Machine learning algorithms and combinedmulti-scale molecular modeling simulations against nadph oxidase (NOX) enzymes for designing of small molecule therapeutics
Nadph oksidaz (NOX) enzimlerine karşı küçük molekül terapötiklerinin tasarımı için makine öğrenmesi algoritmaları ve kombine çok ölçekli moleküler simülasyonlar
- Tez No: 650515
- Danışmanlar: PROF. SERDAR DURDAĞI, DOÇ. DR. YEŞİM NEĞİŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Nöroloji, Biophysics, Neurology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Bahçeşehir Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Nörobilim Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 99
Özet
NOX süperoksit oluşturmak için moleküler oksijenin azaltılmasını katalizleyen çok alt birimli bir enzimdir. Memelilerde bu enzim için yedi isoform bulunur. NOX2 bugüne kadar en çok çalışılmış izoformdur ve fagositlerde yüksek oranda eksprese edilir ancak nöronlar, mikroglia, endotel hücreleri, kardiyomiyositler ve vasküler düz kas hücrelerinde de tespit edilmiştir. NOX2 enzimi tarafından üretilen süperoksit, bağışıklık sistemi, hücresel sinyalleşme, gen ekspresyonunun düzenlenmesi ve hücre farklılaşması için hayati öneme sahiptir. Ancak artan NOX aktivitesi, nörotoksisite, nörodejenerasyon, kardiyovasküler hastalıklar ve organ yetmezlliği gibi çok çeşitli patolojik süreçlere katkıda bulunur. Bu nedenle NOX2 aktivitesinin modülasyonu nörodejeneratif hastalıklar için umut verici bir tedavi ve ikincil komplikasyonları önlemek için önemli bir yardımcı ajan olabilir. Tez çalışması boyunca, etki mekanizması; çok ölçekli simülasyon teknikleri kullanılarak incelenmiş küçük molekül terapötikleri taranarak hedefe yönelik ilaç tarama yaklaşımları kullanılarak tasarımları yapılması hedeflenmiştir.
Özet (Çeviri)
NOX is a multi-subunit enzyme that catalyzes the reduction of molecular oxygen to form superoxide. There are 7 isoforms in mammals among which NOX2 is the one that is highly expressed in phagocytes, but expression has also been detected in neurons, microglia, endothelial cells, cardiomyocytes and vascular smooth muscle cells. While superoxide produced by NOX2 is vital to the immune system, cellular signaling, regulation of gene expression and cell differentiation, increased NOX activity promotes to a wide range of pathological processes including neurotoxicity, neurodegeneration, cardiovascular diseases and organ failure. Thus, modulation of NOX2 activity may prove to be a promising treatment for neurodegenerative diseases as well as an adjunctive agent to prevent its secondary complications. Throughout the thesis study, action mechanism is investigated using multi-scale molecular modeling simulations techniques and small molecule therapeutics are screened and designed using target-driven drug screening approaches.
Benzer Tezler
- Tıbbi veriler üzerinde makine öğrenme algoritmaları ve bulanık mantık ile kurallar öğrenme
Machine learning algorithms and learning rules with fuzzy logic on medical data
YUSUF UZUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolSelçuk ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. AHMET ARSLAN
- Makine öğrenmesi algoritmaları ve anomali tespiti
Machine learning algorithms and anomaly detection
MEHMET DENİZ TOPUZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBahçeşehir ÜniversitesiMatematik Bölümü
DOÇ. DR. ATABEY KAYGUN
- Yeni makine öğrenmesi metotları ve ilaç tasarımına uygulamaları
New machine learning algorithms and applications to drug design
MEHMET FATİH AMASYALI
Doktora
Türkçe
2008
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolYıldız Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Bölümü
PROF. DR. OKAN ERSOY
PROF. DR. OYA KALIPSIZ
- Meme kanseri tahmininde makine öğrenmesi algoritmaları ve AutoML
Breast cancer diagnosis with machine learning algorithms and AutoML
ARSLAN KARAKAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolPamukkale ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEZAİ TOKAT
- Adversarial attacks against machine learning algorithms at training stage
Eğitim aşamasındaki ̇makina öğrenme algoritmalarına karşı gerçekleştirilen çekişmeli saldırılar
FAHRİ ANIL YERLİKAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞERİF BAHTİYAR