapılmamıştır. Çalışmaya dahil edilen 49 hastanın CMV genotipleri dağılımı; 18/49'unda tip1(%36,7 ); 5/49'unda tip 2 (%10.2 ); 5/49'unda tip 3 (%10,2 );1/49'unda tip 4 (%2 ); 14/49 (%28.6)'unda miks genotip verecek şekilde belirlenmiştir. Hastaların 6/49 (%12.3)'unda genotip tiplendirilememiş, toplamda hastaların 20/49 (%40.9) 'unda miks genotip ve tiplendirilemeyen genotip bulunduğu belirlenmiştir. Çalışmaya dahil edilen 49 hastadan elde edilen 53 örneğin 37 (%69.8)'sinde gansiklovir direnci saptanmamış olup bir hasta örneğinde direnç analizi sonucunda gansiklovir direnç mutasyonu (C592G) bulunduğu görülmüştür. 15 hasta örneğinde diziler karışık olduğu için direnç analiz değerlendirmesi yapılamamıştır. Sonuç: Hastalarda en çok miks genotip ve tiplendirilemeyen genotip olması dikkat çekmektedir. Gansiklovir direnci örneklerin tümünde değerlendirilemedi, hasta örneklerinden birindeki direnç analizi sonucunda gansiklovir direnç mutasyonu (C592G) bulunduğu gözlenmiştir. Genotipleme ve direnç analiz işlemlerinin kesinleştirilmesi için yeni nesil dizileme işlemlerinin uygulanması gerektiği kanaati oluşmuştur.

Özet (Çeviri)

Aim: Cytomegalovirüs (CMV) cause asymptomatic infection in healty people that have normal immünity system, it may cause serious complications in immünocompromised patients and in fetus. GB protein in CMV is the most studied protein in genotyping. Four genotypes (gBI-4) have been foumd in different CMV strains present in the nature. Viral DNA polymerase inhibitors such as ganciclovir, foscarnet and cidofovir are used in the treatment of CMV infections. In this study it is aimed to determine genotypes of CMV strains and antiviral resistance of CMV strains obtained from immünocompromised patients. Method: Blood samples from 49 patients that have been monitored in Department of Adult Hematology and Pediatric Hematology in Erciyes University Health Practice and Research Center were included in this study. CMV DNA viral load of these patients were 1000 copies/mL or above. DNA isolation from CMV positive samples was done in the automatic isolation device according to the kit insertion. To determine CMV genotype 474 bp region in CMV gB gene regionand to determine the ganciclovir resistance 732 bp region in UL97 gene, were amplified. Sequence analysis was performed on the Abi Prism 3500 instrument using the Sanger method in the amplified regions to identify CMV genotypes and CMV resistance. New generation was applied in to 2 samples that genotypes of CMV and antiviral resistance of CMV could not be determined by Sanger method. Results: Allogeneic bone marrow transplantation (ACT) was performed in 35 (71.4%) patients; autologous bone marrow transplantation (OCD) was performed in 6 (12.3%) and transplantation was not appliced in 8 (16.3%) patients. Distribution of CMV genotypes of 49 patients included in the study; type 1in 18/49 (36.7%); type 2 in 5/49 (10.2%) ; type 3 in 5/49 (10.2%), type 4 in 1/49 (2%); mix genotype in 14/49 (28.6%) were found. CMV genotypes 6/49 (12.3%) patients could not be determined. Totally mix genotypes and nontypeable genotypes were found in 20/49 (40.9%) patients. Ganciclovir resistance was not detected in 37 (69.8%) of the 53 samples obtained from the 49 patients included in the study. Ganciclovir resistance (C592G) was found in 1 sample of patients. Ganciclovir resistance could not be evaluated in 15 samples of patients as sequences of these samples were complicated. Conclusion: It attracted attention that mixed genotypes and nontypable genotypes were the most common ones. Ganciclovir resistance was not evaluated in all cases and resistance analysis of 1 patient sample revealed ganciclovir resistance mutation (C592G). It has been concluded that new generation sequencing must be applied to ensure genotyping and resistance analysis processes

Benzer Tezler

  1. Tez No

    837446

    Primer ve sekonder immün yetmezlikli hastalarda saptanan sitomegalovirüs suşlarında gansiklovir direncinin genotipik yöntemlerle araştırılması

    Investigation of ganciclovir resistance in cytomegalovirus strains isolated from patients wi̇th primary and secondary immunodefi̇ci̇ency by genotypic methods

    AYTEKİN FIRTINA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    MikrobiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET PINAR

  2. Tez No

    622136

    Hematoloji kliniklerinde takip edilen hastalardan elde edilen cytomegalovirus (CMV) suşlarında antiviral ilaç direncinin araştırılması

    Investigation of antiviral drug resistance in cytomegalovirus(CMV)strains obtained from patients followed up in hematology clinics

    ŞERİFE ÇEVİK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    MikrobiyolojiErciyes Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SELMA GÖKAHMETOĞLU

  3. Tez No

    369893

    İmmün yetmezlikli hastalarda invazif fungal enfeksiyon gelişimindeki risk faktörlerinin retrospektif değerlendirilmesi

    Evaluation of risk factors in the development of invasive fungal infections in immunosupressive patients retrospectively

    ONUR ÖZALP

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıBaşkent Üniversitesi

    Dahili Tıp Bilimleri Bölümü

    PROF. DR. AYŞE HANDE ARSLAN

  4. Tez No

    597367

    Translasyonel tıp bakış açısı ile candida albicans ve candida dubliniensis' in tanısı ve ayırıcı tanısında biyolojik gösterge olarak türe özgü yağ asidi metil ester araştırması

    Species-specific fatty acid methyl ester research as a biological indicator in the diagnosis and differential diagnosis of candida albicans and candida dubliniensis with the translational medicine perspective

    CANSU AKGÜL KAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    MikrobiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Translasyonel Tıp Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ABDURRAHMAN HÜSEYİN BASKIN

  5. Tez No

    738849

    Nekrotizan pnomonili hastaların retrospektif değerlendirilmesi

    Retrospective evaluation of patients with necrotizing pneumonia

    ABDÜLKERİM ÇOKBİÇER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıNecmettin Erbakan Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEVGİ PEKCAN

Geri Dön