Elf3 regulated transcriptome dynamics during mesenchymal to epithelial transition
Mezenkimel epitel geçiş sırasında Elf3 ile regüle edilen transkriptom dinamikleri
- Tez No: 643055
- Danışmanlar: DOÇ. DR. GÖKHAN KARAKÜLAH, DR. ÖĞR. ÜYESİ HANİ ALOTAİBİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 87
Özet
Mezenkimel epitel geçiş (MET), içerisinde gelişimsel süreç, kanser gelişimi ve doku rejenerasyonunu barındıran ve birçok fizyolojik süreçte gözlenen anahtar bir biyolojik olaydır. MET regülasyonu, genetik ve epigenetik faktörlere bağlı olarak birçok transkripsiyonel olay sayesinde gerçekleşir. MET, epitel mezenkimel geçiş (EMT) regülasyonunda rol alan faktörlerin ortadan kaldırılması ile tetiklenen bir süreç gibi düşünülse de son yayınlanan çalışmalar MET regülasyonunun bundan ibaret olmadığını göstermektedir. MET tam olarak anlaşılmamış olmasına rağmen, MET regülasyonunda rol alan önemli genler olduğu tahmin edilmektedir. Bunlar arasında, Elf3'ün Grhl3'ün promotor bölgesi ile ilişki kurarak MET regülasyonunda gerekli olduğu düşünülmektedir. Grhl3 ise Cdh1 geni üzerinde bulunan bir cis düzenleyici unsur ile ilişki kurarak E-cadherin lokalizasyonunu etkilediği tahmin edilmektedir. Bu çalışmada, Elf3 yokluğunda içerisinde Grhl3 gibi önemli faktörleri barındırabilecek olan kodlayan, kodlamayan ve tekrarlayan (repetitive) transkriptom dinamiklerinde birtakım değişiklikler olacağı öngörülmüştür. Sonuçta, diferansiyel ifade analizi birçok protein kodlayan genin, uzun protein kodlamayan RNA'ların ve tekrar elementlerinin ifade değişimlerini ortaya çıkarmıştır. Diferansiyel olarak ifade edilen genler ile Gen Ontoloji ve KEGG yolak zenginleştirme analizleri yapılmıştır. Son olarak, MET'de Elf3 yokluğunun, hücre döngüsünde, özellikle DNA replikasyonu, mitotik çekirdek bölünmesi ve kromozomal ayrılmada bozukluklara yol açabileceği gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
Mesenchymal to epithelial transition (MET) is a key event that is observed in many physiological processes involving development, cancer progression and tissue regeneration. MET regulation is achieved by many transcriptional events that are dependent on genetic and epigenetic factors. According to recent studies, MET regulation is not exactly the opposite of epithelial to mesenchymal transition (EMT) by virtue of removal of the factors involved in the regulation of EMT. Despite the fact that MET is not very well understood, there are some genes that are thought to take important roles in MET regulation. Elf3 is thought to be essential in the regulation of MET by interacting with the promoter of Grhl3. Moreover, Grhl3 has been reported to act on the cis regulatory element that is found on Cdh1 and it is thought to be associated with E-cadherin localization. In this study, absence of Elf3 is hypothesized to cause alterations in transcriptome dynamics, in terms of coding, noncoding and repetitive transcriptome that presumably involve important factors such as Grhl3. Therefore, differential expression analysis resulted in alterations in the expressions of various of protein coding genes, long noncoding RNAs and repeat elements. Consequently, enrichment analyses involving Gene Ontology and KEGG pathways for differentially expressed genes showed that the absence of Elf3 during MET may lead to disruptions in cell cycle, more particularly DNA replication, mitotic nuclear division and chromosomal segregation.
Benzer Tezler
- Genetik olarak değiştirilmiş soyada omik analizler
Omic analyses on genetically modified soybean
SİNAN MERİÇ
Doktora
Türkçe
2022
Biyoteknolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞULE ARI
- Memeli grainy head-like 3 (Grhl3) promotör bölgesinin işlevsel tanımı
Başlık çevirisi yok
İLKİN AYGÜN
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Tıbbi BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HANİ ALOTAİBİ
- Interactions of ELF3 and DNA methyl transferases in mesenchymal epithelial transformation
Mezenkimal epitelyal dönüşüm sürecinde ELF3 ve DNA metil transferazların etkileşimleri
SERAY YETKİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HANİ ALOTAİBİ
- Identification of transcriptional networks controlling themesenchymal-epithelial transition
Mezenkimal-epitelyal dönüşümünü (MET) kontrol eden transkripsiyonel ağların belirlenmesi
BURCU ŞENGEZ
Doktora
İngilizce
2020
BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HANİ ALOTAİBİ
- Düşük riskli mesane kanserinde nüksü öngörmede yeni bir belirteç: ELF-3 ve TSC-1 retrospektif incelenmesi
A new marker for prediction of recurrence in LOW risk bladder cancer: A retrospective investigation of ELF -3 and anti-TSC-1
ENES ALTIN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
ÜrolojiNamık Kemal ÜniversitesiÜroloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÇAĞRI DOĞAN