Geri Dön

Apoptoz, otofaji ve retrograde transkripsiyonun CYC1, SUC2 ve GPD1 genlerinin ekspresyonlarına etkilerinin incelenmesi

Investigation of the effects of apoptosis, autophagy and retrograde transcription on the expression of CYC1, SUC2 and GPD1 genes

  1. Tez No: 653831
  2. Yazar: EREN TANIK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SEZAİ TÜRKEL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Mikrobiyoloji, Genetics, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Bursa Uludağ Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 74

Özet

Apoptoz hücrenin fizyolojik ve patalojik şartlarda kendini ortadan kaldırmasını sağlayan, bir programlanmış hücre ölüm mekanizmasıdır. Otofaji ise hücrede açlık durumlarında veya farklı uyaranların etkisi ile hasarlı organellerin ve bazı proteinlerin otofagosom denilen bir çift katlı membran yapısı içinde biriktirilerek geri dönüştürülmesidir. Retrograd kontrol ise mitakondriden nükleusa sinyal iletim mekanizması olup mitokondriyel hasarlar veya Krebs döngüsü bozuklukları ile aktive edilebilir. Bu sinyallere bağlı olarak aktive edilen transkripsiyon faktörleri nükleusa girerler ve hedef genleri ekspres ederek mitakondriyel hasarların onarılmasını sağlarlar. S. cerevisiae'da GPD1, CYC1 ve SUC2 genleri sırasıyla gliserol-3-fosfat dehidrojenaz enzimini, sitokrom-c, izoform-1 proteinini ve invertaz enzimini kodlarlar. Bu araştırmada S. cerevisiae'da apoptoz, otofaji ve retrograd kontrolün, GPD1, CYC1 ve SUC2 genlerinin transkripsiyonuna etkileri incelendi. Apoptoz koşullarının aktivasyonu ile GPD1, CYC1 ve SUC2 genleri transkripsiyonlarının baskıladığı görüldü. Otofaji koşullarında ise yaban tip maya suşunda GPD1 geni transkripsiyonunda düşük seviyelerde azalma görülürken, CYC1 geni transkripsiyonu etkilenmedi. SUC2 geni ekspresyonunun ise 3-kat baskılandığı görüldü. Apoptoz ve otofaji koşullarında Hog1p ve Tor1p kinazlarının bu genlerin transkripsiyonlarına farklı etkileri olduğu görüldü. İnvertaz aktivitesi ölçüldüğünde apoptozun invertaz sekresyonunu tamamen önlediği otofaji aktivasyonunun ise invertaz sekresyonuna önemli etkisi olmadığı bulundu. Retrograd kontrol mekanizmasının transkripsiyon faktörleri olan Rtg1/3p kompleksi retrograd hedef genlerinin promotorlarında R kutusu denilen sekansa bağlanmaktadır. GPD1, CYC1 ve SUC2 genlerinin promotorları R-kutusu sekansları için biyoinformatik araçlar ile analiz edildi. GPD1, CYC1 ve SUC2 genlerinin promotor bölgelerinde çok sayıda R-kutusu sekansı olduğu bulundu. Bu sonuçlar hücrede önemli metabolik işlevleri olan GPD1, CYC1 ve SUC2 genlerinin transkripsiyonlarının apoptoz, otofaji ve retrograd sinyal mekanizmalarına bağlı olarak belirli derecelerde kontrol edildiğini göstermektedir.

Özet (Çeviri)

Apoptosis is a programmed cell death mechanism that allows the cell to eliminate itself in physiological and pathological conditions. Autophagy, which can be triggered by starvation or other stimuli, is the recycling of damaged organelles and misfolded proteins in a double membrane structure called an autophagosome. Retrograde control is the signaling pathway from the mitochondrion to the nucleus that is activated by mitochondrial damages and Krebs cycle disturbances. Upon activation by retrograde signaling, certain transcription factors enter the nucleus and activate the transcription of mitochondrial genes resulting in the repair of mitochondrial damages. In S. cerevisiae, GPD1, CYC1, and SUC2 genes encode glycerol-3-phosphate dehydrogenase enzyme, cytochrome-c isoform-1 protein, and invertase enzyme, respectively. In this study, the effects of apoptosis, autophagy and retrograde control on the transcription of GPD1, CYC1, and SUC2 genes were investigated. Activation of apoptosis conditions resulted in the transcriptional repression of GPD1, CYC1, and SUC2 genes. In autophagy conditions, while GPD1 gene transcription decreased at low levels in wild yeast strain, CYC1 gene transcription was not affected. Transcription of SUC2 repressed by 3-fold in autophagy induced conditions. It was observed that Hog1p and Tor1p kinases had different effects on the transcription of these genes under apoptosis and autophagy conditions. Our results also indicated that apoptosis conditions completely prevent invertase secretion. However, autophagy activation did not have severe effects on invertase secretion the yeast cells. The Rtg1/3p complex, which is the transcription factor of the retrograde control mechanism, binds to the sequence called R box in the promoters of the retrograde targeted genes. The promoter regions of the GPD1, CYC1, and SUC2 genes were analyzed for R box sequences using bioinformatics tools, and multiple R-boxes were identified within the promoter regions of those genes. Altogether, these results indicate that transcription of GPD1, CYC1, and SUC2 genes, which have significant metabolic functions in cells, are controlled at certain levels depending on autophagy, apoptosis, and retrograde signaling.

Benzer Tezler

  1. Kolorektal kanser hücrelerinde melatonin ve cisplatin uygulamasının otofaji ve apoptoz üzerine etkilerinin araştırılması

    Investigation the effects of melatonin and cisplatin treatment on autophagy and apoptosis in colorectal cancer cells

    SÜLEYMAN POLAT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Histoloji ve EmbriyolojiAtatürk Üniversitesi

    Histoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ADEM KARA

  2. Bag-1 might act as a regulator on apoptosis/autophagy switch through direct binding to beclin 1

    Bag-1 ve beclin 1'in doğrudan etkileşiminin apoptoz/otofaji kararındaki olası düzenleyici etkisinin araştırılması

    MİRAY TÜRK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY

  3. Over iskemi-reperfüzyon modeli oluşturulan  sıçanlarda viteksin'in etkisinin histokimyasal, immunohistokimyasal ve biyokimyasal yöntemlerle araştırılması

    Investigation of the effect of vitexin on rats with ovarian i̇schemia-reperfusion model via histochemical, immunohistochemical and biochemical methods

    ÖZLEM ÖZGÜL ABUÇ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Histoloji ve EmbriyolojiAtatürk Üniversitesi

    Histoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ TUBA DEMİRCİ

  4. Tamoxifen effect on isolated breast cancer stem cells and MCF-7 breast cancer cells in the aspect of autophagy and apoptosis

    İzole meme kanseri kök hücreleri ve MCF-7 meme kanseri hücrelerinde otofaji ve apoptoz bakımdan tamoksifen etkisi

    VİLDAN BETÜL YENİGÜN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    OnkolojiYeditepe Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GAMZE TORUN KÖSE

    YRD. DOÇ. DR. BÜLENT ÖZPOLAT

  5. Investigation of the autophagy and apoptosis relation through BAG-1, BcL-2 and Beclin 1

    Otofajı̇ ve apoptoz ı̇lı̇şkı̇sı̇nı̇n BAG-1, BcL-2 ve Beclin 1 üzerı̇nden ı̇ncelenmesı̇

    GİZEM ALKURT

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY