Geri Dön

Omurgalılarda poliamin sentezi ve yıkımından sorumlu enzimlerin evrimsel ilişkilerinin biyoinformatik yöntemlerle incelenmesi

Investigation of evolutionary relationship of enzymes responsible for polyamine synthesis and breakdown in vertebrates by bioinformatic methods

PDF İndir

  1. Tez No: 661007
  2. Yazar: GİZEM ŞELE
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ PINAR ÖZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2021
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 97

Özet

Bu proje, poliamin yolaklarında görev alan enzimlere ait amino asit dizileri kullanılarak poliamin yolaklarının omurgalı türlerinde filogenetik analiz yapılandırılmasını amaçlamaktadır. Bu analizi yapmak için, Homo sapiens'in poliamin sentez yolağında bulunan arginaz ve ornitin dekarboksilaz enzimleri ile alternatif yolak olarak bilinen agmatinaz ve arginin dekarboksilaz enzim dizileri kullanılmıştır. NCBI homologene veri tabanında bir homolog tür araştırması yapılmıştır. Sonuç olarak omurgalı türler içerisinden Homo sapiens ile homolog Pan troglodytes, Canis lupus familiaris, Bos taurus, Mus musculus, Rattus norvegicus, Gallus gallus, Xenopus tropicalis, Macaca mulatta ve ortolog Ovis aries ve Sus scrofa türleri tüm proteinler için ortak tür kümesi olarak seçilmiştir. Daha sonra bu 11 tür için, ClustaIw formatıyla MAFFT çoklu dizi hizalama yöntemi ile aşamalı çoklu dizi hizalaması gerçekleştirilmiştir. Son olarak, MAFFT hizalamasından üretilen veri seti, MEGAX filogenetik yazılımına yüklenmiş ve filogenetik ağaçlar oluşturulmuştur. Buna ek olarak, inşa edilen ağaçların güvenilirliğini değerlendirmek için bootstrap analizi yapılmıştır. Analizden Mus musculus ve Rattus norvegicus'un %100 bootstrap değeri gösterdiği, yani yakından ilişkili grup oldukları elde edildi. Benzer şekilde Gallus gallus ve Xenopus tropicalis türlerinin %100 bootstrap değeri ile kardeş bir takson oluşturdukları görülmüştür. Öte yandan kardeş taksonlar Homo sapiens ve Pan troglodytes, dikotomi noktasında Macaca mulatta ile ayrı bir küme oluşturmuştur. Aynı şekilde Ovis aries, Sus scrofa ve Bos taurus, Ovis aries ve Bos taurus'un kardeş taksonlar olduğu ayrı bir küme oluşturmuştur. Bu kümelerin bağlanmaları farklı yolakların üzerindeki enzimlerde farklılıklar gösterirken, aynı yolak üzerindeki enzimlerde benzerlik gösterdiği gözlemlenmiştir.

Özet (Çeviri)

This project aims to construct phylogenetic analysis of poliaminergic pathways using amino acid sequences of enzymes involved in these paythways. To perform this analysis, sequences of arginase and ornithine decarboxylase enzymes in the polyamine synthesis pathway of Homo sapiens with agmatinase and arginine decarboxylase enzyme sequences, known as alternative pathway, were used. A homologous species search was conducted in the NCBI homologene database. As a result, among vertebrate species, Homo sapiens and homologous Pan troglodytes, Canis lupus familiaris, Bos taurus, Mus musculus, Rattus norvegicus, Gallus gallus, Xenopus tropicalis, Macaca mulatta and ortholog Ovis aries and Sus scrofa were selected as the common species set for all proteins. Later, for these 11 species, stepwise multiple sequence alignment was performed by MAFFT multiple sequence alignment method with the ClustaIw format. Finally, the data set obtained from the MAFFT alignment was loaded into the MEGAX phylogenetic software, and phylogenetic trees were constructed. In addition, bootstrap analysis was performed to evaluate the reliability of the constructed trees. From the analysis, it was found that Mus musculus and Rattus norvegicus showed 100% bootstrap value, which indicates that they were closely related groups. Similarly, it was observed that Gallus gallus and Xenopus tropicalis species formed a sister taxon with 100% bootstrap value. On the other hand, sister taxa Homo sapiens and Pan troglodytes formed a separate cluster with Macaca mulatta at the point of dichotomy. Similarly, Ovis aries, Sus scrofa and Bos taurus formed a separate cluster where Ovis aries and Bos taurus are sister taxa. While the binding of these clusters shows differences in enzymes on different pathways, it has been observed that enzymes on the same pathway show similarities.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    821379

    Omurgalılarda kalp anatomi ve fizyolojisinin öğretiminde STEM tabanlı Arduino robotik uygulamaların fen bilgisi öğretmen adaylarının akademik başarı ve teknolojiye yönelik direnç davranışları üzerindeki etkileri

    The effects of STEM-based Arduino robotic applications in the teaching of heart anatomy and physiology in vertebrates on the behavior of science teachers' academic success and resistance to technology

    AYŞE ÖZEL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Eğitim ve ÖğretimMuğla Sıtkı Koçman Üniversitesi

    Matematik ve Fen Bilimleri Eğitimi Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ MELEK ALTIPARMAK KARAKUŞ

  2. Tez No

    123868

    Over kanseri second-look cerrahide telomeraz aktivitesinin rekürrens ve relapsın saptanmasındaki yeri

    The efficacy of telomerase activity in early recurrence of ovarian cancer at second-look procedures

    BATUHAN ÖZMEN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2002

    Kadın Hastalıkları ve DoğumAnkara Üniversitesi

    Kadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. FIRAT ORTAÇ

  3. Tez No

    409272

    Bioinformatic and molecular analysis of olfactory receptor gene regulation in zebrafish

    Zebrabalığında koku duyusuna ait reseptör gen regülasyonunun biyoinformatik ve moleküler analizi

    AHMET BURAK KAYA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. STEFAN HERBERT FUSS

  4. Tez No

    673112

    Restoratif dental kompozitler için hidroksiapatit esaslı nanoçiçek morfolojili destekleyici faz üretimi ve karakterizasyonu

    Production and characterization of hydroxyapatite based inorganic phase with nanoflower morphology for restorative dental composites

    KADİR SAĞIR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    BiyoteknolojiYıldız Teknik Üniversitesi

    Metalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AFİFE BİNNAZ HAZAR

    ÖĞR. GÖR. AYSU AYDINOĞLU

  5. Tez No

    760003

    Erzurum ili Köprüköy ilçesindeki koyun ve sığırlarda eimeria SPP. varlığının araştırılması

    Investigation of the presence of eimeria SPP. in sheep and cattle in Köprüköy district of Erzurum province

    AHMED YOUSIF AHMED MAHIL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    ParazitolojiAtatürk Üniversitesi

    Parazitoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İBRAHİM BALKAYA

Geri Dön