Geri Dön

Machine learning algorithms and combinedmulti-scale molecular modeling simulations against nadph oxidase (NOX) enzymes for designing of small molecule therapeutics

Nadph oksidaz (NOX) enzimlerine karşı küçük molekül terapötiklerinin tasarımı için makine öğrenmesi algoritmaları ve kombine çok ölçekli moleküler simülasyonlar

  1. Tez No: 650515
  2. Yazar: ASENA HİMMETOĞLU
  3. Danışmanlar: PROF. SERDAR DURDAĞI, DOÇ. DR. YEŞİM NEĞİŞ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyofizik, Nöroloji, Biophysics, Neurology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Bahçeşehir Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Nörobilim Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 99

Özet

NOX süperoksit oluşturmak için moleküler oksijenin azaltılmasını katalizleyen çok alt birimli bir enzimdir. Memelilerde bu enzim için yedi isoform bulunur. NOX2 bugüne kadar en çok çalışılmış izoformdur ve fagositlerde yüksek oranda eksprese edilir ancak nöronlar, mikroglia, endotel hücreleri, kardiyomiyositler ve vasküler düz kas hücrelerinde de tespit edilmiştir. NOX2 enzimi tarafından üretilen süperoksit, bağışıklık sistemi, hücresel sinyalleşme, gen ekspresyonunun düzenlenmesi ve hücre farklılaşması için hayati öneme sahiptir. Ancak artan NOX aktivitesi, nörotoksisite, nörodejenerasyon, kardiyovasküler hastalıklar ve organ yetmezlliği gibi çok çeşitli patolojik süreçlere katkıda bulunur. Bu nedenle NOX2 aktivitesinin modülasyonu nörodejeneratif hastalıklar için umut verici bir tedavi ve ikincil komplikasyonları önlemek için önemli bir yardımcı ajan olabilir. Tez çalışması boyunca, etki mekanizması; çok ölçekli simülasyon teknikleri kullanılarak incelenmiş küçük molekül terapötikleri taranarak hedefe yönelik ilaç tarama yaklaşımları kullanılarak tasarımları yapılması hedeflenmiştir.

Özet (Çeviri)

NOX is a multi-subunit enzyme that catalyzes the reduction of molecular oxygen to form superoxide. There are 7 isoforms in mammals among which NOX2 is the one that is highly expressed in phagocytes, but expression has also been detected in neurons, microglia, endothelial cells, cardiomyocytes and vascular smooth muscle cells. While superoxide produced by NOX2 is vital to the immune system, cellular signaling, regulation of gene expression and cell differentiation, increased NOX activity promotes to a wide range of pathological processes including neurotoxicity, neurodegeneration, cardiovascular diseases and organ failure. Thus, modulation of NOX2 activity may prove to be a promising treatment for neurodegenerative diseases as well as an adjunctive agent to prevent its secondary complications. Throughout the thesis study, action mechanism is investigated using multi-scale molecular modeling simulations techniques and small molecule therapeutics are screened and designed using target-driven drug screening approaches.

Benzer Tezler

  1. Tıbbi veriler üzerinde makine öğrenme algoritmaları ve bulanık mantık ile kurallar öğrenme

    Machine learning algorithms and learning rules with fuzzy logic on medical data

    YUSUF UZUN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSelçuk Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. AHMET ARSLAN

  2. Makine öğrenmesi algoritmaları ve anomali tespiti

    Machine learning algorithms and anomaly detection

    MEHMET DENİZ TOPUZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBahçeşehir Üniversitesi

    Matematik Bölümü

    DOÇ. DR. ATABEY KAYGUN

  3. Yeni makine öğrenmesi metotları ve ilaç tasarımına uygulamaları

    New machine learning algorithms and applications to drug design

    MEHMET FATİH AMASYALI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolYıldız Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Bölümü

    PROF. DR. OKAN ERSOY

    PROF. DR. OYA KALIPSIZ

  4. Meme kanseri tahmininde makine öğrenmesi algoritmaları ve AutoML

    Breast cancer diagnosis with machine learning algorithms and AutoML

    ARSLAN KARAKAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolPamukkale Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEZAİ TOKAT

  5. Adversarial attacks against machine learning algorithms at training stage

    Eğitim aşamasındaki ̇makina öğrenme algoritmalarına karşı gerçekleştirilen çekişmeli saldırılar

    FAHRİ ANIL YERLİKAYA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ŞERİF BAHTİYAR