Investigating the effects of pharmaceuticals and endocrine disrupting chemicals on the gene expression profiles of Saccharomyces cerevisiae
İlaç ve endokrin bozucu kimyasalların Saccharomyces cerevisiae' nın gen ifade profilleri üzerindeki etkilerinin araştırılması
- Tez No: 668539
- Danışmanlar: PROF. DR. BÜLENT MERTOĞLU, DR. ÖĞR. ÜYESİ CEYHUN BEREKETOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 122
Özet
Prozac olarak da bilinen fluoksetin (FLX), hedef olmayan organizmalara karşı toksisiteye sahip farmasötikal bir maddedir. Nonilfenol (NP) önemli bir endokrin bozucu kimyasal (EBK) olup endüstriyel ve tarımsal uygulamalarda yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu çalışmada, FLX ve NP'nin model bir ökaryotik organizma olan S. cerevisiae'nin gen ekspresyon profilleri üzerine olan etkileri sırasıyla gerçek zamanlı qPCR ve RNA-Seq analizi kullanılarak araştırılmıştır. Bu kapsamda 1, 25,100 ve 200 µM FLX'e akut olarak maruz bırakılan mayada birçok gen diferansiyel şekilde ifade edilmiştir. 4 gen 25 µM FLX maruziyetin de baskılanmış, 4 genin 100 µM FLX uygulanmasında aktivitesi artmış ve 18 genin 200 µM FLX maruziyetin de aktivitesi artmıştır. Gen ekspresyon profilleri değişen bu genler, hücre döngüsü, ısı şoku, oksidatif stres, kimyasala karşı tepki ve programlanmış hücre ölümleri mekanizmaları ile ilişkilendirilmiştir. Ayrıca, 40 döngü boyunca 2 mg/L NP'ye maruz bırakılan mayada, 948 gen (114 gen uyarılmış, 834 gen baskılanmış) diferansiyel şekilde ifade edilmiştir. Baskılanmış genlerin çoğu, hücre döngüsü, taşıma prosesi, metabolik prosesler, kimyasala karşı tepki, hücre duvarı organizasyonu/biyogenezi, hücre döngüsünün düzenlenmesi, organel organizasyonunun düzenlenmesi, RNA polimeraz II ile transkripsiyon ile ilişkili iken, uyarılmış genlerin çoğu ise, taşıma prosesi, kimyasala karşı tepki, hücresel solunum, hücresel iyon dengesi, metabolic prosesler, öncü ara ürün ve enerji üretimi, mayotik hücre döngüsü, RNA polimeraz II ile transkripsiyon, organel organizasyonunun düzenlenmesi ile ilişkilendirilmiştir. Bu sonuçlar FLX ve NP'nin maya hücrelerini gen ifadesi seviyesinde etkilediğini kanıtlamış ve bu kimyasalların etki mekanizmalarının anlaşılmasına katkıda bulunmuştur.
Özet (Çeviri)
Fluoxetine (FLX) which is known as Prozac is a toxic pharmaceutical for non-target organisms. Nonylphenol (NP) which is an important EDCs is widely used in industrial and agricultural applications. In this study, the effects of FLX and NP on the gene expression profiles of S. cerevisiae which is a model eukaryotic organism were investigated using qPCR and RNA-Seq analysis, respectively. Several genes were differentially expressed in yeast exposed to 1, 25, 100, and 200 µM FLX for acute exposure. 4 genes were downregulated upon exposure to 25 µM FLX and 4 genes were upregulated for 100 µM FLX treatment, while 18 genes were upregulated under 200 µM FLX exposure. These genes which change gene expression profiles are associated with cell cycle, heat shock, oxidative stress, response to the chemical and programmed cell death process. Also, 948 genes were differentially expressed (114 upregulated and 834 downregulated) in yeast exposed to 2 mg/L NP during 40 rounds. Most downregulated genes were related to cell cycle, transport processes, metabolic process, responses to chemicals, cell wall organization/biogenesis, regulation of cell cycle, regulation of organelle organization, transcription by RNA polymerase II, while most of the upregulated genes are associated with transport processes, responses to chemicals, cellular respiration, cellular ion homeostasis, metabolic process, generation of precursor metabolites and energy, meiotic cell cycle, transcription by RNA polymerase II, regulation of organelle organization. These results demonstrate that FLX and NP affect the yeast cells at the gene expression level and contribute to the understanding of the mechanism of action of these chemicals.
Benzer Tezler
- Bir oktilfenol polietoksilatın persülfat ile aktive edilmiş sıfır değerlikli demir nanopartikülleri ile ileri oksidasyonu ve toksik etkisindeki değişim
Advanced oxidation of an octylphenol polyethoxylate with persulfate activated zero valent iron nanoparticles and changes in its toxic effect
KÜBRA TEMİZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İDİL ARSLAN ALATON
- Membran biyoreaktörler ile evsel atıksu arıtımında mikrokirletici gideriminin incelenmesi
Investigation of micropollutant removal from municipal wastewater by membrane bioreactors
MELEK ÇAĞLA ERBİL
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HALE ÖZGÜN ERŞAHİN
- Boğalarda musk ksilen ve musk ketonun reproduktif toksisitesinin ın vitro araştırılması
In vitro reproductive toxicity of musk xylene and musk ketone in bulls
BARIŞ ÖTÜN
Doktora
Türkçe
2022
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmakoloji ve Toksikoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BEGÜM YURDAKÖK DİKMEN
- Bisfenol a ve analoglarının endoplazmik retikulum stresi üzerine etkilerinin hücre kültüründe incelenmesi
Investigation of the effects of bisphenol A and its analogs on endoplasmic reticulum stress in cell culture
MİNE ÇAĞLAYAN
Doktora
Türkçe
2021
Farmasötik Toksikolojiİstanbul ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SİBEL ÖZDEN
- Erkek sıçanlarda metil paraben ve propil parabenin birlikte etkisinin hipofiz-adrenal ekseni üzerinde incelenmesi
Investigation of combine effects of propylparaben and methylparaben on pituitary-adrenal axis in male rats
EDA NUR İNKAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURHAYAT BARLAS