Geri Dön

Search for the novel protein markers that may allow early diagnosis of breast cancer by using comparative serological proteome analysis of breast cancer tissues

Meme kanser dokularında karşılaştırmalı serolojik proteom analizi yaparak meme kanserinin erken tanısında kullanılabilecek potansiyel biyomarker moleküllerin araştırılması

PDF İndir

  1. Tez No: 629695
  2. Yazar: KÜBRA KARAOSMANOĞLU YÖNETEN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MURAT KASAP
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 169

Özet

Erken teşhis için uygun tanı araçlarının bulunmaması nedeniyle meme kanseri (MK) insidansı ve mortalite oranları artmaktadır. Proteomik tabanlı çalışmalar ile meme kanserinin erken tanısı ve etkili tedavi yöntemleri için yeni hedefler sunulabilir. Bu çalışmanın amacı, MK tanısına izin verebilecek diagnostik veya prognostik biyobelirteçler keşfetmektir. BC dokuları, bunlara karşılık gelen sağlıklı dokular ve serum örnekleri toplandı ve meme kanseri alt tiplerine ayrıldı. Deneysel yaklaşım olarak, iki boyutlu jel elektroforezi (2-DE) ve floresans jel elektroforezi (DIGE) ile birleştirilmiş matriks destekli lazer desorpsiyonu/iyonizasyonu kütle spektrometresi (MALDI-TOF/TOF) ve serolojik proteom analizi (E-SERPA) ile birleştirilmiş nano sıvı kromatografisi-kütle spektrometresi (n-LC-MS/MS) kullanıldı. Önerilen biyobelirteçlerin prognostik ve diagnostik özelliklerini değerlendirmek için ELISA kullanıldı. Ekspresyon seviyelerinde değişiklik görülen proteinler ile yapılan biyoistatistiksel analizler, GPD1 ve MAGL'ın biyobelirteçler olarak diagnostik ve/veya prognostik özelliklerini kanıtladı. Alfa-tubulin (TUBA1C), siklofilin A (PPIA), histon H4 (H4C1), klasterin (CLU), periostin (POSTN), makrofaj göç inhibitör faktörü (MIF), splicing faktörü serin/arginin açısından zengin 3 (SFRS3) ve coiled coil domain protein 13 (CCDC13), E-SERPA analizi ile tümöre özgü antijenik proteinler olarak tanımlandı. Burada sunulan çalışma, BC alt tiplerinin proteomunda meydana gelen değişiklikleri analiz etmiştir. Bulgular, triaçilgliserol metabolizması ve BC-alt tipleri arasındaki ilişkiye vurgu yaparak ve iki kilit protein olan GPD1 ve MAGL'da meydana gelen değişiklikleri detaylandırdı. SFRS3 ve POSTN proteinlerinin ekspresyon seviyelerindeki belirgin farklılık, MK alt tiplerinde doğrulandı. Bu çalışma, BC metabolizması hakkındaki bilgimizi genişletmemizi ve diagnostik ve/veya prognostik biyobelirteç olma potansiyeli yüksek biyobelirteçler önermemizi sağladı.

Özet (Çeviri)

Breast cancer (BC) incidence and mortality rates have been increasing due to the lack of appropriate diagnostic tools for early detection. Proteomics-based studies may provide novel targets for the early diagnosis of BC and efficient treatments. The aim of this study was to discover potential diagnostic/prognostic biomarkers for BC. BC tissues, their corresponding healthy counterparts, and sera samples were collected and subtyped. Two-dimensional gel electrophoresis (2-DE) and difference gel electrophoresis (DIGE) coupled to matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry (MALDI-TOF/TOF) and enhanced-serological proteome analysis (E-SERPA) coupled to nano-liquid chromatography-mass spectrometry (nLC-MS/MS) were used as the experimental approaches. ELISA was used to assess the prognostic and diagnostic values of the proposed biomarkers. Biostatistical analyses performed with differentially regulated proteins, GPD1 and MAGL, presented high evidence for their diagnostic and/or prognostic values as biomarkers. Alpha-tubulin (TUBA1C), cyclophilin A (PPIA), histone H4 (H4C1), clusterin (CLU), periostin (POSTN), macrophage migration inhibitory factor (MIF), splicing factor serine/arginine-rich 3 (SFRS3), glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) and coiled-coil domain-containing protein 13 (CCDC13) were identified as tumour-associated antigens (TAAs) by E-SERPA assay. The work presented here analysed the changes occurring in the proteome of BC subtypes. The findings emphasized the relationship between triacylglycerol (TAG) metabolism and BC-subtypes and detailed the changes occurring in two key proteins, GPD1 and MAGL. Significant regulation in expression levels of SFRS3 and POSTN was verified in BC subtypes. This work allowed us to extend our knowledge of BC metabolism and propose biomarkers that have high potentials to become diagnostic and/or prognostic biomarkers.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    393033

    Investigation of molecular pathways and biomarkers in Multiple sclerosis clinical subtypes

    Multipl skleroz klinik alt tiplerinde moleküler yolakların ve biyobelirteçlerin araştırılması

    TİMUÇİN AVŞAR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EDA TAHİR TURANLI

  2. Tez No

    379578

    A novel role for 5-hmC in the regulation of cancer testis gene expression in cancer and mesenchymal to epithelial transition

    Kanserde ve mezenkimalden epitele geciş sürecinde 5-hmC'nin kanser testis gen ifadesindeki özgün rolü

    SİNEM YILMAZ ÖZCAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ALİ OSMAY GÜRE

  3. Tez No

    255863

    Locus and gene search in three disorders

    Üç hastalıkta lokus ve gen aranması

    RENİN HAZAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2009

    GenetikBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ASLIHAN TOLUN

  4. Tez No

    474331

    Proteomics based search for novel SIK2 substrates involved in endoplasmic reticulum homeostasis

    SIK2'nin endoplasmik retikulum homeostazı ile ilişkili yeni substratlarının proteomiks temelli yaklaşımla araştırılması

    TUNCAY ŞEKER

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. NECLA BİRGÜL İYİSON

    DOÇ. DR. FERRUH ÖZCAN

  5. Tez No

    732976

    Meklofenamik asit ile FTO (fat-mass and obesity associated gene) proteini baskılanmasının prostat kanseri hücre proteomu üzerine etkilerinin araştırılması

    Investigation of the effects of FTO (fat-mass and obesity associated gene) protein inhibition with meclophenamic acid on the prostate cancer cell proteome

    BÜŞRA SAĞLAM

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Tıbbi BiyolojiKocaeli Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ AYLİN KANLI

Geri Dön