İnsan SNX2 proteini ile influenza virüsü RNA polimeraz enzimi arasındaki ilişkinin memeli hücrelerinde araştırılması
Investigation of the relationship between human SNX2 protein and influenza virus RNA polymerase enzyme in mammalian cells
- Tez No: 636376
- Danışmanlar: PROF. DR. KADİR TURAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Genetik, Biochemistry, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 143
Özet
İnfluenza A virüsleri sekiz adet tek iplikli negatif polarite gösteren RNA molekülünden oluşan genoma sahiptirler. Geniş bir konak yelpazesine sahip olan bu virüslerde replilasyon ve transkripsiyon işlevleri; PB2, PB1 ve PA alt birimlerinden oluşan RNA polimeraz enzimi tarafından gerçekleştirilir. Viral RNA polimeraz enzimi konak hücrede viral patogenezi etkileyen önemli bir faktördür. Bu çalışmada, maya ikili-hibrit metodu kullanılarak viral PA proteini ile ilişkisi gösterilen insan sorting nexin 2 (SNX2) proteinin influenza A virüsü replikasyonuna etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmada maya ikili-hibrit testlerinde Saccharomyces cerevisiae hücreleri kullanıldı. Memeli hücrelerinde PA ve SNX2 proteinleri arasındaki etkileşimi saptamak için yapılan çalışmalarda HEK293 ve HeLa hücrelerinden yararlanıldı. Enfeksiyon deneylerinde influenza A/WSN/33-H1N1 ve A/duck/Pennsylvania-H5N2 virüs ırkları kullanıldı. Protein etkileşimlerinin saptanmasında, birlikte immünçöktürme ve immünfloresan teknikler uygulandı. Memeli hücrelerinde SNX2 ya da PA protein düzeylerinin geçici olarak arttırılması, bu proteinleri kodlayan plazmitlerin hücrelere transfeksiyonu ile sağlandı. Hücrelerde SNX2 transkript düzeyini düşürmek (knock down) için siRNA teknolojisinden yararlanıldı. SNX2 protein düzeyi değiştirilen hücrelerde virüs replikasyonunun seyri viral proteinlerin analizi ile saptandı. SNX2 proteinin viral RNA polimeraz enzimine etkileri minireplikon modelleri ile araştırıldı. İmmünçöktürme, immünfloresan boyama ve PL testleri HEK293 ve/veya HeLa hücrelerinde plazmit vektörler üzerinden kodlanan SNX2 ve PA proteinlerinin etkileşim halinde olduğunu gösterdi. SNX2 proteinine bağlanmada PA proteininin özellikle amino-terminal bölgesinin (PAdC) önemli olduğu saptandı. İnsan SNX2 proteinin influenza A virüsü replikasyonuna negatif yönde etki ettiği, bu etkinin kuş tipi influenza A/duck/Pennsylvania-H5N2 virüslerinde çok daha belirgin olduğu ortaya kondu. Bu veriler PA ve SNX proteinlerinin influenza A virüsü patogenezini etkileyen faktörler arasında olduğu sonucunu verdi.
Özet (Çeviri)
Influenza A viruses have a genome consisting of eight single-stranded negative sense RNA molecules. Replication and transcription of these viruses having a wide host range are performed by the RNA polymerase enzyme, which composed of PB2, PB1 and PA subunits. The influenza RNA polymerase is one of the important factor affecting the viral pathogenesis in host cell. In this study, it was aimed to determine the effects of human sorting nexin 2 (SNX2) protein, which is shown to be associated with viral PA protein by yeast two-hybrid assay on influenza A virus replication. Yeast two-hybrid assays were carried out with Saccharomyces cerevisiae. HEK293 and HeLa cells were used for revealing the interaction between PA and SNX2 proteins in mammalian cells. Influenza A/WSN/33-H1N1 and A/duck/Pennsylvania-H5N2 virus strains were used to infect the cells. Immunoprecipitation and immunofluorescence techniques were applied for detection of protein interactions. Transient increase of SNX2 and/or PA protein levels in the mammalian cells was achieved by transfection of the plasmid DNAs encoding the proteins. siRNA interference technology was applied for knock down of SNX2 transcript in the cells. The course of virus replication in the cells, over-expressing of SNX2 protein or down regulated with gene specific siRNA was determined by analysis of the viral proteins. Effects of SNX2 protein on viral RNA polymerase were investigated with minireplicon models. Immunoprecipitation, immunofluorescence staining and PL assay showed that the SNX2 and PA proteins encoded from plasmid DNAs have interaction in HEK293 and HeLa cells. The amino-terminal region of the viral PA protein (PAdC) was found to be particularly important for binding to human SNX2. The results showed that human SNX2 protein had a negative regulatory effect on influenza A virus replication and this effect was much more pronounced for avian influenza A/DkPen viruses. It was concluded that PA and SNX proteins are important factors that determine the pathogenesis of influenza A viruses in mammalian cells.
Benzer Tezler
- Meme dokusu karsinomlarında 7-etoksiresorufin O-deetilaz enzim aktivitesi düzeyinin araştırılması
Başlık çevirisi yok
SELMA AYGÖRMEZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜMTAZ İŞCAN
- İnsan gonadlarının intrauterin gelişiminin histolojik değerlendirilmesi
Histological evaluation of the intrauterin development of human gonads
MURAT TOSUN
Doktora
Türkçe
1998
MorfolojiSelçuk ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELÇUK DUMAN
- İnsan serum butirilkolinesteraz aktivitesi üzerine Benactyzine ve Drofenine'nin etkileri
Inhibition effects of benactyzine and drofenine on human serum butyrylcholinesterase
EBRU BODUR
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
BiyokimyaHacettepe ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. AYŞE NEŞE ÇOKUĞRAŞ
- İnsan eritrosit folat düzeylerinin saptanması ve toksikolojik ve klinik öneminin değerlendirilmesi
Determination of human erythrocyte folate levels and evaluation of its clinical and toxicological significance
TERKEN BAYDAR
Doktora
Türkçe
1999
Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. GÖNÜL ŞAHİN