Çevresel öneme sahip mikrobiyal toplulukların kısıt tabanlı dinamik metabolik modellerinin oluşturulması
Başlık çevirisi mevcut değil.
- Tez No: 654976
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ MUHAMMED ERKAN KARABEKMEZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Medeniyet Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Çevre ve Enerji Sistemleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 70
Özet
Biyolojik arıtma günümüzde çevre kirliliğini azaltmakta sıklıkla başvurulan bir yaklaşımdır. Endüstriyel atık sulardaki ağır metallerin indirgenmesi gibi amaçlarla biyoreaktörler kullanılmaktadır. Bu tip çalışmalarda kullanılan biyoreaktörlerin performansı, içeriğindeki mikrobiyal topluluğun kompozisyonu, metabolizmaları ve birbirleriyle olan etkileşimleri ile ilgilidir. Organizmaların kimyasal, biyolojik ve moleküler etkileşimlerini bütüncül şekilde ele almak ve yapıları hakkında fikir edinmek amacıyla genom ölçekli metabolik modeller kurulmakta ve bunlar aracılığıyla bilgisayar ortamında simülasyonlar gerçekleştirilebilmektedir. Çok sayıda farklı tür içerebilen çevresel mikrobiyal toplulukların davranışlarının uzun zaman ve maliyet gerektiren deneysel çalışmalarla belirlenmesi yerine, topluluk üyelerinin entegre metabolik modelleri kurularak farklı koşullardaki etkileşimleri modellenebilmekte ve biyoreaktörlerin optimum şekilde tasarlanması için veri üretilebilmesi sağlanmaktadır. Bu çalışma biyorektör mikrobiyal topluluklarında sıklıkla karşılaşılan Geobacter sulfurreducens, Methanosarcina barkeri, Shewanella oneidensis ve Pseudomonas aeruginosa türlerinin, bütünleşik metabolik modelinin kurulması ve değişen ortam koşullarının büyüme performanslarına etkisinin Dinamik Akı Denge Analizi (dFBA) metodu yardımıyla simüle edilmesi üzerinedir. Çalışmada her zaman noktasında, organizmalar için akı kısıtlamaları, belirlediğimiz substrat konsantrasyonuna göre değişmiş ve bu değişiklikler büyüme hızını dolayısıyla hücre konsantrasyonlarını etkilemiştir. Tüm türlerin hücre konsantrasyonları artış göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Biological treatment is a practical approach to reduce environmental pollution. Bioreactors are used for purposes such as the reduction of heavy metals in wastewater. The microbial metabolism and contact with each other used in such studies. Genome-scale metabolic models are established in order to take a holistic view of the chemical, biological and molecular interactions of organisms and to learn about their structures, and computer simulations can be performed using these models. Instead of determining the behavior of environmental microbial communities, which can contain a large number of different species, with long and costly experimental studies, integrated metabolic models of the community members can be constructed. Modeling their interactions in different conditions can produce data for the optimum design of bioreactors. This study is about the construction of an integrated metabolic model of Geobacter sulfurreducens, Methanosarcina barkeri, Shewanella oneidensis and Pseudomonas aeruginosa species, which are frequently encountered in bioreactor microbial communities, and simulation of the effects of changing environmental conditions on growth performance with the help of Dynamic Flux Balance Analysis (dFBA) method. At each time point of the simulations, the flux constraints for organisms are changed according to the substrate concentration we determined, and these changes affected the growth rate and thus the cell concentrations. Cell concentrations of all species are increased.
Benzer Tezler
- Anaerobic treatment of diluted waste from poultry industry and quantification of microbial communities
Seyreltik kanatlı hayvan endüstrisi atıklarının havasız arıtımı ve mikrobiyal toplulukların kantitatif analizi
AİGERİM JAXYBAYEVA
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ORHAN İNCE
- Anaerobic digestion of lignocellulosic waste using alkali pretreatment method interms of performance, microbial community, and cost analysis
Lignoselülozik atıkların alkali ön arıtım yöntemi ile anaerobik arıtımı, performans, mikrobiyal topluluk ve maliyet analizi
CANBERK KAZANCI
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ORHAN İNCE
- Discovery of novel enzymes using proteomic approaches
Proteomik yaklaşımlar kullanılarak yeni enzimlerin keşfi
MERVE ÖZTUĞ KILINÇ
Doktora
İngilizce
2021
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
DOÇ. DR. MÜSLÜM AKGÖZ
- Kentsel katı atık düzenli depolama tesisi sızıntı suyunda Yarrowia lipolytica'nın çoğaltılması
Growth of Yarrowia lipolytica in sanitary landfill leachate
SARE KARŞİT
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MAHMUT ALTINBAŞ
- Kentsel su döngüsünde mikrobiyal kontaminantların sürveyanı: Fırsatçı patojenlerin moleküler karakterizasyonu ve antimikrobiyal direnç profilinin araştırılması
Microbial contaminants surveillence in the urban water cycle: Molecular characterization of oppurtunistic pathogens and antimicrobial resistance profile
BİNNUR KIRATLI