Utilizing mutual exclusivity for the identification of cancer driver gene modules
Karşılıklı dışlama kullanılarak kanser sürücü gen modüllerinin bulunması
- Tez No: 653855
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HİLAL KAZAN, PROF. DR. CESİM ERTEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Antalya Bilim Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Elektrik ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 84
Özet
Büyük kanser kohortlarından alınan genomik analizler, sadece mutasyon profillerine dayalı olarak sürücü genlerin tanımlanmasını engelleyen mutasyonel heterojenlik prob- lemini ortaya çıkarmıştır. Bu sorunu çozmenin bir yolu, genlerin fonksiyonel modüllerde birlikte hareket ettiği bilgisini kullanmaktır. Mevcut protein-protein etkileşim ağlarında bulunan bağlantı bilgisi, genlerin mutasyon frekansları ve kanser mutasyonlarının mutual exclusivity ozelliği ile birlikte el alınarak kanser sürücü modüllerinin etkin bir şekilde bulunması için kullanılabilir. Bu tezde, protein-protein etkileşim ağlarında mevcut olan bağlantıları, karşılıklı dışlama ve kapsam bilgileriyle birleştirerek ayrıt ağırlıkları tanımlayan ve daha sonra bu ağırlıkları kullanan MEXCOwalk adında bir rastgele yürüyüş algoritması onerilmektedir. MEXCOwalk TCGA pan-kanser verileri üzerinde bilinen kanser genlerini bulma, normal ve tümor orneklerini sınıflandırma ve belirli kanser türleri için zenginleşmiş mutasyon profillerine sahip gen setlerini modül olarak tanımlama açıarıindan var olan yontemler- den daha iyi performans gostermektedir. Ayrıca, MEXCOwalk pan-kanser verilerinde nadiren mutasyona uğramış kanser genlerini tespit etmede de başarılı olmuştur. Tezin, ikinci kısmında, mevcut karşılıklı dışlama bulma algoritmalarını değerlendirme amacıyla ağ merkezli yenilikçi bir yontem geliştirilmiş; iyi çalışan karşılıklı dışlama bulma algorit- malarının çıkıları MEXCOwalk ayrıt ağırlıklarında kullanıdığında performansın daha da iyileştiği gozlemlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Genomic analyses from large cancer cohorts have revealed the mutational heterogeneity problem which hinders the identification of driver genes based only on mutation profiles. One way to tackle this problem is to incorporate the fact that genes act together in functional modules. The connectivity knowledge present in existing protein-protein interaction networks together with mutation frequencies of genes and the mutual exclusivity of cancer mutations can be utilized to increase the accuracy of identifying cancer driver modules. We present a novel edge-weighted random walk-based approach that incorporates connectivity information in the form of protein-protein interactions, mutual exclusion, and coverage to identify cancer driver modules. MEXCOWalk outperforms several state-of-the-art computational methods on TCGA pan-cancer data in terms of recovering known cancer genes, providing modules that are capable of classifying normal and tumor samples, and that are enriched for mutations in specific cancer types. MEXCOwalk identifies modules containing both well-known cancer genes and putative cancer genes that are rarely mutated in the pan-cancer data. We then take this approach one step further by devising a network-centric epistasis framework to evaluate the estimated values from existing mutual exclusivity finding algorithms and applying these values to MEXCOwalk. We observe a significant improvement in the recovery of known driver genes.
Benzer Tezler
- Yatırım fonlarının performans değerlendirmesi: Türkiye üzerine bir araştırma
Başlık çevirisi yok
AYŞEGÜL AKGÜN
- Yatırım fonları ve portföy yönetimi teknikleri
Mutual funds and portfolio management techniques
ÖZGÜR BURAK KAPTAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
İşletmeHacettepe Üniversitesiİşletme Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET BAHA KARAN
- Antenna mutual impedance computation using measured or computed element fields
Ölçülen veya hesaplanan eleman alanları kullanılarak anten karşılıklı empedansının hesaplanması
MEHMET ALİ ÖZTÜRK
Doktora
İngilizce
2023
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiElektrik ve Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEYİT SENCER KOÇ
- Regresyon modellerinde değişkenlerdeki eğriselliğin karşilikli bilgi miktari kullanilarak belirlenmesi
Determining the curvature of variables in regression models using mutual information
ZEHRA ZEYNEP ŞAHİNBAŞOĞLU
Doktora
Türkçe
2023
İstatistikYıldız Teknik Üniversitesiİstatistik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ATIF AHMET EVREN
- Tarihsel süreç içinde farklı kültürlerdeki vurmalı seramik çalgıların ve günümüz sanatçı uygulamalarının irdelenmesi
Examining of several culture's percussive ceramic instrument applications in historical duration and application of today's artists
MUSTAFA CANYURT
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
Güzel SanatlarMimar Sinan Güzel Sanatlar ÜniversitesiSeramik ve Cam Tasarımı Ana Sanat Dalı
PROF. HANDE KURA