Çocukluk çağı astım etiyolojisi ile ilişkili genetik özelliklerin hastalık fenotipine etkisinin araştırılması
Investigation of the effect of childhood asthma related genetic traits on disease phenotype
- Tez No: 637274
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHMET KARACA
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Genetik, Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları, Biology, Genetics, Child Health and Diseases
- Anahtar Kelimeler: Astım fenotipleri, Astım genetiği, PheWAS, GTEx, Genotipfenotip korelasyonu, Asthma phenotypes, Asthma genetics, PheWAS, GTEx, Genotypephenotype correlation
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Aksaray Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 133
Özet
Astım, çocukluk çağının en sık görülen inflamatuar hastalığıdır. Astımın gelişiminde genetik, çevresel risk faktörleri ve epigenetik mekanizmalar birlikte rol oynamaktadır. Bu çalışmada GWAS (Genom Çapı İlişkilendirme Çalışmaları) ile doğrulanan 7 genetik lokusun (IL18R1 rs3771166, IL33 rs1342326, SMAD3 rs744910, GSDMA rs3894194, IL2RB rs2284033, ORMDL3/GSDMB rs2305480 ve RAD50 rs6871536) çocukluk çağı astımı ile ilişkisi araştırılmıştır. Çalışma kapsamında ISAAC (Çocuklarda Astım ve Alerjiler Uluslararası Çalışması) Faz II anketi ile değerlendirilen bireylere ait DNA örnekleri (n=920) KASP (Kompetatif Allel-Spesifik PCR) yöntemi kullanılarak genotiplenmiştir. Sonuçlar, Türk pediatrik gruba ait 114 farklı klinik ve kişisel karakteristikler kullanılarak değerlendirilmiştir. Tek varyantilişki analizi rs6871536, rs2284033, rs2305480 varyantlarının astımla ilişkili fenotipler için risk faktörü olduğunu göstermiştir. Verilerin PheWAS analizi ile genetik özelliklerden 6'sının (IL33 rs1342326 hariç) 44 farklı astım fenotipi ile ilişkili olduğu belirlenmiştir. Genotip-Doku İfadesi (Genotype-Tissue Expression) analizi ile alellerin astım ve akciğer fonksiyonları ile ilişkili dokular dahil 48 farklı dokuda gen ifadesi üzerine etkisi araştırılmış, bakılan genetik özelliklerin genom çapı öneme sahip 237 eQTL ile ilişkili olduğu ve birçok genin transkripsiyonel regülasyonunu etkilediği belirlenmiştir. Genetik özelliklerin poligenik etkisini belirlemek amacıyla PRS (Poligenik Risk Skoru) hesaplanmış, RAD50 rs6871536 ve IL2RB rs2284033 arasında kombine etki gözlenmiştir. Bu araştırmanın sonuçları astım ve onların komorbiditelerine ilişkin yeni veriler ortaya koymakta, astım ile ilişkili lokusların genetik karakterizasyonuna dair bilgiler sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
Asthma is the most common inflammatory disease of childhood. Genetic- epigenetic mechanisms and environmental risk factors have the main role in disease development. In this study GWAS (Genome-Wide Association Studies) confirmed 7 genetic loci (IL18R1 rs3771166, IL33 rs1342326, SMAD3 rs744910, GSDMA rs3894194, IL2RB rs2284033, ORMDL3/GSDMB rs2305480 and RAD50 rs6871536) were investigated for their relationship with childhood asthma. Distribution of the risk alleles was genotyped by KASP (Competitive Allele-Specific PCR) technology, in individuals (n=920), selected with ISAAC (International Study on Asthma and Allergies in Children) Phase II questionnaire. Results were evaluated using 114 different clinical and personal characteristics of the Turkish pediatric group. According to the results of single variant-association analysis; rs6871536, rs2284033, rs2305480 variants were found to be risk factors for asthma-related phenotypes. PheWAS (Phenome Wide Association Study) analysis revealed 44 different phenotypic associations for 6 of investigated variants (except IL33 rs1342326). GTEx (Genotype-Tissue Expression) data were used to determine the effect of investigated alleles on gene expression in 48 different tissues, relevant for asthma and lung function. It was observed that the investigated loci associated with 237 eQTL and affect the transcriptional regulation of many genes. A PRS (Polygenic Risk Score) was calculated to determine the combined effect of genetic variants and, the interaction was observed between RAD50 rs6871536 and IL2RB rs2284033. This study generated novel data regarding the genetics of asthma and its comorbidities, providing a genetic characterization of loci associated with asthma.
Benzer Tezler
- Zonguldak il sınırları içinde çocukluk çağı astım, egzama ve alerjik rinit prevalansının ve risk faktörlerinin saptanması ve yıllar içinde değişiminin değerlendirilmesi
Determination of prevalence and risk factors of childhood asthma, eczema and allergic rhinitis in zonguldak province and evaluation of the change over the years
SELÇUK ERKUŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıZonguldak Bülent Ecevit ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUTLU YÜKSEK
- Konya ili ve çevresinde yaşayan çocuklarda büyük azı-keser hipomineralizasyonu etiyolojisinin incelenmesi
Investigation of etiology of molar-incisor hypomineralization in children living in konya and surroundings
ASLI SELOĞLU
Diş Hekimliği Uzmanlık
Türkçe
2021
Diş HekimliğiSelçuk ÜniversitesiPedodonti Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ FİRDEVS KAHVECİOĞLU
- Uluslararası çocukluk çağı astım ve allerjileri (ISAAC) esaslarına göre İzmir ili 09-11 yaş çocuklarından astım, rinit , egzama ve atopi prevalansının belirlenmesi
The determination of asthma, rhinitis, eczama and atopy prevalence in 9-11 years old children in Izmir city according to the internetional study of asthma and allergies in childhood(ISAAC)
CANAN ŞULE TURGUT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2003
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıDokuz Eylül ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZKAN KARAMAN
- Çocukluk çağı astım hastalarında, astım kontrolünün değerlendirilmesinde astım kontrol testinin yeri atak bulgularını etkileyen faktörlerin değerlendirilmesi
Evaluation of the asthma control test in the childhood asthma diseases, astim controller evaluating the factors affecting place and attack findings
SABAHATTİN KARAKAYA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıUludağ ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİHAT SAPAN
- Çocukluk çağı astım kontrolünü belirlemede objektif laboratuvar parametreleri
Objective laboratory parameters in determining childhood asthma control
MELEK ERGİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıAbant İzzet Baysal ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA ERKOÇOĞLU