Model bı̇r yeşı̇l flöresan proteı̇n ı̇çı̇n aptamer üretı̇mı̇nı̇n ve optı̇k bı̇yosensörlerde uygulanmasının araştırılması

Investigation of aptamer production for a model green fluorescent protein and its application to optic biosensors

Tez No: 625878
Yazar: DİLBER ECE AKGÜN
Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET MUTLU
Tez Türü: Yüksek Lisans
Konular: Biyoloji, Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Biology, Bioengineering, Biotechnology
Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
Yıl: 2013
Dil: Türkçe
Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
Sayfa Sayısı: 140

Özet

Sunulan tez çalışmasının amacı, biyosensör sistemlerinin analitik performanslarının geliştirilmesine yönelik gerçekleştirilen çalışmalarda bir ölçüm standartı oluşturabilmek amacıyla model bir sistem olarak kullanılabilecek olan hedef molekül-aptamer kompleksinin tanımlanması ve belirlenen model aptamer sisteminin uygulanabilirliğinin araştırılmasıdır. Çalışma sürecinde uygulamada oldukça kolay ve hassas olan floresan tabanlı optik tanıma sistemi ve floresan protein olarak da literatürde bugüne kadar en çok çalışılmış ve özellikleri en iyi tanımlanmış Yeşil Floresan Protein (GFP) kullanılmıştır. Hedef moleküle (GFP) karşı seçilecek aptamer moleküllerinin SELEX prosedürü ile belirlenebilmesi amacıyla geliştirilen başlangıç RNA kütüphaneleri, literatürde daha öceden gerçekleştirilen çalışmalarda hedef molekül (GFP) molekülüne karşın geliştirilmiş ve birincil dizisi belirlenmiş aptamerler baz olarak alınarak tasarlanmıştır. Başlangıç RNA kütüphaneleri olarak: (1) bölgesel olarak rassal ve (2) tamamen rassal olmak üzere iki temel oligonükleotid dizisi oluşturulmuştur. SELEX prosedürü her iki başlangıç kütüphanesinde paralel olarak gerçekleştirilmiştir. In vitro seçim prosedürünün tüm basamakları için gerekli optimizasyonlar gerçekleştirildikten sonra SELEX döngüleri gerçekleştirilmiştir. Seleksiyon basamağında ticari bir biyotinilasyon kiti kullanılmıştır. Sekiz SELEX döngüsü sonunda hedef moleküle (GFP) bağlanan dizilerin belirlenmesi amacıyla DNA dizi analizi gerçekleşirilmiştir. Seçilen aptamer molekülleri ile hedef molekül (GFP) arasındaki etkileşimin gösterilmesi amacıyla, aptamer molekülleri avidin - biyotin ve poli-(A) – poli-(T) etkileşimleri kullanılarak altın yüzeye immobilize edilmiştir. Son olarak, modifiye edilmiş altın yüzeylerin hedef molekül (GFP) ile inkübasyonu sonucunda, seçilmiş aptamer molekülleri ile hedef molekül (GFP) arasındaki etkileşimi bir floresan mikroskop sisteminin yardımıyla gösterilmiştir. Gerçekleştirilen tez çalışmasının sonucunda, seçilen aptamer molekülleri ile hedef floresan protein (GFP) arasındaki etkileşimin biyosensör uygulamalarında model aptamer sistemi olarak kullanılabilirliği başarıyla gösterilmiştir.

Özet (Çeviri)

The purpose of this research is identification of the target molecule-aptamer complex model that can be used as a model system to establish a measurement standard for increasing the efficiency of the analytic performance of the biosensor systems and Investigation the applicability of aptamer molecules. A fluorescence- based optical detection system was used as measurement device and the Green Fluorescent Protein (GFP) was used as fluorescent protein. Initial RNA libraries, that had been developed to discover aptamer molecules against the target molecule (GFP) by performing SELEX procedure, were designed based on the previously selected aptamer molecules against the target molecule (GFP) with known primary sequence. Two distinct RNA libraries were synthesized as initial RNA libraries: (1) regional random oligonucleotide template and (2) fully random oligonucleotide template. SELEX procedure was carried out in parallel with both of the RNA libraries. SELEX cycles were carried out after all the optimizations of in vitro selection procedure have been successfully applied. A commercial biotinylation kit was used at the selection steps of the SELEX procedure. At the end of the eight SELEX cycle, the selected target molecule (GFP) aptamer sequences were identified by DNA sequence analysis. Aptamer molecules were immobilized on the gold surface by using avidin - biotin, and poly-(A) - poly-(T) interactions to demonstrate the interactions between selected aptamer molecules and target molecule (GFP). Finally, the modified gold surfaces were incubated with target molecule (GFP). Thus, interactions between selected aptamer molecules and target molecule (GFP) have been observed with a fluorescent microscope system. Observations of interactions between selected aptamer molecules and target fluorescent protein (GFP) with a fluorescent microscope system successfully demonstrate that selected aptamer molecules and target fluorescent protein (GFP) can be used as a model system at biosensor research.

Benzer Tezler

Tez No
909620
Rekombinant DNA teknolojisi ile floresan protein üretimi
Fluorescent protein production with recombinant DNA technology
EBRU KABOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Biyomühendislik Ege Üniversitesi
Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GAYE ÖNGEN ÖZGEN
PROF. DR. SERAP EVRAN
Tez No
246241
An SSX4 knock-in cell line model and in silico analysis of gene expression data as two approaches for investigating mechanisms of cancer/testis gene expression
Kanser-testis gen ifadesi mekanizmalarının araştırılması için iki yaklaşım: SSX4 model hücre hattının oluşturulması ve gen ifade verilerinin in silico analizi
DUYGU AKBAŞ AVCI
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
Biyoloji İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ALİ O. GÜRE
Tez No
748885
Farklı rekombinant ekspresyon sistemlerinde peynir altı suyunun değerlendirilmesi
Utilization of whey in different recombinant expression systems
SEYHAN İÇİER
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Biyomühendislik Ege Üniversitesi
Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BURCU KAPLAN TÜRKÖZ
Tez No
485040
Rhodobacter sphaeroides'e özgü indüklenebilir özellikte bir ekspresyon vektörünün geliştirilmesi ve yeşil floresan protein geninin ifade edilmesi
Construction of a new inducible expression vector for Rhodobacter sphaeroides and expression of the green flourescent protein gene
VAHİDE COŞKUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Biyoteknoloji Selçuk Üniversitesi
Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN HÜSEYİN DOĞAN
Tez No
233776
Insan b2-adrenerjık reseptöründe oluşturulan bazı mutasyonların reseptör-yeşil floresan protein füzyonu ile hücre içi dağılımının incelenmesi
Visualing intracellular distribution of wild type and mutant b2-afrenergic receptor by means of green flourescent protein fusion
OLGA ALTUNTAŞ
Doktora
Türkçe
2007
Biyoteknoloji Ankara Üniversitesi
PROF.DR. HASAN ONGUN ONARAN

Geri Dön