Geri Dön

Polr2a/rpb1 subunit of rna polymerase II interacts with ntd-med14 containing core mediator complex to facilitate basal and activator driven transcription

Rna polimeraz II'ye ait polr2a/rpb1 alt biriminin ntd-med14 içeren kor mediatör kompleksi ile etkileşime girerek bazal ve aktivatör bağımlı transkripsiyonu kolaylaştırması

PDF İndir

  1. Tez No: 633340
  2. Yazar: JAVAID JABBAR
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ MURAT ALPER CEVHER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Mediatör kompleks, Multibac ekspresyon sistemi, RNA polimeraz II, RPB1, NTD-Med14, transkripsiyon, Mediator complex, Multibac expression system, RNA polymerase II, RPB1, NTD-Med14, transcription
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Biyokimya Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 88

Özet

Metazoana özgü Meditör, çoğu alt birimi mayadan insana evrimsel süreçte korunmuş olan ve toplamda 30 alt birimden oluşan 2-MDa moleküler ağırlığında bir protein kompleksidir. Hücrenin kendini idame ettirmesi ve düzenlenmesi, içsel ve dışsal sinyaller sonucunda gerçekleşen RNA polimeraz II (Pol II) aracılı transkripsiyonun zamansal ve uzamsal kontrolüne bağlıdır. Çevresel koşulların ve diğer genetik ifadelerin neden olduğu bozulmalar hücrelerin kaderini değiştirebilir ve kanser gibi birçok hastalığa yol açabilir. Mediatör; hücre büyümesini ve farklılaşmasını, homeostazı ve gelişimi düzenlenmek için RNA polimeraz II'ye sinyal gönderiminden sorumlu olması nedeniyle hücresel ortamın korunmasında kritik bir rol oynar. Bu nedenle, Mediatör'ün Pol II genlerinin ekspresyonunu hangi mekanizmalarla düzenlediğinin anlaşılması önemlidir. Kor Mediatör kompleksi ve RNA Polimeraz II arasındaki etkileşim yüzeyinin aydınlatılması için, Multibac ekspresyon sistemini kullanarak Mediatör ve Pol II alt birimlerini içeren rekombinant protein alt komplekslerini sentezledik. Sonuçlarımız, Pol II'ye ait POLR2A (RPB1) alt biriminin 84 kDa büyüklüğündeki Med14'ü içeren Kor Mediatör kompleksi ile etkileşime girdiğini ve bu etkileşimin Med14 alt biriminin N terminal bölgesi (NTD-Med14) aracılığıyla gerçekleştiğini göstermektedir. Ayrıca, Pol II'ye ait POLR2C (RPB3), POLR2D (RPB4), POLR2E (RPB5), POLR2F (RPB6), POLR2G (RPB7), POLR2H (RPB8), POLR2I (RPB9) POLR2L (RPB10), POLR2J (RPB11) ve POLR2K (RPB12) gibi diğer alt birimlerin Kor Mediatör kompleksi ile etkileşmediği gösterilmiştir. Yaptığımız bağlanma analizi, rekombinant RPB1 alt biriminin, Kor Meditör ile etkileşime girebilmek için endojen Pol II ile rekabet ettiğini ve böylece stabil bir RPB1-Kor Mediatör protein kompleksi oluşturduğunu da göstermiştir. RPB1 alt birimi ile NTD-Med14'ü içeren Kor Mediatör kompleksi arasındaki etkileşim Med26'dan bağımsız olarak gerçekleşmektedir. Bizim modelimiz Pol II'nin Kor Mediatör kompleksi aracılığıyla promotor bölgesine getirildiğini önermektedir. Bu modele göre NTD-Med14 içeren Kor Mediatör kompleksi, RNA polimeraz II'nin RPB1 alt birimi ile etkileşime girmekte ve bazal ve aktivatöre bağımlı transkripsiyonu kolaylaştırmak için promotor bölgesine toplanmasını sağlamaktadır.

Özet (Çeviri)

The Metazoan Mediator is a 2-MDa protein complex that consist of 30 subunits, most of which are evolutionarily conserved from yeast to humans8. The maintenance and regulation of the cell is dependent on spatiotemporal control of RNA polymerase II (Pol II) mediated transcription as a result of intrinsic and extrinsic signals. Perturbations caused by the environment and genetics can alter the fate of the cells and can lead to many diseases such as cancer. The role of Mediator is critical in maintaining the cellular environment as it relays signal to RNA polymerase II to regulate homeostasis, cell growth, cell differentiation and development. Thus, it is essential to understand the mechanism by which Mediator regulates the expression of Pol II genes. We have utilized Multibac expression system to synthesize recombinant protein subcomplexes of Mediator and Pol II subunits to elucidate the interaction surface between core Mediator complex and RNA Polymerase II. Our data indicates that POLR2A (RPB1) subunit of Pol II interacts with ~84 kDa N terminal region of Med14 (NTD-Med14) containing core Mediator complex. Furthermore, we also show that other subunits of Pol II including POLR2C (RPB3), POLR2D (RPB4), POLR2E (RPB5), POLR2F (RPB6), POLR2G (RPB7), POLR2H (RPB8), POLR2I (RPB9) POLR2L (RPB10), POLR2J (RPB11) and POLR2K (RPB12) does not interact with core Mediator complex. The binding assay also demonstrates that the recombinant RPB1 subunit competes with endogenous Pol II for the interaction with core Mediator, forming a stable RPB1-core Mediator protein complex. The interaction between RPB1 subunit and NTD-Med14 containing core Mediator complex is independent of Med26. We propose a model for Pol II recruitment to the promoter by core Mediator complex which demonstrates that NTD-Med14 of Core Mediator complex interacts with RPB1 subunit of RNA polymerase II and recruits it to the promoter to facilitate basal and activated transcription.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    824750

    Unravelling transcriptome 3'end diversity in an estrogen-responsive breast cancer cell line model

    Östrojene cevap veren bir meme kanseri hücre hattı modelinde transkriptomun 3' ucu çeşitliliğini aydınlatmak

    DİDEM NAZ DÖKEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN

Geri Dön