Seçilen bitkisel aktif moleküllerin nükleobazlar ve bazı nükleotid dizilimleriyle etkileşimlerinin biyoinformatik ve moleküler modelleme yöntemleriyle incelenmesi
Investigation of interactions of selected plant-based active molecules with nucleobases and some nucleotide sequences using bioinformatic and computational tools
- Tez No: 690665
- Danışmanlar: PROF. NURSEL AÇAR SELÇUKİ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 198
Özet
Bu tez çalışmasında, bitkisel aktif molekül olan Luteolin molekülü ile nükleoidler (dAMP, dCMP, dGMP ve dTMP) arasındaki etkileşimlerin bağlanma bölgeleri, enerjileri ve konformerlerindeki değişikliklerin incelenmesi ve Luteolin ile nükleotid dimerlerinden elde edilen sonuçlar doğrultusunda sistematik olarak miR-155 ile Luteolin arasındaki etkileşimlerin bağlanma bölgelerinin saptanması amaçlanmıştır. Hesapsal çalışmada, öncelikle Luteolin ve nüklotidlerin detaylı konformasyonel analizi yapılmıştır. Konformasyonel analizden elde edilen konformerler su fazında ωB97XD/6-31+G(d,p) seviyelerinde optimizasyon prosedürleri kullanılarak elektronik enerji hesaplanmıştır ve en kararlı yapılar belirlenmiştir. Luteolin molekülü ile nükleotid molekülleri arasındaki kompleks oluşumları belirlenerek, kompleksler arasındaki bağlanma bölgeleri, kuvvetleri ve aralarında meydana gelen yük geçişleri hesaplanmıştır. Nükleotidler arasında en kararlı Luteolin-dCMP kompleksi olarak bulunmuştur. Deneysel çalışmada ise, Luteolin, dCMP ve Luteolin-dCMP kompleksi'nin UV/Vis spektroskopisi, floresans spektroskopisi ve voltametri ölçümlerin yapılarak deneysel ve hesapsal veriler karşılaştırlmıştır. Ayrıca, biyolojik modellerde bu kapsamda Lutolin molekülü ile miR-155 dizisi olası etkileşim bölgeleri için öneride bulunulmuştur.
Özet (Çeviri)
In this thesis, it was aimed to investigate the changes in the binding sites, energies, and conformers of the interactions between the herbal active molecule Luteolin and nucleoids (dAMP, dCMP, dGMP and dTMP), and systematically determine the binding sites of the interactions between miR-155 and Luteolin in line with the results obtained from Luteolin and nucleotide complex. In the computational study, the first, a detailed conformational analysis of luteolin and nucleotides was performed. Electronic energy was calculated using optimization procedures at ωB97XD/6-31+G(d,p) levels in the water phase of conformers obtained from the conformational analysis and the most stable structures were determined. By determining the complex formations between the Luteolin molecule and the nucleotide molecules, the binding sites between the complexes, their energies, and the charge transitions between them were calculated. Among the nucleotides, it has been found to be the most stable Luteolin-dCMP complex. In the experimental study, UV/Vis spectroscopy, fluorescence spectroscopy, voltammetry measurements of Luteolin, dCMP, and Luteolin-dCMP complex were performed, and then experimental and computational data were compared. Finally, in biological models, possible interaction sites of the Luteolin molecule and the miR-155 sequence have been suggested.
Benzer Tezler
- Alzheimer hastalığı için γ-sekretaz inhibitör potansiyeline sahip bazı bitkisel kökenli etken maddelerin In Siliko analiz ile değerlendirilmesi
Evaluation of some herbal active ingredients with γ-secretase inhibitory potential for Alzheimer's disease by In Silico analysis
FATIMA UZAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SİNAN KANDIR
- Development of novel biocatalysts for industrial applications
Endüstriyel uygulamalar için yeni biyokatalizörlerin geliştirilmesi
BARIŞ BİNAY
Doktora
İngilizce
2012
Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
PROF. NICHOLAS JAMES TURNER
- Berberin fosfolipid kompleksi yüklü kitozan mikropartiküllerin hazırlanması ve in vitro/in vivo değerlendirilmesi
Preparation and in vitro/in vivo evaluation of berberine phospholipid complex loaded chitosan microparticles
AYÇA GÜNGÖR AK
Doktora
Türkçe
2022
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmasötik Teknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞEGÜL KARATAŞ
- Planlı dönemlerde Türkiye tarımındaki gelişmelerin analizi
Başlık çevirisi yok
KAZIM KARABEKİR LAÇİNBALA
- Bazı bitkisel posalardan nano-gözenekli aktif karbonlar üretilmesi ve bazı adsorpsiyon uygulamalarında kullanılabilirliğinin incelenmesi
The production of nano-porous activated carbon from some vegatable pulps and investigation of availability in some adsorption practices
HASAN SAYĞILI
Doktora
Türkçe
2015
KimyaDicle ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FUAT GÜZEL
YRD. DOÇ. DR. YUNUS ÖNAL