Mapping QTLs for important agronomic traits on early segment of white cabbage
Erkenci baş lahanada bazı önemli agronomik özelliklerin QTL haritalanması
- Tez No: 642694
- Danışmanlar: PROF. DR. HÜLYA İLBİ, DR. ZSOLT GALLI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tohumluk Bilimi ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 117
Özet
Bu tez çalışmasında, baş lahananın (Brassica oleracea var. capitata) 12 agronomik özelliğin QTL haritalanması amaçlanmıştır. Tarla denemeleri, Macaristan'daki Syngenta (Ócsa) Deneysel Yetiştirme İstasyonunda Şubat ve Haziran 2020 arasındaki dönemde gerçekleştirilmiştir. Haritalama çalışmaları, ebeveyn olarak iki double haploid hat(P1 ve P2) kullanılması ile oluşturulan F2 popülasyonununda gerçekleştirilmiştir. P1 ve P2 hatları Syngenta baş lahana germplasm koleksiyonundan temin edilmiş olup, F2 popülasyonunda 910 bitkide agronomik değerlendirmeler gerçekleştirilmiştir. Bağlantı haritası oluşturmak ve QTL analizi gerçekleştirmek için R x64 3.6.2 programında (R / qtl paketi), 369 polimorfik SNP işaretleyicisi kullanılmıştır. Interval Mapping (IM) analizi, Haley Knott regresyonu kullanılarak 0.001 tahmini genotipleme hataları ile gerçekleştirilmiştir. Composite Interval Mapping (CIM) analizi, R / qtl fonksiyonu ile yapılmış ve çoklu QTL analiz modeli araştırılmıştır. LOD skor eşik değeri olarak permütasyon testi N = 1000 ve 1.5 LOD güven aralığı kullanılmıştır. R / qtl programında Bağlantı Haritaları oluşturularak QTL'ler harita üzerinde gösterilmiştir. Toplamda, 61 putative QTL bölgesi belirlenmiş olup, bunlardan 7'sisnin major QTL oldıuğu tespit edilmiştir. Majr QTL'ler, LOD skoru> 5 olan ve % 10'dan fazla fenotipik varyasyonu açıklananlardır. Bu 7 major QTL'den 6 tanesi 2. kromozomda 14.99 cM - 25.01 cM aralığında belirlenmiştir. StLen.2.2, HdLen.2.1, HdRat.2.1, HdDen.2.2, Col.2.1 ve Vig.2.1'e en yakın işaretleyici AXO16308, Ant.7.5'e ise en yakın işaretleyici AXO14084 olarak belirlenmiştir. Baş şekli (HH / HW oranı) ile ilgili genlerinin epistatik etkide olduğu saptanmıştır.
Özet (Çeviri)
This thesis research describes a QTL analyses for 12 main agronomic traits of the white cabbage (Brassica oleracea var. capitata). Field experiments were performed in Syngenta (Ócsa) Experimental Breeding Station, in Hungary, in period between February and June 2020. Two parental doubled haploid lines (referred as P1 and P2) were used to develop the F2 mapping population. P1 and P2 lines were acquired from the Syngenta white cabbage germplasm collection. Nine hundred ten plants of F2 population were used for data collection. Altogether 13 traits were measured, even though just 12 traits were included into the thesis project. Due to the Syngenta Company's Privacy Policy, the results of Core length QTL analyses were not shown in the thesis. Three hundred sixty-nine polymorphic SNP markers were used to build Linkage Map and perform QTL analyses in R x64 3.6.2 program, R/qtl package. Initial interval mapping was performed with estimated genotyping errors of 0.001 using Haley Knott regression. Composite Interval Mapping was performed with“cim”R/qtl function. Multiple QTL analyses model was searched using an iterative process. LOD score thresholds were obtained using permutation test N=1000. 1.5 LOD confidence intervals were used. Linkage Map View package for R/qtl software was used to produce linkage group maps with QTLs and their confidence intervals marked on the map. In total, 61 putative QTL regions were detected and among them seven major QTLs. Major QTLs were those with LOD score > 5 and more than 10% phenotypic variation explained. Out of these seven major QTLs, six were found within the same interval (14.99 cM – 25.01 cM) and on the same chromosome (chromosome 2). The marker closest to the StLen.2.2, HdLen.2.1, HdRat.2.1, HdDen.2.2, Col.2.1 and Vig.2.1 was AXO16308, while marker closest to the Ant.7.5 was AXO14084. Epistasis was found in case of Head shape (HH/HW ratio).
Benzer Tezler
- QTL mapping of some important agronomic characteristics in wheat (Triticum aestivum L.)
Buğdayda (Triticum aestivum L.) bazı önemli tarımsal karakterlerin QTL haritalanması
FAHEEM SHEHZAD BALOCH
Doktora
İngilizce
2012
ZiraatÇukurova ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RÜŞTÜ HATİPOĞLU
- Identification of QTL for grain quality traits in durum wheat (Triticum turgidum var. durum L.) mapping population derived from kunduru x Cham1
Kunduru x Cham1 melezinden oluşturulan makarnalık buğday haritalama populasyonunda dane kalitesi ile ilgili kantitatif özellik lokuslarının tanımlanması
AHMAD ALSALEH
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN ÖZKAN
- Quantitative trait loci analysis (QTL) of fruit characteristics in tomato
Domateste meyve karakterleri için kantitatif karakter locus analizleri
BİLAL ÖKMEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
Biyoteknolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ANNE FRARY
DOÇ. DR. SAMİ DOĞANLAR
PROF. DR. AHMET YEMENİCİOĞLU
- Mercimekte (Lens culinaris) SSR ve SNP markörleri kullanarak doymuş genetik harita oluşturulması ve bazı agromorfolojik özellikler ile ilişkili kantitatif özellik bölgelerinin belirlenmesi
Construction of saturated genetic linkage map based on ssr and SNP markers and mapping of quantitative traits loci for some important agronomical traits in lentil (Lens culinaris)
MUSTAFA TOPU
Doktora
Türkçe
2019
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN ÖZKAN
- Molecular genetic analysis in opium poppy
Haşhaş'ta moleküler genetik analizler
İBRAHİM ÇELİK
Doktora
İngilizce
2017
Genetikİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SAMİ DOĞANLAR