Geri Dön

Elf3 regulated transcriptome dynamics during mesenchymal to epithelial transition

Mezenkimel epitel geçiş sırasında Elf3 ile regüle edilen transkriptom dinamikleri

PDF İndir

  1. Tez No: 643055
  2. Yazar: HAMDİYE UZUNER
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. GÖKHAN KARAKÜLAH, DR. ÖĞR. ÜYESİ HANİ ALOTAİBİ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
  10. Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Mezenkimel epitel geçiş (MET), içerisinde gelişimsel süreç, kanser gelişimi ve doku rejenerasyonunu barındıran ve birçok fizyolojik süreçte gözlenen anahtar bir biyolojik olaydır. MET regülasyonu, genetik ve epigenetik faktörlere bağlı olarak birçok transkripsiyonel olay sayesinde gerçekleşir. MET, epitel mezenkimel geçiş (EMT) regülasyonunda rol alan faktörlerin ortadan kaldırılması ile tetiklenen bir süreç gibi düşünülse de son yayınlanan çalışmalar MET regülasyonunun bundan ibaret olmadığını göstermektedir. MET tam olarak anlaşılmamış olmasına rağmen, MET regülasyonunda rol alan önemli genler olduğu tahmin edilmektedir. Bunlar arasında, Elf3'ün Grhl3'ün promotor bölgesi ile ilişki kurarak MET regülasyonunda gerekli olduğu düşünülmektedir. Grhl3 ise Cdh1 geni üzerinde bulunan bir cis düzenleyici unsur ile ilişki kurarak E-cadherin lokalizasyonunu etkilediği tahmin edilmektedir. Bu çalışmada, Elf3 yokluğunda içerisinde Grhl3 gibi önemli faktörleri barındırabilecek olan kodlayan, kodlamayan ve tekrarlayan (repetitive) transkriptom dinamiklerinde birtakım değişiklikler olacağı öngörülmüştür. Sonuçta, diferansiyel ifade analizi birçok protein kodlayan genin, uzun protein kodlamayan RNA'ların ve tekrar elementlerinin ifade değişimlerini ortaya çıkarmıştır. Diferansiyel olarak ifade edilen genler ile Gen Ontoloji ve KEGG yolak zenginleştirme analizleri yapılmıştır. Son olarak, MET'de Elf3 yokluğunun, hücre döngüsünde, özellikle DNA replikasyonu, mitotik çekirdek bölünmesi ve kromozomal ayrılmada bozukluklara yol açabileceği gösterilmiştir.

Özet (Çeviri)

Mesenchymal to epithelial transition (MET) is a key event that is observed in many physiological processes involving development, cancer progression and tissue regeneration. MET regulation is achieved by many transcriptional events that are dependent on genetic and epigenetic factors. According to recent studies, MET regulation is not exactly the opposite of epithelial to mesenchymal transition (EMT) by virtue of removal of the factors involved in the regulation of EMT. Despite the fact that MET is not very well understood, there are some genes that are thought to take important roles in MET regulation. Elf3 is thought to be essential in the regulation of MET by interacting with the promoter of Grhl3. Moreover, Grhl3 has been reported to act on the cis regulatory element that is found on Cdh1 and it is thought to be associated with E-cadherin localization. In this study, absence of Elf3 is hypothesized to cause alterations in transcriptome dynamics, in terms of coding, noncoding and repetitive transcriptome that presumably involve important factors such as Grhl3. Therefore, differential expression analysis resulted in alterations in the expressions of various of protein coding genes, long noncoding RNAs and repeat elements. Consequently, enrichment analyses involving Gene Ontology and KEGG pathways for differentially expressed genes showed that the absence of Elf3 during MET may lead to disruptions in cell cycle, more particularly DNA replication, mitotic nuclear division and chromosomal segregation.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    716985

    Genetik olarak değiştirilmiş soyada omik analizler

    Omic analyses on genetically modified soybean

    SİNAN MERİÇ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Genetikİstanbul Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ŞULE ARI

  2. Tez No

    539989

    Controlling bacterial biofilms by applying extremely low frequency electromagnetic fields (ELF-EMFS)

    Çok düşük frekanslı elektromanyetik alan (CDF-EMA) uygulanarak bakteriyel biyofilmlerin kontrolü

    HASAN KAHRAMAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    PROF. DR. MELEK TÜTER

    DR. ÖĞR. ÜYESİ TURHAN KARAGÜLER

  3. Tez No

    576759

    Arifiye-Kazlıçeşme demiryolu hattında çalışan tren makinistlerinin mesleksel sağlık durumları ve çok düşük frekanslı manyetik alan maruziyetlerinin değerlendirilmesi

    Evaluation of occupational health status and very low frequency magnetic field exposure of train drivers working on Arifiye-Kazliçeşme railway line

    BAYRAM MERCİMEK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Halk SağlığıKocaeli Üniversitesi

    Halk Sağlığı Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÇİĞDEM ÇAĞLAYAN

  4. Tez No

    466336

    Memeli grainy head-like 3 (Grhl3) promotör bölgesinin işlevsel tanımı

    Başlık çevirisi yok

    İLKİN AYGÜN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Tıbbi BiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. HANİ ALOTAİBİ

  5. Tez No

    163754

    Farklı şiddetlerde uygulanan elf elektrik alanların geçici uyarılmış otoakustik emisyonlara etkisi

    Effects of different elf electric fields strength on transient evoked otoacoustic emission

    GÜRER GÜVEN BUDAK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    FizyolojiGazi Üniversitesi

    Fizyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. DENİZ ERBAŞ

    PROF.DR. NESRİN SEYHAN

Geri Dön