Unravelling transcriptome 3'end diversity in an estrogen-responsive breast cancer cell line model
Östrojene cevap veren bir meme kanseri hücre hattı modelinde transkriptomun 3' ucu çeşitliliğini aydınlatmak
- Tez No: 824750
- Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 137
Özet
Next-generation sequencing techniques allowed a better understanding of cancer transcriptomes. Despite advancements, technical limitations still exist to fully decipher the non-canonical aspects of the transcriptome. Here, we focused on mRNA 3'end diversity in a breast cancer cell line model to better understand estrogen-regulated gene expression patterns. I analyzed the 3'sequencing data generated in our laboratory to decipher estrogen-responsive changes of the 3'ends of mRNA isoforms. While microarrays and RNA-sequencing approaches provided in-depth views of estrogen-related gene expression changes, these studies mainly focused on individual genes and/or canonical isoforms. Our results suggested estrogen-responsive premature termination events in large gene bodies from a 3'end perspective. The decrease in open chromatin marks and RNA polymerase-II occupancy at specific transcript termination sites suggested potential interruptions in the transcriptional process of a group of genes. Our investigation further revealed that repetitive elements, particularly SINEs, are enriched within the large introns of genes that generate intronic transcripts as early as 45 minutes of estrogen stimulation. Of interest, the early expression of intronic transcripts decreases during prolonged estrogen stimulation while the full-length isoforms of the same genes are gradually upregulated. In addition to these intronic polyadenylation events, there are cases of alternative 3'UTR usage regulated by E2 in MCF7 cells. In conclusion, our 3'end sequencing perspective allowed the discovery of unreported intronic isoforms that seem to play a role in transcriptional dynamics and provided the preliminary data for future work. Altogether, these findings will provide a comprehensive view of transcriptional dynamics regulated by estrogen.
Özet (Çeviri)
Yeni nesil dizileme teknikleri, kanser transkriptomlarının daha iyi anlaşılmasını sağladı. Gelişmelere rağmen, transkriptomun kanonik olmayan yönlerini tam olarak deşifre etmeye yönelik teknik sınırlamalar hala mevcuttur. Bu tezde, model bir hücre hattında östrojen tarafından düzenlenen gen ekspresyon modellerini daha iyi anlamak amacıyla mRNA 3'uç çeşitliliğine odaklandım ve mRNA izoformlarının 3'uçlarının östrojene duyarlı değişikliklerini deşifre etmek için laboratuvarımızda oluşturulan 3'dizileme verilerini analiz ettim. Mikrodiziler ve RNA dizileme yaklaşımları, östrojenle ilişkili gen ekspresyon değişikliklerinin derinlemesine araştırmalarını yaparken, bu çalışmalar temel olarak bireysel genlere ve/veya kanonik izoformlara odaklanıyor. Ancak bu çalışmada östrojen tarafından düzenlenen genlere 3'uç perspektifinden ek ve yeni bir bakış açısı sağlıyoruz. Sonuçlarımız, uzun gen bölgelerinde östrojene duyarlı bir şekilde gözlenen erken transkripsiyon sonlanması olaylarını gösterdi. Keşfettiğimiz spesifik transkript sonlandırma bölgelerinde açık kromatin işaretlerindeki ve RNA polimeraz II (POLR2A) doluluğundaki azalma bize bir grup genin transkripsiyon sürecindeki potansiyel kesintileri düşündürdü. Araştırmamız ayrıca, tekrarlayan elementlerin, özellikle SINE'lerin (Short Interspersed Nuclear Element-Kısa Serpiştirilmiş Nükleer Elementler), östrojen stimülasyonunun 45 dakikasında intronik transkriptler oluşturan büyük gen intronları içinde zenginleştiğini ortaya çıkardı. Dizileme çalışmalarımız, intronik transkriptlerin erken ekspresyonu uzun süreli estrojen stimülasyonu sırasında azalırken, aynı genlerin tam uzunluktaki izoformlarının kademeli olarak artarak regüle edildiğini gösterdi. Bu intronik poliadenilasyon olaylarına ek olarak, MCF7 hücrelerinde E2 tarafından düzenlenen alternatif 3'UTR kullanım durumlarını da gösterdik. Sonuç olarak, 3'uçlu dizileme perspektifimiz, transkripsiyonel dinamiklerde rol oynuyor gibi görünen ancak rapor edilmemiş intronik izoformların keşfedilmesine izin verdi ve gelecekteki deneysel çalışmalar için ön veriler sağladı. Bu bulgular bir araya gelerek östrojen tarafından düzenlenen transkripsiyonel dinamiklerin daha kapsamlı bir şekilde anlaşılmasına fayda sağlayacaktır.
Benzer Tezler
- Bayesian networks for omics data analysis in hepatocellular carcinoma single-cell sequencing
Hepatosellüler karsinomun tekil hücre diziliminde omiklerin veri analizi için Bayes ağları
MUNTADHER ZAHID JIHAD
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
GenetikHacettepe ÜniversitesiBiyoenformatik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ İDİL YET
- Magnetic resonance spectroscopic imaging based detection of genetic alterations in gliomas
Gliomalarda genetik değişikliklerin manyetik rezonans spektroskopik görüntüleme tabanlı tespiti
BANU SAÇLI BİLMEZ
Doktora
İngilizce
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBoğaziçi ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESİN ÖZTÜRK IŞIK
- Unravelling the dynamics of digital banking transformation: Insights from Türkiye
Dijital bankacılık dönüşüm dinamiklerinin çözümlenmesi: Türkiye örneği
AHMET BÜNYAN OĞUZ
- Unravelling the future: The role of robotics and artificial intelligence in redefining sustainability leadership within the luxury hospitality (hotel and lodging) industry in Türkiye post COVID-19 embracing the untact approach
Geleceği açmak: COVID-19 sonrası Türkiye'deki lüks otel ve konaklama endüstrisinde sürdürülebilir liderliği yeniden tanımlamada robotik ve yapay zeka'nın rolü: 'Temassız yaklaşımı' benimsemek
LALLA SANAA EL MASSIN EL FELLAH
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
İşletmeBahçeşehir Üniversitesiİşletme (İngilizce) Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HÜRCAN TARHAN
- Öğrencileştirme sürecini deşifre etmek: İşçi Blokları Mahallesi örneği
Unravelling the studentification process: a case study of İşçi Blokları neighborhood
ÇAĞLA HANSU
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Şehircilik ve Bölge PlanlamaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CEMİLE NİL UZUN