Bioactivity analysis of novel indole derivatives on hepatocellular carcinoma as sirtuin inhibitors
İndol türevi yeni sirtuın inhibitörlerinin hepatosellülar karsinoma üzerinde biyoaktivite analizi
- Tez No: 688581
- Danışmanlar: PROF. DR. MESUT MUYAN, DR. DENİZ CANSEN KAHRAMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Moleküler Tıp, Biology, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 116
Özet
Primer karaciğer kanserinin alt sınıflarından olan hepatosellüler karsinoma (HSK) farklı etnik grup ve yaş aralıklarını etkileyen agresif bir kanser türüdür. Birçok ilacın yapıtaşlarından olan indol türevi moleküller hastalıkların oluşmasında rol alan birçok proteini hedefleyebilir. İndol türevi moleküllerin hedefleri arasında histon deasetilazlar (HDAC) da yer almaktadır. Bu enzim histon deasetilasyonunu sağlayarak DNA molekülünün transkripsiyon mekanizmasına bağlanmasını ve aktif hale gelmesini önler. Bu çalışmada, 28 yeni üretilen indol türevi moleküllerin 3 farklı kanser türüne karşı sitotoksisitesi araştırılmış ve en etkili olanları seçilmiştir. Seçilen moleküllerin olası hedef proteinleri DEEPScreen ve moleküler kenetlenme çalışmaları ile araştırılmış ve 3. Sınıf HDAC enzimi olan Sirt1 proteininin olabileceği saptanmıştır. In silico çalışmaların desteklenmesi için HSK hücrelerinin çekirdek kısmında enzimatik aktivite deneyleri yapılmıştır. Ayrıca, Sirt1'in hedeflediği, aynı zamanda HSK'de mutasyona uğramış önemli tümör baskılayıcı protein p53 de çalışılmıştır. Çalışma sonunda, moleküllerin muhtemel çalışma prensibi olarak Sirt1 enzimini bloklayıp p53 proteini aktif hale getirip HSK hücrelerinde G1 fazında tutuklama yaratıp hücrelerin apoptozuna sebep olabileceği saptanmıştır.
Özet (Çeviri)
Hepatocellular carcinoma is ruthless cancer, a subtype of primary liver cancer and affects many people with various ethnic backgrounds and age intervals. Indole derivative molecules are potent chemicals used in several drugs and target many essential proteins malfunctioning multiple diseases. One of the targets of indole derivatives is histone deacetylases (HDACs), which reverses histone acetylation modifications that open DNA to lead transcription machinery to promote transcription. This study screened 28 novel indole derivatives for their cytotoxicity capacity against three different cancer types. Four of them were selected based on the inhibitory concentration 50 (IC50) values and structure-activity relations. Then, their targets were investigated with the DEEPScreen database and with molecular docking studies. In silico studies predicted that the molecules might interact with Sirt1, which is class III HDAC. For in vitro validation, the nuclear fraction of HCC cells was used in Sirtuin enzymatic activity assays. After the validation, one of the most critical targets of Sirt1, p53, which is also a vital tumor suppressor and mutagenized in HCC, was investigated. As a possible mechanism of action of the compounds, they could increase the acetyl-p53 level by blocking Sirt1 and lead p53-derived G1-mediated apoptosis in HCC cells.
Benzer Tezler
- Pirolidin, pirolidin-tiyazol halkası bulunduran bileşikler, bazı metal komplekslerinin hazırlanması, karakterizasyonu, biyoaktivitelerinin incelenmesi ve iyonlaşma sabitlerinin belirlenmesi
Pyrrolidine, compounds bearing pyrrolidine-thiazol ring, preparation of some metal complexes, characterization, investigation of their bioactivity and ionization constants determination
SAMET BELVEREN
- Bazı 3 imino türevli sülfahaydantoinlerin sentezi
Synthesis of some 3 imino derivated sulfahaydantoins
FERİDE CEYLAN
- Çevresel örneklerden aktinobakterilerin izolasyonu ve biyoaktivite profillerinin belirlenmesi
Isolation and bioactivity profiling of actinobacteria from environmental samples
HİLAL ATEŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HİLAL AY
- Lokal Streptomyces suşlarının antimikrobiyal ve antikanserojen özellikte biyoaktif metabolit üretim potansiyellerinin araştırılması
Investigation of antimicrobial and anticarcinogenic bioactive metabolite production potentials of local Streptomyces strains
GİZEM TERZİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyoteknolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. ASLIHAN KURT KIZILDOĞAN
PROF. DR. ŞEVKİ ARSLAN
