Genome-wide effects of DNA replication on nucleotide excision repair of UV-induced DNA lesions
UV kaynaklı DNA hasarının kesip çıkarmalı onarımı ile DNAreplikasyonunun genom çaplı etkileşimi
- Tez No: 643487
- Danışmanlar: DR. OGÜN ADEBALİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 135
Özet
Replikasyon, onarılmamış DNA hasarlarının kansere yol açabilecek mutasyonlara dönüşmesine neden olabilir. Nükleotid kesip çıkarmalı onarımı, UV ile indüklenen hacimli DNA katımlarını ortadan kaldırarak melanom kanserlerini önleyen önde gelen onarım mekanizmasıdır. Ancak, replikasyonun Nükleotid kesip çıkarmalı onarımındaki rolü henüz açığa kavuşturulmamıştır. Son zamanlarda geliştirilen yöntemler Damage-seq ve XR-seq sırasıyla, hasar oluşumu ve nükleotid kesip çıkarmalı onarımı olaylarını çeşitli koşullar altında haritalandırabilmektedir. Burada, Damage-seq ve XR-seq yöntemlerini hücre döngüsünün erken ve geç S fazlarında senkronize edilip UV ile indüklenen HeLa hücrelerine uyguladık. HeLa hücrelerinin hasar ve onarım olaylarını replikasyon orijini ve replikasyon alanlarıyla birlikte analiz ettik. Hem erken hem de geç S fazlı hücrelerde, erken replikasyon alanlarının geç replikasyon alanlarına göre daha verimli bir şekilde onarıldığını bulduk. Sonuçlar ayrıca onarım verimliliğinin replikasyon orijinleri etrafında DNA'nın öncü ipliklerini desteklediğini ortaya koydu. Dahası, replikasyon orijini etrafındaki ipliklerin onarım etkinliğinin melanom mutasyonlarının sayısı ile ters orantılı olduğunu gözlemledik.
Özet (Çeviri)
Replication can cause unrepaired DNA damages to turn into mutations that might lead to cancer. Nucleotide excision repair is the leading repair mechanism that prevents melanoma cancers by removing UV-induced bulky adducts. However, the role of replication on nucleotide excision repair, in general, is yet to be clarified. Recently developed methods Damage-seq and XR-seq map damage formation and nucleotide excision repair events respectively, in various conditions. Here, we applied Damage-seq and XR-seq methods to UV-irradiated HeLa cells synchronized at two stages of the cell cycle: early S phase, and late S phase. We analyzed the damage and repair events along with replication origins and replication domains of HeLa cells. We found out that in both early and late S phase cells, early replication domains are more efficiently repaired relative to late replication domains. The results also revealed that repair efficiency favors the leading strand around replication origins. Moreover, we observed that the repair efficiency of the strands around origins is inversely correlated with the number of melanoma mutations.
Benzer Tezler
- The effect of HLA DPB1 alleles on the immune response in chronic Hepatitis B
Kronik Hepatit B hastalığında HLA DPB1 allelerin hastalığın immun yanıta etkisi
NİLAY GURBET KARATAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Tıbbi Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Improvement of Bacilysin biosynthesis in Bacillus subtilisPY79 VIA CRISPR/CAS9 technology
Bacillus subtilis PY79 suşunda basilisin biyosentezinin CRISPR/CAS9 teknolojisi ile iyileştirilmesi
HADEEL WALEED ABDULMALEK
Doktora
İngilizce
2023
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYTEN KARATAŞ
- An improved antibody-based method to detect whole genome cytosine methylation in mouse embryonic fibroblasts
Fare embriyonik fibroblastlarında tüm genom sitozin metilasyonunun (5meC, DNA metilasyonu) tespiti için antikor temelli (immün-boyama) bir metodun geliştirilmesi
SELCEN ÇELİK
- Investigation of the effect of C-MYC transcription factoron transcriptional regulation of ATP13A2 gene
ATP13A2 geninin transkripsiyonel regülasyonunda C-MYCtranskripsiyon faktörünün etkisinin incelenmesi
ASLI BERİL TİRYAKİLER
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Kuraklık stresi uygulanmış mercimek (Lens Culinaris Medik.) bitkisinin RNA dizileme yöntemi ile transkripsiyonel analizi
Transcriptional analysis of lentil (Lens culinaris Medik.) plant exposed to drought stress by RNA sequencing method
HANDE MORGİL
Doktora
Türkçe
2019
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜL CEVAHİR ÖZ
PROF. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI