Geri Dön

Mapping QTLs for important agronomic traits on early segment of white cabbage

Erkenci baş lahanada bazı önemli agronomik özelliklerin QTL haritalanması

  1. Tez No: 642694
  2. Yazar: KATARİNA JOVIC
  3. Danışmanlar: PROF. DR. HÜLYA İLBİ, DR. ZSOLT GALLI
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Ziraat, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tohumluk Bilimi ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 117

Özet

Bu tez çalışmasında, baş lahananın (Brassica oleracea var. capitata) 12 agronomik özelliğin QTL haritalanması amaçlanmıştır. Tarla denemeleri, Macaristan'daki Syngenta (Ócsa) Deneysel Yetiştirme İstasyonunda Şubat ve Haziran 2020 arasındaki dönemde gerçekleştirilmiştir. Haritalama çalışmaları, ebeveyn olarak iki double haploid hat(P1 ve P2) kullanılması ile oluşturulan F2 popülasyonununda gerçekleştirilmiştir. P1 ve P2 hatları Syngenta baş lahana germplasm koleksiyonundan temin edilmiş olup, F2 popülasyonunda 910 bitkide agronomik değerlendirmeler gerçekleştirilmiştir. Bağlantı haritası oluşturmak ve QTL analizi gerçekleştirmek için R x64 3.6.2 programında (R / qtl paketi), 369 polimorfik SNP işaretleyicisi kullanılmıştır. Interval Mapping (IM) analizi, Haley Knott regresyonu kullanılarak 0.001 tahmini genotipleme hataları ile gerçekleştirilmiştir. Composite Interval Mapping (CIM) analizi, R / qtl fonksiyonu ile yapılmış ve çoklu QTL analiz modeli araştırılmıştır. LOD skor eşik değeri olarak permütasyon testi N = 1000 ve 1.5 LOD güven aralığı kullanılmıştır. R / qtl programında Bağlantı Haritaları oluşturularak QTL'ler harita üzerinde gösterilmiştir. Toplamda, 61 putative QTL bölgesi belirlenmiş olup, bunlardan 7'sisnin major QTL oldıuğu tespit edilmiştir. Majr QTL'ler, LOD skoru> 5 olan ve % 10'dan fazla fenotipik varyasyonu açıklananlardır. Bu 7 major QTL'den 6 tanesi 2. kromozomda 14.99 cM - 25.01 cM aralığında belirlenmiştir. StLen.2.2, HdLen.2.1, HdRat.2.1, HdDen.2.2, Col.2.1 ve Vig.2.1'e en yakın işaretleyici AXO16308, Ant.7.5'e ise en yakın işaretleyici AXO14084 olarak belirlenmiştir. Baş şekli (HH / HW oranı) ile ilgili genlerinin epistatik etkide olduğu saptanmıştır.

Özet (Çeviri)

This thesis research describes a QTL analyses for 12 main agronomic traits of the white cabbage (Brassica oleracea var. capitata). Field experiments were performed in Syngenta (Ócsa) Experimental Breeding Station, in Hungary, in period between February and June 2020. Two parental doubled haploid lines (referred as P1 and P2) were used to develop the F2 mapping population. P1 and P2 lines were acquired from the Syngenta white cabbage germplasm collection. Nine hundred ten plants of F2 population were used for data collection. Altogether 13 traits were measured, even though just 12 traits were included into the thesis project. Due to the Syngenta Company's Privacy Policy, the results of Core length QTL analyses were not shown in the thesis. Three hundred sixty-nine polymorphic SNP markers were used to build Linkage Map and perform QTL analyses in R x64 3.6.2 program, R/qtl package. Initial interval mapping was performed with estimated genotyping errors of 0.001 using Haley Knott regression. Composite Interval Mapping was performed with“cim”R/qtl function. Multiple QTL analyses model was searched using an iterative process. LOD score thresholds were obtained using permutation test N=1000. 1.5 LOD confidence intervals were used. Linkage Map View package for R/qtl software was used to produce linkage group maps with QTLs and their confidence intervals marked on the map. In total, 61 putative QTL regions were detected and among them seven major QTLs. Major QTLs were those with LOD score > 5 and more than 10% phenotypic variation explained. Out of these seven major QTLs, six were found within the same interval (14.99 cM – 25.01 cM) and on the same chromosome (chromosome 2). The marker closest to the StLen.2.2, HdLen.2.1, HdRat.2.1, HdDen.2.2, Col.2.1 and Vig.2.1 was AXO16308, while marker closest to the Ant.7.5 was AXO14084. Epistasis was found in case of Head shape (HH/HW ratio).

Benzer Tezler

  1. QTL mapping of some important agronomic characteristics in wheat (Triticum aestivum L.)

    Buğdayda (Triticum aestivum L.) bazı önemli tarımsal karakterlerin QTL haritalanması

    FAHEEM SHEHZAD BALOCH

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    ZiraatÇukurova Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. RÜŞTÜ HATİPOĞLU

  2. Identification of QTL for grain quality traits in durum wheat (Triticum turgidum var. durum L.) mapping population derived from kunduru x Cham1

    Kunduru x Cham1 melezinden oluşturulan makarnalık buğday haritalama populasyonunda dane kalitesi ile ilgili kantitatif özellik lokuslarının tanımlanması

    AHMAD ALSALEH

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    BiyoteknolojiÇukurova Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HAKAN ÖZKAN

  3. Quantitative trait loci analysis (QTL) of fruit characteristics in tomato

    Domateste meyve karakterleri için kantitatif karakter locus analizleri

    BİLAL ÖKMEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    Biyoteknolojiİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ANNE FRARY

    DOÇ. DR. SAMİ DOĞANLAR

    PROF. DR. AHMET YEMENİCİOĞLU

  4. Mercimekte (Lens culinaris) SSR ve SNP markörleri kullanarak doymuş genetik harita oluşturulması ve bazı agromorfolojik özellikler ile ilişkili kantitatif özellik bölgelerinin belirlenmesi

    Construction of saturated genetic linkage map based on ssr and SNP markers and mapping of quantitative traits loci for some important agronomical traits in lentil (Lens culinaris)

    MUSTAFA TOPU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    BiyoteknolojiÇukurova Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HAKAN ÖZKAN

  5. Molecular genetic analysis in opium poppy

    Haşhaş'ta moleküler genetik analizler

    İBRAHİM ÇELİK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Genetikİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SAMİ DOĞANLAR