Alzheimer hastalığıyla ilişkilendirilen NAE1 ve APBB1 genlerindeki yanlış anlamlı SNP'lerin in siliko analizi
In silico analysis of missense SNPs in the NAE1 and APBB1 genes associated with Alzheimer's disease
- Tez No: 685639
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MESUT KARAHAN, DR. ÖĞR. ÜYESİ TUĞBA KAMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyomühendislik, Genetik, Biology, Bioengineering, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 84
Özet
ALZHEİMER HASTALIĞIYLA İLİŞKİLENDİRİLEN NAE1 VE APBB1 GENLERİNDEKİ YANLIŞ ANLAMLI SNP'LERİN İN SİLİKO ANALİZİ Alzheimer Hastalığı; genetik ve çevresel risk faktörleri ile ilişkili olan çok faktörlü bir hastalıktır. Alzheimer hastalığının tanımlayıcı bir karakteristiği olan nöritik plaklar; Amiloid öncü proteininin (APP) ardışık proteolizinden türetilen Amiloid Beta (Aβ) peptitlerinin progresif serebral birikimi sonucu meydana gelir. APP, NAE1 ve APBB1 genlerinin kodlamış oldukları proteinleri ile etkileşim halindedir. Bu çalışmada, in siliko yöntemler kullanılarak NAE1 ve APBB1 genlerindeki yanlış anlamlı tek nükleotid polimorfizmlerinin (SNP) protein yapısı, fonksiyonu ve stabilizasyonu üzerindeki olası zararlı etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Yanlış anlamlı SNP'lerin olası zararlı etkilerini tahmin etmek için; SIFT, PolyPhen-2, PROVEAN, SNPs&GO, Mutation Assesor, SNAP2, PhD-SNP, I-Mutant 3.0, MUpro ve HOPE yazılım araçları kullanılmıştır. NAE1 genindeki 299 adet yanlış anlamlı SNP'nin in siliko analizlerin sonucunda; rs77699528 (N73I), rs369298591 (C483S), rs370458994 (C153Y), rs370972971 (R184Q), rs372481628 (P234A), rs373487567 (G444V) ve rs377197078 (G327R) polimorfizmlerinin zararlı etkilerinin olabileceği tespit edilmiştir. APBB1 geninde bulunan 462 adet yanlış anlamı SNP'nin in siliko analiz sonuçlarına göre rs139600801 (R470H), rs147235391 (P556S), rs184224900 (R483C), rs200270654 (V606G), rs368805217 (R373C), rs371824310 (V372M), rs373986403 (G692V), rs374186284 (S695L) ve rs376108082 (R506L) polimorfizmlerinin zararlı etkilerinin olabileceği tespit edilmiştir. Bu çalışma ile ortaya çıkan sonuçların, Alzheimer Hastalığıyla ilgili ileride yapılabilecek tanısal ve deneysel stratejilere rehberlik etmek amacıyla faydalı bilgiler sunacağı düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
IN SILICO ANALYSIS OF MISSENSE SNPS IN THE NAE1 AND APBB1 GENES ASSOCIATED WITH ALZHEIMER'S DISEASE Alzheimer's Disease is a multifactorial disease associated with genetic and environmental risk factors. Neuritic plaques that a defining characteristic of Alzheimer's disease, result from progressive cerebral accumulation of Amyloid Beta (Aβ) peptides derived from sequential proteolysis of the Amyloid precursor protein (APP). APP interacts with the proteins encoded by the NAE1 and APBB1 genes. In this study, it was aimed to determine the possible deleterious effects of missense single nucleotide polymorphisms (SNPs) in NAE1 and APBB1 genes on protein structure, function and stabilization using in silico methods. SIFT, PolyPhen-2, PROVEAN, SNPs&GO, Mutation Assesor, SNAP2, PhD-SNP, I-Mutant 3.0, MUpro and HOPE software tools were used to predict the possible deleterious effects of missense SNPs. As a result of in silico analysis of 299 missense SNPs in the NAE1 gene; It has been determined that rs77699528 (N73I), rs369298591 (C483S), rs370458994 (C153Y), rs370972971 (R184Q), rs372481628 (P234A), rs373487567 (G444V) and rs377197078 (G327R) polymorphisms may have deleterious effects. According to the in silico analysis results of 462 missense SNPs in the APBB1 gene; It has been determined that rs139600801 (R470H), rs147235391 (P556S), rs184224900 (R483C), rs200270654 (V606G), rs368805217 (R373C), rs371824310 (V372M), rs373986403 (G692V), rs374186284 (S695L) and rs376108082 (R506L) polymorphisms may have deleterious effects. It is thought that the results of this study will provide useful information to guide future diagnostic and experimental strategies for Alzheimer's Disease.
Benzer Tezler
- Alzheimer hastalığında aromataz ve seladin-1 arasındaki etkileşimin araştırılması
Investigation of the interaction between aromatase and seladin-1 in alzheimer's disease
HANDE KARAHAN
Doktora
Türkçe
2015
Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe ÜniversitesiFarmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMİNE PELİN KELİCEN UĞUR
- Alzheimer hastalığında uykunun beyin lenfatik drenaj sistemi üzerindeki etkisinin plazma proteom profili ve nörotoksisite açısından araştırılması
Investigation of the effect of sleep on brain lymphatic drainage system in alzheimer's disease concerning plasma protein profile and neurotoxicity
NAGİHAN MANTAR
Doktora
Türkçe
2022
Nörolojiİstanbul Medipol ÜniversitesiSinir Bilimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. LÜTFÜ HANOĞLU
PROF. DR. GÜRKAN ÖZTÜRK
- Alzheimer hastalığı sürekliliğinde unsinat fasikül, singulum ve forniks yolaklarının difüzyon tensör görüntüleme ile incelenmesi
Investigation of uncinate fasciculus, cingulum, and fornix pathways in Alzheimer's disease continuum by diffusion tensor imaging
ENES KURUÇAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Radyoloji ve Nükleer Tıpİstanbul ÜniversitesiSinir Bilimi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ALİ BAYRAM
- TOMM40 genindeki (rs1160985 ve rs157581) polimorfizmi ve alzheimer hastalığıyla ilişkisi
Association of TOMM40 (rs1160985 and rs157581) polymorphisms with alzehimer disease
MUSTAFA FAHMI RAJAB RAJAB
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyolojiAnkara ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA TÜRKER DUMAN
- Clusterin polimorfizmleri ile alzheimer hastalığı arasındaki ilişkinin araştırılması
Investigation of relationship between clusterin polymorphisms and alzheimer's disease
MERVE ALAYLIOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Genetikİstanbul ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELMA YILMAZER